LightDock是一个开源的蛋白质-蛋白质、蛋白质-肽段和蛋白质-DNA对接计算框架,基于萤火虫群优化(GSO)算法。它由西班牙巴塞罗那超级计算中心(BSC)的研究人员开发,旨在为生物分子对接研究提供一个灵活、高效的计算工具。
多功能性:LightDock可以处理蛋白质-蛋白质、蛋白质-肽段和蛋白质-DNA等多种类型的分子对接任务。
基于GSO算法:采用萤火虫群优化算法进行构象搜索,能够有效探索复杂的构象空间。
灵活性:支持刚性对接和柔性对接(通过各向异性网络模型ANM实现)。
可定制性:用户可以自定义评分函数,并且支持多种评分函数的线性组合。
约束支持:可以在受体和配体上添加残基约束,以引导对接过程。
高性能计算:支持多核并行计算,可扩展到大规模计算集群。
开源可扩展:采用Python开发,易于理解和扩展。
LightDock的对接过程主要包括以下几个步骤:
初始化:在受体表面生成多个"萤火虫群",每个萤火虫代表一个可能的配体构象。
评分:使用选定的评分函数计算每个萤火虫(构象)的得分。
移动:根据GSO算法,萤火虫向得分更高的邻居移动。
迭代:重复评分和移动步骤,直到达到预设的迭代次数。
聚类:对最终得到的构象进行聚类,选出代表性构象。
LightDock可以通过pip轻松安装:
pip install lightdock
主要依赖包括:NumPy、Scipy、Cython、ProDy和Freesasa。
LightDock的基本使用流程包括:
设置模拟:使用lightdock3_setup.py
脚本准备对接任务。
运行模拟:使用lightdock3.py
脚本执行对接计算。
生成模型:使用lgd_generate_conformations.py
脚本生成最终的对接模型。
聚类:使用lgd_cluster_bsas.py
脚本对结果进行聚类分析。
LightDock已在多项研究中得到应用,包括:
这些应用展示了LightDock在结构生物学和药物设计领域的潜力。
LightDock团队正在持续改进和扩展该框架,未来的发展方向可能包括:
LightDock作为一个开源的多功能分子对接框架,为结构生物学和药物设计领域提供了强大而灵活的计算工具。其基于GSO算法的创新方法,结合多尺度搜索策略和可定制的评分函数,使其能够有效处理各种复杂的分子对接问题。随着生物信息学和计算生物学领域的不断发展,LightDock有望在蛋白质结构预测、药物设计和分子相互作用研究等方面发挥越来越重要的作用。
研究人员和开发者可以通过以下方式获取更多关于LightDock的信息和支持:
LightDock的持续发 展和完善,将为生命科学研究提供更加强大和易用的计算工具,推动结构生物学和药物研发领域的创新和进步。
一键生成PPT和Word,让学习生活更轻松
讯飞智文是一个利用 AI 技术的项目,能够帮助用户生成 PPT 以及各类文档。无论是商业领域的市场分析报告、年度目标制定,还是学生群体的职业生涯规划、实习避坑指南,亦或是活动策划、旅游攻略等内容,它都能提供支持,帮助用户精准表达,轻松呈现各种信息。
深度推理能力全新升级,全面对标OpenAI o1
科大讯飞的星火大模型,支持语言理解、知识问答和文本创作等多功能,适用于多种文件和业务场景,提升办公和日常生活的效率。讯飞星火是一个提供丰富智能服务的平台,涵盖科技资讯、图像创作、写作辅助、编程解答、科研文献解读等功能,能为不同需求的用户提供便捷高效的帮助,助力用户轻松获取信息、解决问题,满足多样化使用场景。
一种基于大语言模型的高效单流解耦语音令牌文本到语音合成模型
Spark-TTS 是一个基于 PyTorch 的开源文本到语音合成项目,由多个知名机构联合参与。该项目提供了高效的 LLM(大语言模型)驱动的语音合成方案,支持语音克隆和语音创建功能,可通过命令行界面(CLI)和 Web UI 两种方式使用。用户可以根据需求调整语音的性别、音高、速度等参数,生成高质量的语音。该项目适用于多种场景,如有声读物制作、智能语音助手开发等。
字节跳动发布的AI编程神器IDE
Trae是一种自适应的集成开发环境(IDE),通过自动化和多元协作改变开发流程。利用Trae,团队能够更快速、精确地编写和部署代码,从而提高编程效率和项目交付速度。Trae具备上下文感知和代码自动完成功能,是提升开发效率的理想工具。
AI助力,做PPT更简单!
咔片是一款轻量化在线演示设计工具,借助 AI 技术,实现从内容生成到智能设计的一站式 PPT 制作服务。支持多种文档格式导入生成 PPT,提供海量模板、智能美化、素材替换等功能,适用于销售、教师、学生等各类人群,能高效制作出高品质 PPT,满足不同场景演示需求。
选题、配图、成文,一站式创作,让内容运营更高效
讯飞绘文 ,一个AI集成平台,支持写作、选题、配图、排版和发布。高效生成适用于各类媒体的定制内容,加速品牌传播,提升内容营销效果。
专业的AI公文写作平台,公文写作神器
AI 材料星,专业的 AI 公文写作辅助平台,为体制内工作人员提供高效的公文写作解决方案。拥有海量公文文库、9 大核心 AI 功能,支持 30 + 文稿类型生成,助力快速完成领导讲话、工作总结、述职报告等材料,提升办公效率,是体制打工人的得力写作神器。
OpenAI Agents SDK,助力开发者便捷使用 OpenAI 相关功能。
openai-agents-python 是 OpenAI 推出的一款强大 Python SDK,它为开发者提供了与 OpenAI 模型交互的高效工具,支持工具调用、结果处理、追踪等功能,涵盖多种应用场景,如研究助手、财务研究等,能显著提升开发效率,让开发者更轻松 地利用 OpenAI 的技术优势。
高分辨率纹理 3D 资产生成
Hunyuan3D-2 是腾讯开发的用于 3D 资产生成的强大工具,支持从文本描述、单张图片或多视角图片生成 3D 模型,具备快速形状生成能力,可生成带纹理的高质量 3D 模型,适用于多个领域,为 3D 创作提供了高效解决方案。
一个具备存储、管理和客户端操作等多种功能的分布式文件系统相关项目。
3FS 是一个功能强大的分布式文件系统项目,涵盖了存储引擎、元数据管理、客户端工具等多个模块。它支持多种文件操作,如创建文件和目录、设置布局等,同时具备高效的事件循环、节点选择和协程池管理等特性。适用于需要大规模数据存储和管理的场景,能够提高系统的性能和可靠性,是分布式存储领域的优质解决方案。
最新AI工具、AI资讯
独家AI资源、AI项目落地
微信扫一扫关注公众号