#分子动力学模拟

AI2BMD是一个结合人工智能和从头计算方法的蛋白质分子动力学模拟工具。它包含AIMD-Chig数据集、ViSNet和Geoformer模型架构，以及完整的模拟程序。该工具在保持高精度的同时提高了模拟效率，为蛋白质研究和药物开发提供了新的研究方法。

LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一款开源的经典分子动力学模拟软件，基于GNU通用公共许可证发布。由美国能源部资助开发，专为高效并行计算设计，适用于大规模原子和分子系统模拟。LAMMPS支持多种势函数、粒子类型和边界条件，提供多种编程语言接口。其模块化结构便于扩展，广泛应用于材料科学、生物物理和化学工程研究。

PyEMMA是一个开源的Python/C软件包,用于分析大规模分子动力学模拟数据。它提供聚类、特征化、马尔可夫状态模型等算法,支持分子动力学数据的估计、验证和分析。该工具可通过Jupyter notebook或Python脚本使用,适合分子动力学研究人员进行数据分析和建模。PyEMMA具备高性能和易用性,在分子模拟领域广受欢迎。