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HistomicsTK

数字病理图像分析的Python工具包，支持独立和网络集成

HistomicsTKPythonDigital Slide ArchiveHistomicsUIGithub开源项目病理影像分析

HistomicsTK是一个用于数字病理图像分析的Python包，可以独立使用或作为Digital Slide Archive的插件。通过HistomicsUI执行图像分析任务，其功能可通过slicer cli web扩展，允许开发者集成自己的图像分析算法。借助机器学习技术和多分辨率图像，HistomicsTK帮助研究组织学、临床结果及基因数据的关系。适用于路径学家和算法研究者，提供如颜色归一化和细胞核分割等功能，支持Linux、Windows和OSX的安装指南。详细信息请访问官网。

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介绍相关项目
hibou-L - 专注数字病理学的预训练视觉Transformer模型
DINOv2GithubHibou-LHuggingface医学影像开源项目模型病理学视觉转换器
面向数字病理学的视觉Transformer模型，通过12亿张医疗图像数据集训练而成。模型专注于病理图像特征提取，可应用于多种病理分析任务，并通过transformers库实现便捷部署。
clinica - 多模态神经影像分析平台 支持临床研究
BIDS标准ClinicaGithub临床神经影像开源项目数据处理管道机器学习
Clinica是一个开源的临床神经影像研究软件平台，支持多模态数据处理。平台提供多种处理流程，用于分析T1加权MRI、弥散MRI和PET数据。它可将公开数据集转换为BIDS格式，并集成机器学习和深度学习技术。Clinica为神经退行性疾病研究提供了有力工具，尤其适用于阿尔茨海默病等领域。
pytimetk - 快速高效的Python时间序列分析库
GithubPython库pytimetk可视化开源项目数据处理时间序列分析
pytimetk是一个高效的Python时间序列分析库，通过简洁语法和优化计算简化了时间序列操作和可视化。相比pandas，它提供3-3500倍的速度提升，并减少代码复杂度。主要功能包括快速时间聚合、便捷绘图、日历特征提取和异常检测等。pytimetk适用于商业预测和科学研究，为时间序列分析提供了全面的解决方案。
hibou-b - 基于DINOv2框架预训练的数字病理学视觉Transformer模型
DINOv2GithubHuggingface医学图像处理开源项目数字病理学模型深度学习视觉Transformer
Hibou-B是一个针对数字病理学的基础视觉Transformer模型，基于DINOv2框架在私有数据集上预训练而成。模型通过自定义实现支持寄存器功能，增强了数字病理图像的特征提取能力。研究人员可利用transformers库轻松调用Hibou-B，为病理学研究和临床诊断提供AI分析支持。该开源项目为数字病理学领域的图像分析任务提供了有力工具。
neurite - 医疗影像分析神经网络工具箱，支持TensorFlow和Keras
GithubNeuritekerastensorflow医疗影像分析卷积网络开源项目
Neurite是一个专注于医疗影像分析的神经网络工具箱，兼容TensorFlow和Keras，包括多种网络层、实用工具、灵活模型、生成器和回调函数，适合处理、训练和调试医疗影像数据。其主要功能有UNet模型、卷积编码器和解码器、N维网格插值、分割工具和度量指标。该工具可以通过pip简单安装，并提供科研文献引用支持，项目鼓励社区贡献，已在VoxelMorph和brainstorm等项目中使用。
HyperCoast - 海岸环境高光谱数据分析与可视化的Python工具包
GithubHyperCoast开源项目数据可视化海岸环境遥感高光谱数据
HyperCoast是一个用于海岸环境高光谱数据分析和可视化的Python包。它支持AVIRIS、NEON、PACE、EMIT和DESIS等多种卫星和航空任务数据的处理。该工具包提供交互式数据探索、光谱特征提取、波段组合调整、3D数据可视化以及切片和阈值操作功能。HyperCoast还集成了NASA高光谱数据搜索工具，是一个功能全面的全球高光谱数据处理解决方案，尤其适用于海岸区域研究。
DI-toolkit - 简化深度学习实验流程的开源工具集
DI-toolkitGithubPython工具包TensorBoard工具开源项目文档生成日志系统
DI-toolkit是一个开源的深度学习工具集，提供日志系统、注释文档生成和TensorBoard数据提取等功能。该工具支持多个Python版本，拥有完善的文档和测试。DI-toolkit致力于简化深度学习实验流程，为研究人员提供便利。
nitrain - 医学图像采样与增强的跨平台Python库
AI框架GithubNitrainPython医学影像开源项目深度学习
Nitrain是一个高层次的Python库，用于简化医学图像采样和增强，支持多个框架（如Torch、TensorFlow、Keras）。该项目旨在简化医疗成像AI模型的训练过程，通过详细教程和文档，用户可以迅速上手并进行模型的训练和可视化。Nitrain提供合理的默认设置，使得模型训练变得更加简单，并且支持多个依赖包如ANTS。
deepcell-tf - 用于单细胞生物图像分析的深度学习库
Githubdeepcell-tf单细胞分析开源项目时间序列数据深度学习细胞分割
DeepCell-tf是一个用于生物图像单细胞分析的深度学习库，基于Python和TensorFlow 2构建，提供预训练模型用于图像数据分析，并支持开发新的深度学习模型。其特色包括细胞分割和追踪模型的应用，处理2D、3D图像和时间序列数据。此外，还能结合DeepCell Toolbox、DeepCell Tracking和DeepCell Kiosk等工具进行预处理、追踪和大数据集云端部署。该库支持GPU加速，提供详细文档和示例，方便快速上手和模型训练。
SyntheticTumors - 合成肿瘤数据助力AI提升真实肿瘤分割效果
AIGithub医学影像合成肿瘤开源项目深度学习肿瘤分割
SyntheticTumors项目开发了创新策略生成合成肝脏肿瘤数据，用于训练AI模型。研究发现，使用合成肿瘤数据训练的模型在真实肿瘤分割任务中表现优于使用真实肿瘤数据训练的模型。项目提供了多个合成肿瘤示例，展示了其与真实肿瘤的视觉相似性。这种方法为医学影像分析和AI辅助诊断提供了新的研究方向。
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