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生物医学数据集库促进机器学习研究

BigBIO是一个基于Huggingface datasets库开发的生物医学数据加载器库。该项目提供超过126个生物医学数据集的轻量级访问,覆盖10余种语言和12个任务类别。BigBIO致力于提高数据处理的可重复性,完善数据集来源和许可等属性的文档,并简化自然语言提示和多任务学习的元数据集生成。此外,BigBIO还支持多个主流英语生物医学基准测试中的大部分数据集。

CMB - 中文医学基准测试,全面评估医疗AI模型的知识与临床能力
CMBGithub人工智能医学基准测试开源项目数据集评估模型
Chinese Medical Benchmark (CMB)是一个全面的中文医学基准测试项目,由CMB-Exam和CMB-Clin两部分组成。CMB-Exam包含11200道测试题,覆盖6大类28个子类的医学知识。CMB-Clin提供74个复杂医疗咨询案例。该项目致力于评估医疗AI模型的知识储备和临床推理能力,为中文医疗AI发展提供参考标准。
MedEmbed-small-v0.1 - 模型在医疗信息检索和分类中的应用
GithubHuggingfaceMedEmbed临床嵌入信息检索医疗嵌入句子变换器开源项目模型
项目专注于利用组合数据集进行信息检索与分类操作,如MedicalQARetrieval、NFCorpus和PublicHealthQA等。模型的评估指标包括精确率、召回率和F1-分数,在多任务如医疗问答和亚马逊评论分类中展现了良好性能。分类和检索任务测试结果显示,该模型在精度和性能上表现优异,为医疗嵌入和临床信息检索提供了有效的解决方案。
SapBERT-UMLS-2020AB-all-lang-from-XLMR - 跨语言生物医学实体表示学习框架
GithubHuggingfaceSapBERT实体链接开源项目模型生物医学自然语言处理跨语言模型
SapBERT-UMLS-2020AB-all-lang-from-XLMR是基于XLM-RoBERTa的跨语言生物医学实体表示学习框架。该模型利用UMLS 2020AB数据集训练,生成高质量的多语言生物医学实体嵌入。在ACL 2021和NAACL 2021会议上获得认可,为生物医学实体链接和语义相似度计算提供有力支持。研究人员可便捷提取实体表示,推动跨语言生物医学文本挖掘研究发展。
AI2BMD - AI驱动的高精度蛋白质分子动力学模拟工具
AI2BMDGithub分子动力学模拟开源项目机器学习蛋白质计算化学
AI2BMD是一个结合人工智能和从头计算方法的蛋白质分子动力学模拟工具。它包含AIMD-Chig数据集、ViSNet和Geoformer模型架构,以及完整的模拟程序。该工具在保持高精度的同时提高了模拟效率,为蛋白质研究和药物开发提供了新的研究方法。
clinicadl - 开源神经影像数据深度学习处理框架
BIDS格式ClinicaDLGithubPython库开源项目深度学习神经影像学
ClinicaDL是Clinica的深度学习扩展,专注于神经影像数据处理。该开源框架支持BIDS格式,提供可重复的数据预处理、模型训练和评估流程。ClinicaDL兼容macOS和Linux系统,安装简便。框架配有在线教程,便于快速入门。它旨在促进神经影像学研究的标准化和可重复性,为该领域的发展提供有力工具。
ehrshot-benchmark - 电子健康记录基础模型少样本评估基准
EHRSHOTGithub基准测试基础模型少样本评估开源项目电子健康记录
EHRSHOT基准包含6,739名患者的完整电子健康记录和15个分类任务,用于评估EHR基础模型的少样本学习能力。项目发布了一个在大规模患者数据上预训练的临床基础模型,并提供相关资源,旨在推动EHR深度学习研究的发展和可重复性。
LLaVA-Med - 生物医学视觉语言模型助力图像分析与智能问答
GithubLLaVA-Med多模态大语言模型开源项目生物医学视觉问答
LLaVA-Med是一个针对生物医学领域的大规模语言和视觉模型。该模型通过课程学习方法对LLaVA进行了生物医学领域适应,在PathVQA和VQA-RAD等开放式生物医学问答任务中表现优异。LLaVA-Med支持多模态对话和视觉问答,为生物医学视觉语言处理研究提供了有力工具。需要注意的是,此模型仅供研究使用,不适用于临床决策。
TinySapBERT-from-TinyPubMedBERT-v1.0 - 微型生物医学实体表示模型TinySapBERT
GithubHuggingfaceKAZU框架TinyPubMedBERTTinySapBERT开源项目模型生物医学实体表示语言模型
TinySapBERT是一个微型生物医学实体表示模型,基于TinyPubMedBERT和SapBERT方法开发。作为KAZU框架的组成部分,它为生物医学命名实体识别提供高效解决方案。该模型旨在提升生物医学文本分析任务的性能,为研究人员提供有力工具。
SapBERT-from-PubMedBERT-fulltext-mean-token - 生物医学实体表示自对齐预训练模型
GithubHuggingfaceSapBERT实体表示开源项目模型生物医学自然语言处理语义关系
SapBERT是基于PubMedBERT开发的生物医学预训练模型,采用自对齐技术优化实体语义表示。该模型在医学实体链接任务中表现卓越,创下多项基准测试新纪录。它能有效捕捉精细语义关系,为实体链接等任务提供强大支持。研究人员可通过简单的代码实现实体嵌入提取,便于进行生物医学文本分析。
DNABERT - DNABERT:用于基因组DNA语言处理的双向编码器模型
BERTDNABERTGPUGithub基因组开源项目预训练模型
DNABERT提供完整的源码、使用示例、预训练和微调模型,适用于各类基因组DNA语言处理任务。该项目利用Huggingface的扩展工具,增添了多任务支持和高效的可视化功能。最新版DNABERT-2不仅提升了多物种基因组的处理能力,还发布了全面的Genome Understanding Evaluation (GUE)基准测试,涵盖28个数据集。
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