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scrnaseq

单细胞RNA测序数据分析流程 支持多种工具的开源项目

nf-core/scrnaseq是一个开源的单细胞RNA测序数据分析流程。该项目集成了Alevin-Fry、STARSolo、Kallisto等多种分析工具,可处理10x Genomics等平台产生的数据。流程提供详细文档和灵活的参数设置,支持多种运行环境。用户可根据需求选择合适的分析方法,输出h5ad、Seurat或mtx格式结果。项目持续更新,旨在为单细胞转录组分析提供标准化和可重复的解决方案。

toil - 跨平台Python工作流管理系统
GithubPythonToil云计算工作流管理系统开源项目生物信息学
Toil是一个开源的跨平台工作流管理系统,主要用于生物信息学领域。它支持CWL和WDL编写的工作流,并提供Python API用于自定义工作流开发。该系统可在本地、HPC集群或云端运行,兼容Linux和macOS平台。Toil采用Python编写,遵循函数式编程原则,具有高效、可扩展的特点,为复杂数据处理提供灵活的管理方案。
awesome-kubeflow - Kubeflow开源生态系统 云原生机器学习工作流平台
GithubKubeflowKubernetesMLOps云原生开源项目机器学习工作流
Awesome-kubeflow收录了Kubeflow相关的优质项目和资源。作为CNCF孵化项目,Kubeflow致力于简化Kubernetes上的机器学习工作流部署。该列表涵盖Kubeflow核心组件、生态系统项目、书籍、博客和视频等全方位资源,适合开发者和数据科学家了解Kubeflow并应用于MLOps实践。
scio - 用于 Apache Beam 和 Google Cloud Dataflow 的 Scala API
Apache BeamGithubGoogle Cloud DataflowScalaScio分布式数据处理开源项目
Scio是一个为Apache Beam和Google Cloud Dataflow设计的Scala API,灵感源自Apache Spark和Scalding。它支持统一的批处理和流处理编程模型,并与Google Cloud产品及多种工具如Avro、Cassandra、Elasticsearch、gRPC、JDBC、Neo4j、Parquet、Redis和TensorFlow等集成。Scio还具备交互模式、类型安全的BigQuery访问,并支持与Algebird和Breeze的集成,通过Scala Futures进行管道编排。其详尽的文档、示例和扩展模块为用户提供了全面的使用指南和示例。
genome-spy - 基于WebGL的基因组数据可视化工具包 支持多样本分析与交互
GenomeSpyGithubWebGL基因组可视化开源项目数据可视化生物信息学
GenomeSpy是一款基因组数据可视化工具包,采用Vega-Lite风格的语法和WebGL渲染技术。它能处理数千个患者样本,提供分面、过滤、排序和分组功能。此外,GenomeSpy具备交互式界面,支持会话管理、URL哈希和书签,方便研究人员分析复杂的基因组数据。
enformer-pytorch - 基于深度学习的基因表达预测工具
DeepmindEnformerGithubHuggingfacePytorch基因表达预测开源项目
此项目实现了Deepmind的Enformer模型在Pytorch框架下的应用,用于预测基因表达,并支持微调预训练模型以适应下游任务。用户可以通过简易安装和提供的代码示例快速使用该模型。此外,该项目还包含染色质可及性预测的微调方法,并支持从Huggingface下载预训练权重。在内存优化和详细的安装、使用说明方面进行了多项改进,帮助用户高效地进行基因组数据分析和预测。
aiflows - AI工作流设计与实现的模块化开源框架
CoLinkFlowVerseFunSearchGithubPython 3.10aiFlows开源项目
aiFlows是一个模块化框架,简化了涉及人类、AI系统和工具的复杂工作流的设计和实现。其特点包括模块化设计、可复用性、点对点远程协作和并发执行。通过FlowVerse社区,用户可以下载和定制各种工作流,促进AI研究者和实践者的协作和反馈。支持Python 3.10+,助力下一代AI工具的开发和优化。
Scriptis - 多语言支持的交互式数据分析和脚本开发平台
GithubScriptis交互式数据分析开源项目数据库服务脚本开发计算引擎
Scriptis是一个开源的交互式数据分析平台,支持SQL、PySpark和HiveQL等多种脚本语言开发。该平台提供任务提交、UDF管理、资源管理和智能诊断等功能。通过Linkis连接Spark、Hive等多种计算引擎,实现作业生命周期展示、多结果集支持和数据库管理。Scriptis还具备自动补全、语法高亮和SQL语法纠错等特性,适用于数据分析和脚本开发工作。
nucleotide-transformer - Transformer驱动的基因组语言及单核苷酸序列分割模型
DNA序列解析GithubNucleotide TransformersSegmentNTgenomics开源项目预训练模型
nucleotide-transformer项目提供了九种预训练基因组语言模型和两种SegmentNT分割模型。基于Transformer的基因组模型综合了3,200个人类基因组和850个不同物种的基因组数据,能够高精度预测分子表型。Agro NT模型专用于农作物基因组,在基因调控和表达预测上表现优异。这些模型可以实现对DNA序列基因组元素的单核苷酸分辨率分割。
rill-flow - 可扩展的分布式工作流管理服务
GithubRill Flow云原生分布式系统工作流调度开源项目高性能
Rill Flow 是一款高性能和可扩展的分布式工作流管理服务,支持每日处理数以千万计的任务,执行延迟低于100毫秒。核心功能包括易用的可视化流程编排、插件集成、云原生容器部署与函数编排,并支持快速集成大型语言模型服务,适用于异构分布式系统的编排与调度。
flink - 开源流处理框架 实时批处理数据分析利器
Apache FlinkGithub开源项目批处理数据流流处理框架
Apache Flink是开源流处理框架,专注于高性能流处理和批处理。框架提供Java和Scala API,支持高吞吐低延迟的事件处理。主要特性包括事件时间处理、灵活窗口操作和exactly-once语义。Flink还集成了图计算、机器学习库,并可与Hadoop生态系统无缝对接。该框架适用于实时分析和大规模数据处理场景,为企业提供强大的数据处理能力。
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