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显微镜图像分割工具
基于Segment Anything构建的显微镜图像分割和跟踪工具。 只需几次点击即可交互式地对显微镜图像进行分割和跟踪！
我们实现了以下napari应用程序：
- 交互式2D分割（左图：交互式细胞分割）
- 交互式3D分割（中图：电子显微镜中的交互式线粒体分割）
- 2D图像数据的交互式跟踪（右图：交互式细胞跟踪）
如果您在使用我们的工具时遇到任何问题或有任何疑问，请在Github上提出问题，或通过image.sc使用标签micro-sam并提及@constantinpape进行联系。
安装和使用
有关如何安装和使用micro_sam的详细信息，请查看文档。您也可以观看快速入门视频或所有视频教程。
贡献
我们欢迎新的贡献！
如果您有兴趣为micro-sam做出贡献，请参阅贡献指南。第一步是在新问题中讨论您的想法与当前的开发人员进行交流。
引用
如果您在研究中使用此存储库，请引用
- 我们的预印本
- 以及原始的Segment Anything论文。
- 如果您使用
vit-tiny模型，请同时引用Mobile SAM。
相关项目
还有一些其他基于Segment Anything构建的napari插件：
- https://github.com/MIC-DKFZ/napari-sam（支持2D和3D）
- https://github.com/royerlab/napari-segment-anything（仅支持2D）
- https://github.com/hiroalchem/napari-SAM4IS
与这些相比，我们支持更多应用（2D、3D和跟踪），并为显微镜数据提供微调方法和微调模型。 WebKnossos也提供了SegmentAnything的集成，用于交互式分割。
版本概览
1.0.1版本新功能
使用稳定URL下载模型，并修复了自动分割中状态预计算的问题。
1.0.0版本新功能
此版本主要修复了之前版本的问题，并将napari用户界面标记为稳定版。
0.5.0版本新功能
此版本包含许多新功能和改进。最重要的变化有：
- 重新实现了标注工具。这些工具现在作为napari插件实现。
- 在标注工具中使用我们改进的自动实例分割功能，包括3D数据的自动分割。
- 新的小部件，用于从napari中使用微调和图像系列标注功能。
- 改进了光学显微镜和电子显微镜数据的微调模型，可通过bioimage.io获取。
0.4.1版本新功能
- 修复了图像系列标注器的bug。之前自动分割功能无法正常工作。
0.4.0版本新功能
0.3.0版本新功能
- 支持椭圆和多边形提示
- 支持3D自动分割
- 重构训练并加快微调速度
0.2.1和0.2.2版本新功能
- 修复了0.2.0版本中新引入功能的多个bug。
0.2.0版本新功能
- 用于训练/微调和评估Segment Anything模型的功能
- 全面支持我们微调的segment anything模型
- 改进了2D标注器中的自动实例分割功能
- 以及其他一些小改进
0.1.1版本新功能
- 为显微镜微调的segment anything模型（实验性）
- 简化的实例分割菜单
- 清除标注的菜单
0.1.0版本新功能
- 我们在所有标注器中支持分块处理，以实现大型图像的处理。
- 实现新的自动实例分割功能：
- 速度更快。
- 支持交互式更新参数。
- 通过利用分块嵌入，也适用于大型图像。
- 实现"图像系列标注器"，用于连续处理多张图像。
- 在预计算嵌入中使用数据哈希值，以在输入数据发生变化时发出警告。
- 创建简单的图形用户界面，用于选择要启动的标注器。
- 还进行了许多其他小改进并修复了错误。
0.0.2版本新功能
- 我们增加了对边界框提示的支持，在许多情况下比点提示提供更好的分割结果。
- 交互式跟踪现在使用更好的启发式方法来跨时间传播掩码，从而获得更好的自动跟踪结果。
- 并修复了几个小错误。
