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多模态神经影像分析平台支持临床研究

Clinica 临床神经影像数据处理管道 BIDS标准机器学习 Github 开源项目

Clinica是一个开源的临床神经影像研究软件平台，支持多模态数据处理。平台提供多种处理流程，用于分析T1加权MRI、弥散MRI和PET数据。它可将公开数据集转换为BIDS格式，并集成机器学习和深度学习技术。Clinica为神经退行性疾病研究提供了有力工具，尤其适用于阿尔茨海默病等领域。

文档

LLaVA-Med - 生物医学视觉语言模型助力图像分析与智能问答

GithubLLaVA-Med多模态大语言模型开源项目生物医学视觉问答

LLaVA-Med是一个针对生物医学领域的大规模语言和视觉模型。该模型通过课程学习方法对LLaVA进行了生物医学领域适应，在PathVQA和VQA-RAD等开放式生物医学问答任务中表现优异。LLaVA-Med支持多模态对话和视觉问答，为生物医学视觉语言处理研究提供了有力工具。需要注意的是，此模型仅供研究使用，不适用于临床决策。

INSIGHT - 医学研究领域的智能AI助手

AIGithubINSIGHTPubMed任务列表医疗研究开源项目

INSIGHT是一款用于医学研究的自主AI。它通过主控代理生成任务列表，工作代理负责完成任务并将结果保存到llama索引中。主控代理会根据结果调整任务优先级。INSIGHT还支持调用PubMed和MyGene APIs，并能够加载和续运行数据文件。用户可通过talk_to_index.py与数据库互动，提出数据相关问题。系统操作简便，只需配置OpenAI API密钥并安装依赖即可运行。

DeepLIIF - 深度学习框架实现免疫组织化学图像的多重荧光转换与定量分析

DeepLIIFGithub免疫组化多重免疫荧光开源项目深度学习细胞分割

DeepLIIF是一个开源深度学习框架，用于免疫组织化学(IHC)图像的多重荧光转换和定量分析。它在单步骤中实现染色分离、细胞分割和IHC评分。通过利用IHC和多重免疫荧光配准数据集，DeepLIIF可将IHC图像转换为多重免疫荧光图像，同时提供细胞分割和分类。该项目已部署为云原生平台，支持多种输入格式，并集成MLOps流程，为病理学研究和临床应用提供支持。

SynthSeg - 通用深度学习脑部MRI分割工具适用多种对比度和分辨率

SynthSeg深度学习脑部扫描分割

SynthSeg是一种深度学习脑部MRI分割工具，可处理不同对比度和分辨率的扫描。无需重新训练即可适用于各年龄段和健康状况的人群，可处理预处理或未预处理的扫描，并能应对白质病变。SynthSeg 2.0版本增加了皮层分区、自动质量控制和颅内容积估计功能，提高了其在分析大规模异质临床脑MRI数据集中的实用性。

ClinicalNER - 多语言临床命名实体识别模型提取医疗文本中的药物和用药信息

GithubHuggingfaceMedNERFXLM-R临床命名实体识别医疗文本分析多语言模型开源项目模型

ClinicalNER是一个基于XLM-R Base的多语言临床命名实体识别模型，通过英语n2c2数据集微调。该模型能从医疗文本中提取药物、剂量、频率、持续时间、用量和剂型等实体信息。在法语评估测试集MedNERF上，ClinicalNER展现了优异的零样本跨语言迁移能力，micro-F1分数达0.804。支持英、法、德、西、意等多种语言，ClinicalNER为临床文本分析提供了实用的工具。

deepdataspace - 开源计算机视觉数据集工具提供可视化标注和分析功能

DeepDataSpaceGithub开源数据集工具开源项目数据可视化数据标注模型分析

DeepDataSpace是一个开源计算机视觉数据集工具，提供交互式数据可视化、探索和智能标注功能。支持多平台和协作工作流，易于安装使用。通过直观界面帮助用户高效管理和分析大规模图像数据集，适用于CV项目开发和研究。

Pytorch-Medical-Segmentation - 基于PyTorch的医学图像分割框架支持2D和3D多模态分析

GithubPytorch医学图像分割开源项目深度学习神经网络

Pytorch-Medical-Segmentation是一个开源医学图像分割框架，支持2D和3D多模态分析。该项目集成多种先进算法，兼容主流医学影像格式，提供灵活配置选项。内置训练推理流程和评估指标，便于研究人员和开发者快速实现各类医学图像分割任务。

clip-retrieval - 构建高效图像和文本检索系统的开源工具

Githubclip-retrieval图像嵌入开源项目文本嵌入机器学习语义搜索

clip-retrieval 提供一个建立语义搜索系统的强大工具，使得用户能够迅速实现图像和文本的嵌入计算及索引构建。该项目能在20小时内处理超过1亿的图文嵌入，支持远程查询、数据过滤以及简洁的前端用户界面，适用于学术研究和商业应用。

Medical_NLP - 医疗行业自然语言处理资源汇总，包括评测、数据集和预训练模型

GithubMedical_NLP中文医疗基准测评开源项目开源预训练模型数据集评测

UniSeg - 多模态3D医学图像通用分割模型

GithubMICCAI 2023UniSeg分割模型医学图像多器官分割开源项目

UniSeg是一个基于提示驱动的通用分割模型，可对多模态、多领域的3D医学图像进行多器官、肿瘤和椎骨分割。作为强大的分割模型和特征学习器，UniSeg提供完整代码实现、预训练模型及详细使用说明。项目涵盖数据准备、预处理、训练和测试等步骤。在MICCAI SegRap 2023比赛中，UniSeg在两项任务中均获得第二名，展现了其在医学图像分割领域的出色表现。

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