scGPT学习资料汇总 - 单细胞多组学基础模型

Ray

scGPT

scGPT简介

scGPT(single-cell Generative Pre-trained Transformer)是一个针对单细胞多组学数据的基础模型,由多伦多大学Wang Bo实验室开发。该模型通过在超过3300万个细胞上进行生成式预训练,捕捉了基因和细胞之间的复杂关系,为多种下游任务提供了强大的基础。

scGPT架构图

官方资源

学习教程

scGPT提供了丰富的教程,帮助用户快速上手:

  1. 零样本应用教程: 展示如何利用预训练模型进行零样本推理
  2. 参考映射教程: 介绍如何将样本映射到参考数据集
  3. 批次整合示例: 演示如何微调模型进行scRNA-seq数据整合

预训练模型

scGPT提供了多个预训练模型供下载使用:

  • whole-human: 在3300万个正常人细胞上预训练,推荐用于大多数应用
  • brain: 在1320万个脑细胞上预训练
  • blood: 在1030万个血液和骨髓细胞上预训练
  • 更多器官特异性模型

预训练模型下载链接

在线应用

scGPT还提供了几个在线应用,可以直接在浏览器中体验:

scGPT在线应用截图

总结

scGPT为单细胞分析提供了强大的基础模型和丰富的资源。通过本文汇总的学习材料,读者可以快速掌握scGPT的使用,并将其应用到自己的研究中。随着项目的不断发展,我们期待看到scGPT在单细胞领域发挥越来越重要的作用。

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