DNABERT

DNABERT：用于基因组DNA语言处理的双向编码器模型

DNABERT 基因组预训练模型 GPU BERT Github 开源项目

DNABERT提供完整的源码、使用示例、预训练和微调模型，适用于各类基因组DNA语言处理任务。该项目利用Huggingface的扩展工具，增添了多任务支持和高效的可视化功能。最新版DNABERT-2不仅提升了多物种基因组的处理能力，还发布了全面的Genome Understanding Evaluation (GUE)基准测试，涵盖28个数据集。

Github

介绍相关项目

enformer-pytorch - 基于深度学习的基因表达预测工具

DeepmindEnformerGithubHuggingfacePytorch基因表达预测开源项目

此项目实现了Deepmind的Enformer模型在Pytorch框架下的应用，用于预测基因表达，并支持微调预训练模型以适应下游任务。用户可以通过简易安装和提供的代码示例快速使用该模型。此外，该项目还包含染色质可及性预测的微调方法，并支持从Huggingface下载预训练权重。在内存优化和详细的安装、使用说明方面进行了多项改进，帮助用户高效地进行基因组数据分析和预测。

evo - 实现跨尺度DNA序列建模与设计的开源工具

DNA建模EvoGithub基因组尺度序列设计开源项目生物基础模型

Evo是一个开源的生物基础模型，专注于DNA序列的长上下文建模和设计。基于StripedHyena架构，Evo实现了单核苷酸级别的序列建模，具有近乎线性的计算和内存扩展性。该模型拥有70亿参数，在OpenGenome数据集上训练，包含约3000亿个原核全基因组标记。Evo提供8K和131K上下文长度的预训练模型，适用于从分子到基因组尺度的序列分析和生成任务。研究人员可通过HuggingFace和Together API等多种方式使用Evo，为DNA序列研究提供了强大而灵活的工具。

Bio_ClinicalBERT - 为医疗临床文本优化的BERT模型

BERTClinicalBERTGithubHuggingface医疗数据开源项目机器学习模型自然语言处理

Bio_ClinicalBERT是一个针对医疗临床文本优化的BERT模型。该模型以BioBERT为基础，在MIMIC III数据库的医疗记录上进行了深度训练。它专门设计用于提升电子健康记录的理解和分析能力，尤其适合处理ICU患者数据。研究人员可通过transformers库轻松使用此模型，为临床自然语言处理任务提供有力支持。Bio_ClinicalBERT在医疗文本分析领域展现出卓越性能，为相关研究提供了有价值的工具。

biogpt - 生物医学领域的预训练生成式语言模型

BioGPTGithubHuggingface开源项目文本生成模型生物医学自然语言处理预训练模型

BioGPT是一种针对生物医学领域的预训练生成式语言模型。该模型在大规模生物医学文献上训练，在多项自然语言处理任务中表现出色，尤其在关系抽取和问答任务上取得了显著成果。除了擅长分类任务外，BioGPT还具备强大的文本生成能力，能为生物医学术语提供流畅的描述。这些特性使得BioGPT在生物医学领域有广泛的应用前景。

BertWithPretrained - 基于PyTorch实现的BERT模型及相关下游任务

BERTGithubPyTorchTransformer中文文本分类开源项目英文文本分类

该项目基于PyTorch实现了BERT模型及其相关下游任务，详细解释了BERT模型和每个任务的原理。项目支持分类、翻译、成对句子分类、多项选择、问答和命名实体识别等任务，涵盖中文和英语的自然语言处理。此外，项目还含有丰富的数据集和预训练模型配置文件。

bert-base-multilingual-uncased - BERT多语言预训练模型支持102种语言的自然语言处理

BERTGithubHuggingface多语言模型开源项目机器学习模型自然语言处理预训练

bert-base-multilingual-uncased是基于102种语言的维基百科数据预训练的BERT模型。它采用掩码语言建模进行自监督学习，可支持多语言自然语言处理任务。该模型不区分大小写，适用于序列分类、标记分类和问答等下游任务。通过在大规模多语言语料库上预训练，模型学习了多语言的双向语义表示，可通过微调适应特定任务需求。

TransformerHub - 实现与参考多种Transformer模型

BERTGPTGithubTransformerTransformerHubViT开源项目

此项目实现了多种Transformer架构，包括seq2seq、仅编码器、仅解码器和统一模型，旨在提高编程技能并提供深度学习参考。特色包括多种Attention模块、位置嵌入和采样方法，当前进展是实现DINO模型。项目受到多个开源项目的启发和支持。

BioBERT-mnli-snli-scinli-scitail-mednli-stsb - 基于BioBERT的多领域句子嵌入模型

BioBERTGithubHuggingfacesentence-transformers嵌入向量开源项目模型自然语言处理语义相似度

该项目是一个基于BioBERT的句子嵌入模型，通过多个领域数据集训练而成。模型能将文本映射至768维向量空间，适用于聚类和语义搜索等任务。它不仅在生物医学领域表现出色，还可应用于其他文本分析场景。模型支持sentence-transformers和HuggingFace Transformers两种调用方式，为用户提供了便捷的使用体验。

bert-base-chinese - BERT预训练模型在中文自然语言处理中的应用

BERTGithubHuggingface中文模型开源项目掩码语言模型模型自然语言处理预训练

bert-base-chinese是一个专为中文自然语言处理设计的预训练BERT模型。该模型采用独立字词片段随机掩码训练方法，适用于掩码语言建模等任务。由HuggingFace团队开发，拥有12层隐藏层和21128词汇量。虽然可能存在潜在偏见，但为中文NLP应用提供了有力支持。研究人员可通过简洁的Python代码快速应用此模型。

bert-base-uncased - BERT基础版无大小写区分的预训练英语语言模型

BERTGithubHuggingface开源项目文本分类机器学习模型自然语言处理预训练模型

BERT-base-uncased是一个在大规模英语语料上预训练的基础语言模型。该模型不区分大小写，通过掩码语言建模和下一句预测两个目标进行训练，学习了英语的双向语义表示。它可以为序列分类、标记分类、问答等下游任务提供良好的基础，适合进一步微调以适应特定应用场景。

相关项目

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