2024年3月:我们上传了新的GenePT嵌入,包括1. 额外的蛋白质信息和2. 更新的文本嵌入模型,可在 获取。
GenePT
是一个单细胞基础模型(即在广泛数据上训练的模型,使其能够应用于各种下游任务),利用ChatGPT嵌入来解决基因级和细胞级生物学任务。这个项目受到最近使用大规模基因表达数据(例如,数千万个细胞)开发单细胞生物学基础模型的重大进展的启发。
现有模型间接从基因表达谱中学习基因和细胞功能,通常需要大量数据整理和资源密集型训练。相比之下,GenePT提供了一种互补方法,使用NCBI的单个基因文本描述结合GPT-3.5生成基因嵌入。GenePT然后通过两种方式产生单细胞嵌入:(i) 通过平均基因嵌入,按每个基因的表达水平加权;或 (ii) 为每个细胞创建一个句子嵌入,使用按表达水平排序的基因名称。
无需数据集整理和额外预训练,GenePT高效且用户友好。在许多用于评估近期单细胞基础模型的下游任务中——如分类基因属性和细胞类型——GenePT达到了与现有单细胞基础模型相当,甚至更优的性能。GenePT证明,使用大型语言模型对文献的嵌入是开发生物学基础模型的一种直接有效的方法。
用于生成GenePT数据和复现论文分析的脚本可在仓库中找到(每个脚本的详细信息见下面的分析文件breakdown部分)。
我们还提供以下随时可用的数据集,可能对更广泛的应用有用:
text-embedding-ada-002
和text-embedding-3-large
)。我们提供示例笔记本来运行以下分析:
如果您需要当前未包含的教程,请提交问题。
如果您在分析中使用了GenePT
,请引用我们的论文:
Chen YT, Zou J. (2023+) GenePT: A Simple But Effective Foundation Model for Genes and Cells Built From ChatGPT. bioRxiv预印本:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.10.16.562533v2。
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