SapBERT-from-PubMedBERT-fulltext-mean-token

SapBERT-from-PubMedBERT-fulltext-mean-token

生物医学实体表示自对齐预训练模型

SapBERT是基于PubMedBERT开发的生物医学预训练模型,采用自对齐技术优化实体语义表示。该模型在医学实体链接任务中表现卓越,创下多项基准测试新纪录。它能有效捕捉精细语义关系,为实体链接等任务提供强大支持。研究人员可通过简单的代码实现实体嵌入提取,便于进行生物医学文本分析。

SapBERT模型实体表示语义关系Github生物医学Huggingface开源项目自然语言处理

SapBERT-from-PubMedBERT-fulltext-mean-token项目介绍

SapBERT-from-PubMedBERT-fulltext-mean-token是一个专门针对生物医学领域的自然语言处理模型。这个项目的主要目标是提高生物医学实体表示的准确性,特别是在捕捉细粒度语义关系方面。

项目背景

随着机器学习技术的发展,掩码语言模型(MLM)在自监督学习中取得了广泛的成功。然而,在生物医学领域准确捕捉细粒度语义关系仍然是一个挑战。对于实体链接等任务来说,准确建模实体关系(尤其是同义关系)至关重要。为了解决这个问题,研究人员提出了SapBERT,这是一种预训练方案,能够自对齐生物医学实体的表示空间。

技术特点

  1. 基础模型:该项目使用了microsoft/BiomedNLP-PubMedBERT-base-uncased-abstract-fulltext作为基础模型。

  2. 训练数据:模型使用2020年版的UMLS(统一医学语言系统)进行训练,仅包含英语内容。

  3. 表示方法:推荐使用输出的平均池化作为表示。

  4. 可扩展的度量学习框架:SapBERT设计了一个可扩展的度量学习框架,可以利用UMLS这个包含400多万个概念的庞大生物医学本体集合。

应用场景

SapBERT为医疗实体链接(MEL)问题提供了一个优雅的一体化解决方案。它在六个MEL基准数据集上达到了新的最先进水平。在科学领域,即使没有特定任务的监督,也能达到最先进的水平。

使用方法

项目提供了一个简单的Python脚本,用于将一系列字符串(实体名称)转换为嵌入向量。用户可以使用AutoTokenizer和AutoModel从Hugging Face模型库中加载预训练的模型和分词器,然后对输入的实体名称进行批处理和编码,最后得到每个实体的嵌入表示。

项目亮点

  1. 性能优越:SapBERT在多个生物医学NLP任务上的表现大幅超越了其他领域特定的预训练MLM,如BioBERT、SciBERT和PubMedBERT。

  2. 跨语言扩展:该项目的跨语言扩展版本已被ACL 2021主会议接收。

  3. 一体化解决方案:相比之前的基于管道的混合系统,SapBERT提供了一个优雅的一体化解决方案。

  4. 有效且稳健:预训练方案被证明既有效又稳健,能够适应各种生物医学NLP任务。

总的来说,SapBERT-from-PubMedBERT-fulltext-mean-token项目为生物医学领域的实体表示和关系建模提供了一个强大的工具,有望推动该领域自然语言处理技术的进一步发展。

编辑推荐精选

讯飞智文

讯飞智文

一键生成PPT和Word,让学习生活更轻松

讯飞智文是一个利用 AI 技术的项目,能够帮助用户生成 PPT 以及各类文档。无论是商业领域的市场分析报告、年度目标制定,还是学生群体的职业生涯规划、实习避坑指南,亦或是活动策划、旅游攻略等内容,它都能提供支持,帮助用户精准表达,轻松呈现各种信息。

AI办公办公工具AI工具讯飞智文AI在线生成PPTAI撰写助手多语种文档生成AI自动配图热门
讯飞星火

讯飞星火

深度推理能力全新升级,全面对标OpenAI o1

科大讯飞的星火大模型,支持语言理解、知识问答和文本创作等多功能,适用于多种文件和业务场景,提升办公和日常生活的效率。讯飞星火是一个提供丰富智能服务的平台,涵盖科技资讯、图像创作、写作辅助、编程解答、科研文献解读等功能,能为不同需求的用户提供便捷高效的帮助,助力用户轻松获取信息、解决问题,满足多样化使用场景。

