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基于Transformer的神经网络架构实现精准基因表达预测

长程相互作用深度学习Enformer基因表达预测HuggingfaceGithub开源项目模型Transformer架构

Enformer是一个基于Transformer的神经网络架构，能从DNA序列中精确预测基因表达。该模型由Avsec等人在Nature期刊发表，并在DeepMind的GitHub仓库首次公开。本项目将官方权重移植至PyTorch，为基因组学研究提供了有力工具。研究人员可参考enformer-pytorch的使用说明，进行基因表达预测和分析。该模型在整合长程相互作用方面表现出色，大幅提高了基因表达预测的准确性。

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介绍相关项目
longformer-base-4096 - 专为长文档设计的Longformer transformer模型
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gliner_medium-v2.1 - 多功能通用型命名实体识别模型GLiNER
GLiNERGithubHuggingface人工智能命名实体识别开源项目机器学习模型自然语言处理
GLiNER是一种基于双向Transformer编码器的命名实体识别模型，可识别任意类型的实体。该模型为资源受限场景提供了实用的替代方案，克服了传统NER模型仅限预定义实体的局限性，同时避免了大型语言模型的高成本问题。GLiNER支持多语言，提供不同规模的版本，安装使用简便。在NER基准测试中表现优异，适用于多种应用场景。
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GithubHuggingfaceONNXTransformers.jsWebMLbase_model开源项目模型模型转换
此项目通过兼容ONNX权重与Transformers.js，支持WebML技术发展。用户可将模型转换为ONNX格式，以满足网页应用需求。本页面提供指南，协助开发者将模型转为ONNX并在Web环境中应用。更多详情可参考🤗 Optimum项目，获取详细优化支持与结构建议。
iTransformer - 用于多变量时间序列预测的iTransformer模型
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mformer-sanctity - 开源深度学习NLP开发框架
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这是一个基于MIT许可证的开源自然语言处理项目，使用transformers技术进行开发。该框架旨在为NLP应用开发提供支持，集成了相关工具和技术组件。框架采用模块化设计，便于开发者进行自然语言处理相关功能的开发和部署。
mindformers - 全流程大模型开发套件
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MindFormers是基于MindSpore的大模型开发套件,提供全流程开发能力。支持LLama2、GLM2、BERT等主流Transformer模型和文本生成、图像分类等任务。具备并行训练、灵活配置、自动优化等特性,可实现从单卡到集群的无缝扩展。提供高阶API和预训练权重自动下载,便于AI计算中心快速部署。
Transformers-for-NLP-2nd-Edition - BERT到GPT-4的Transformer模型详解
BERTGPT-4GithubOpenAI APITransformers-for-NLP-2nd-Edition开源项目机器学习
本项目涵盖了从BERT到GPT-4的Transformer模型，提供了在Hugging Face和OpenAI环境下的微调、训练及提示工程示例。还包括ChatGPT、GPT-3.5-turbo、GPT-4和DALL-E的使用示例，包括语音到文本、文本到语音、文本到图像生成等内容。详述了GPT-4 API提示工程和最新平台更新，提供实用的指导与教程。
Clinical-Longformer - 基于Longformer的临床知识增强模型 提高医疗NLP任务效果
Clinical-LongformerGithubHuggingface临床自然语言处理医疗信息学开源项目模型长文本处理预训练语言模型
Clinical-Longformer是一种临床知识增强的预训练语言模型，基于Longformer架构开发。该模型利用MIMIC-III临床笔记进行进一步预训练，可处理长达4,096个token的输入。在10个基准数据集上，Clinical-Longformer在多项任务中表现优于ClinicalBERT，包括命名实体识别、问答、自然语言推理和文本分类。这一改进为长文本临床NLP任务提供了更有效的工具，有望推动医疗领域自然语言处理技术的进步。
sentence-transformers - 多语言文本和图像嵌入向量生成框架
GithubSentence Transformers向量表示开源项目深度学习自然语言处理预训练模型
sentence-transformers是一个基于transformer网络的框架，用于生成句子、段落和图像的向量表示。该项目提供了多语言预训练模型，支持自定义训练，适用于语义搜索、相似度计算、聚类等场景。这个开源工具在自然语言处理和计算机视觉任务中表现出色，为研究人员和开发者提供了便捷的嵌入向量生成方案。
mit-b2 - 高效语义分割的简单Transformer设计
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