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x-unet

集成高效注意力机制的先进U-Net框架

x-unet是一个基于U-Net架构的开源项目,融合了高效注意力机制和最新研究成果。支持2D和3D图像处理,提供嵌套U-Net深度和上采样特征图合并等灵活配置。适用于生物医学图像分割和显著对象检测等任务,是一个功能强大的深度学习工具。

x-unet

实现一个完整的U-net,包含高效注意力机制以及最新的研究成果

安装

$ pip install x-unet

使用

import torch
from x_unet import XUnet

unet = XUnet(
    dim = 64,
    channels = 3,
    dim_mults = (1, 2, 4, 8),
    nested_unet_depths = (7, 4, 2, 1),     # 嵌套unet深度,来自unet-squared论文
    consolidate_upsample_fmaps = True,     # 是否合并所有上采样块的输出,用于unet-squared论文
)

img = torch.randn(1, 3, 256, 256)
out = unet(img) # (1, 3, 256, 256)

对于3D(视频或CT / MRI扫描)

import torch
from x_unet import XUnet

unet = XUnet(
    dim = 64,
    frame_kernel_size = 3,                 # 将此设置为大于1
    channels = 3,
    dim_mults = (1, 2, 4, 8),
    nested_unet_depths = (5, 4, 2, 1),     # 嵌套unet深度,来自unet-squared论文
    consolidate_upsample_fmaps = True,     # 是否合并所有上采样块的输出,用于unet-squared论文
    weight_standardize = True
)

video = torch.randn(1, 3, 10, 128, 128)    # (批次, 通道, 帧数, 高度, 宽度)
out = unet(video) # (1, 3, 10, 128, 128)

待办事项

  • 3D的内存效率 - 可逆块、检查点、内存高效unet
  • 提供轴向卷积选项(将帧卷积放在resnet链的末端)

引用

@article{Ronneberger2015UNetCN,
    title   = {U-Net: Convolutional Networks for Biomedical Image Segmentation},
    author  = {Olaf Ronneberger and Philipp Fischer and Thomas Brox},
    journal = {ArXiv},
    year    = {2015},
    volume  = {abs/1505.04597}
}
@article{Qin2020U2NetGD,
    title   = {U2-Net: Going Deeper with Nested U-Structure for Salient Object Detection},
    author  = {Xuebin Qin and Zichen Vincent Zhang and Chenyang Huang and Masood Dehghan and Osmar R Zaiane and Martin J{\"a}gersand},
    journal = {ArXiv},
    year    = {2020},
    volume  = {abs/2005.09007}
}
@inproceedings{Henry2020QueryKeyNF,
    title   = {Query-Key Normalization for Transformers},
    author  = {Alex Henry and Prudhvi Raj Dachapally and Shubham Vivek Pawar and Yuxuan Chen},
    booktitle = {FINDINGS},
    year    = {2020}
}
@article{Qiao2019WeightS,
    title   = {Weight Standardization},
    author  = {Siyuan Qiao and Huiyu Wang and Chenxi Liu and Wei Shen and Alan Loddon Yuille},
    journal = {ArXiv},
    year    = {2019},
    volume  = {abs/1903.10520}
}
@article{Shleifer2021NormFormerIT,
    title   = {NormFormer: Improved Transformer Pretraining with Extra Normalization},
    author  = {Sam Shleifer and Jason Weston and Myle Ott},
    journal = {ArXiv},
    year    = {2021},
    volume  = {abs/2110.09456}
}
@article{Sunkara2022NoMS,
    title   = {No More Strided Convolutions or Pooling: A New CNN Building Block for Low-Resolution Images and Small Objects},
    author  = {Raja Sunkara and Tie Luo},
    journal = {ArXiv},
    year    = {2022},
    volume  = {abs/2208.03641}
}
@inproceedings{Woo2023ConvNeXtVC,
    title   = {ConvNeXt V2: Co-designing and Scaling ConvNets with Masked Autoencoders},
    author  = {Sanghyun Woo and Shoubhik Debnath and Ronghang Hu and Xinlei Chen and Zhuang Liu and In-So Kweon and Saining Xie},
    year    = {2023}
}
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