热门AI开发模型训练AI工具讯飞星火大模型智能问答内容创作多语种支持智慧生活
Spark-TTS

Spark-TTS

一种基于大语言模型的高效单流解耦语音令牌文本到语音合成模型

Spark-TTS 是一个基于 PyTorch 的开源文本到语音合成项目,由多个知名机构联合参与。该项目提供了高效的 LLM(大语言模型)驱动的语音合成方案,支持语音克隆和语音创建功能,可通过命令行界面(CLI)和 Web UI 两种方式使用。用户可以根据需求调整语音的性别、音高、速度等参数,生成高质量的语音。该项目适用于多种场景,如有声读物制作、智能语音助手开发等。

Trae

Trae

字节跳动发布的AI编程神器IDE

Trae是一种自适应的集成开发环境(IDE),通过自动化和多元协作改变开发流程。利用Trae,团队能够更快速、精确地编写和部署代码,从而提高编程效率和项目交付速度。Trae具备上下文感知和代码自动完成功能,是提升开发效率的理想工具。

AI工具TraeAI IDE协作生产力转型热门
咔片PPT

咔片PPT

AI助力,做PPT更简单!

咔片是一款轻量化在线演示设计工具,借助 AI 技术,实现从内容生成到智能设计的一站式 PPT 制作服务。支持多种文档格式导入生成 PPT,提供海量模板、智能美化、素材替换等功能,适用于销售、教师、学生等各类人群,能高效制作出高品质 PPT,满足不同场景演示需求。

讯飞绘文

讯飞绘文

选题、配图、成文,一站式创作,让内容运营更高效

讯飞绘文,一个AI集成平台,支持写作、选题、配图、排版和发布。高效生成适用于各类媒体的定制内容,加速品牌传播,提升内容营销效果。

热门AI辅助写作AI工具讯飞绘文内容运营AI创作个性化文章多平台分发AI助手
材料星

材料星

专业的AI公文写作平台,公文写作神器

AI 材料星,专业的 AI 公文写作辅助平台,为体制内工作人员提供高效的公文写作解决方案。拥有海量公文文库、9 大核心 AI 功能,支持 30 + 文稿类型生成,助力快速完成领导讲话、工作总结、述职报告等材料,提升办公效率,是体制打工人的得力写作神器。

openai-agents-python

openai-agents-python

OpenAI Agents SDK,助力开发者便捷使用 OpenAI 相关功能。

openai-agents-python 是 OpenAI 推出的一款强大 Python SDK,它为开发者提供了与 OpenAI 模型交互的高效工具,支持工具调用、结果处理、追踪等功能,涵盖多种应用场景,如研究助手、财务研究等,能显著提升开发效率,让开发者更轻松地利用 OpenAI 的技术优势。

Hunyuan3D-2

Hunyuan3D-2

高分辨率纹理 3D 资产生成

Hunyuan3D-2 是腾讯开发的用于 3D 资产生成的强大工具,支持从文本描述、单张图片或多视角图片生成 3D 模型,具备快速形状生成能力,可生成带纹理的高质量 3D 模型,适用于多个领域,为 3D 创作提供了高效解决方案。

3FS

3FS

一个具备存储、管理和客户端操作等多种功能的分布式文件系统相关项目。

3FS 是一个功能强大的分布式文件系统项目,涵盖了存储引擎、元数据管理、客户端工具等多个模块。它支持多种文件操作,如创建文件和目录、设置布局等,同时具备高效的事件循环、节点选择和协程池管理等特性。适用于需要大规模数据存储和管理的场景,能够提高系统的性能和可靠性,是分布式存储领域的优质解决方案。

下拉加载更多