scGPT简介
scGPT(single-cell Generative Pre-trained Transformer)是一个针对单细胞多组学数据的基础模型,由多伦多大学Wang Bo实验室开发。该模型通过在超过3300万个细胞上进行生成式预训练,捕捉了基因和细胞之间的复杂关系,为多种下游任务提供了强大的基础。
官方资源
学习教程
scGPT提供了丰富的教程,帮助用户快速上手:
预训练模型
scGPT提供了多个预训练模型供下载使用:
- whole-human: 在3300万个正常人细胞上预训练,推荐用于大多数应用
- brain: 在1320万个脑细胞上预训练
- blood: 在1030万个血液和骨髓细胞上预训练
- 更多器官特异性模型
在线应用
scGPT还提供了几个在线应用,可以直接在浏览器中体验:
总结
scGPT为单细胞分析提供了强大的基础模型和丰富的资源。通过本文汇总的学习材料,读者可以快速掌握scGPT的使用,并将其应用到自己的研究中。随着项目的不断发展,我们期待看到scGPT在单细胞领域发挥越来越重要的作用。