fastMRI

fastMRI

原始 MRI 测量值和临床 MRI 图像的大规模数据集

fastMRI项目通过减少测量数据,加速MRI扫描,降低医疗成本,减轻患者压力。该项目由Facebook AI Research和NYU Langone Health合作,利用AI技术提升MRI速度,发布了包含膝盖和大脑MRI数据的开源数据集。项目提供数据加载、模型训练等相关工具和实现方法。

fastMRI磁共振成像人工智能PyTorch数据集Github开源项目

fastMRI 项目介绍

项目背景

磁共振成像(MRI)作为一种先进的医学影像技术,在临床诊断中发挥着重要作用。然而,由于MRI扫描速度较慢,常常导致患者长时间等待,并增加医院的运营成本。同时,MRI设备也很昂贵,限制了其在某些领域的广泛应用。因此,提升MRI扫描的速度成为一个重要的研究方向。

fastMRI项目便是针对这一问题而展开。它是由Facebook AI研究院(FAIR)与纽约大学朗格尼医学中心(NYU Langone Health)合作发起的研究项目,旨在利用人工智能技术加速MRI扫描,从而降低医疗成本,减轻患者负担。

项目数据集

fastMRI项目中,NYU Langone Health发布了一些完全匿名化的膝盖和脑部MRI数据集。研究人员可以从fastMRI数据集页面下载这些数据用于研究。以下是一些与数据集和基线相关的出版物和文献:

  • 项目概述与基线数据: 描述了整个fastMRI项目的开放数据集和加速MRI的基准。
  • 膝盖数据: 提供了用于MRI图像重建的膝盖原始k-空间和DICOM数据集。
  • 脑部数据特性: 描述了脑部数据集特性和挑战的补充材料。
  • 前列腺数据: 发布了用于前列腺癌图像机器学习的双参数MRI数据集。

代码库及其安装

fastMRI项目提供了一个方便的PyTorch数据加载器、子采样函数、评估指标以及简单的基线方法参考实现代码库。这些工具能够帮助研究人员更好地实现基线模型和完成实验。要安装代码库,用户需首先安装PyTorch,然后通过pip安装fastmri库即可。项目的结构如下:

  • fastmri: 包含复数数学工具、线圈组合等基础工具
  • fastmri.data: 提供用于创建采样掩模及提交文件的数据工具函数
  • fastmri.models: 包含U-Net和VarNet等重建模型
  • fastmri.pl_modules: 提供用于数据加载、训练及日志记录的PyTorch Lightning模块

示例及再现性

项目中提供了一些代码示例供研究人员使用,以确保实验的可复现性。研究人员可以在项目中找到各种基线模型、采样、重建以及伪影校正的实现。

研究论文与引用

fastMRI项目成果体现在诸多研究论文中,涵盖了加速MRI扫描的数据集、基线模型和人工智能方法等方面。研究人员若在其项目中使用了fastMRI数据或代码,建议引用相应的研究论文。

项目许可

fastMRI项目使用MIT许可,开放供研究人员和开发者使用与贡献。

通过这一项目,研究人员希望推动MRI成像技术的进步,最终能在实际医疗应用中显著提升效率和效果。

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