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rinalmo

基于BERT的非编码RNA预训练模型助力RNA结构预测

RiNALMo是一种基于BERT架构的非编码RNA预训练语言模型。该模型在3600万条独特ncRNA序列上使用掩码语言建模进行训练,可有效应用于RNA结构预测。模型包含33层、1280个隐藏单元和20个注意力头,总参数量达6.5亿。RiNALMo可用于RNA序列特征提取、序列和核苷酸级别的分类回归任务,以及RNA接触预测等多种下游应用。

BioBERT-mnli-snli-scinli-scitail-mednli-stsb - 基于BioBERT的多领域句子嵌入模型
BioBERTGithubHuggingfacesentence-transformers嵌入向量开源项目模型自然语言处理语义相似度
该项目是一个基于BioBERT的句子嵌入模型,通过多个领域数据集训练而成。模型能将文本映射至768维向量空间,适用于聚类和语义搜索等任务。它不仅在生物医学领域表现出色,还可应用于其他文本分析场景。模型支持sentence-transformers和HuggingFace Transformers两种调用方式,为用户提供了便捷的使用体验。
roberta-large-mnli - RoBERTa大型模型微调的零样本分类模型
GithubHuggingfaceRoBERTa开源项目文本分类机器学习模型自然语言处理语言模型
roberta-large-mnli是基于RoBERTa大型模型在MNLI语料库上微调的自然语言推理模型。该模型在零样本分类任务中表现优异,适用于句对分类和序列分类。它采用transformer架构,通过掩码语言建模进行预训练,在GLUE和XNLI基准测试中成绩卓越。然而,用户需注意模型可能存在偏见,不适合生成事实性内容或用于可能造成负面影响的场景。
esm1b_t33_650M_UR50S - 以高级特征提取和预测提高蛋白质序列无监督学习的有效性
ESM-1bGithubHuggingface功能预测开源项目无监督学习模型结构预测蛋白质序列
ESM-1b是一个Transformer架构的蛋白质语言模型,通过对未标记的蛋白质序列进行自监督预训练,具备了结构与功能预测的无监督能力。该模型在远程同源检测和二级结构预测等任务上表现优良,可用于特征提取和模型微调。虽然ESM-2性能优越,但ESM-1b仍是研究蛋白质特征的重要工具。
muril-base-cased - MuRIL:适用于多种印度语言的多语言BERT模型
GithubHuggingfaceMuRIL印度语言多语言表征开源项目模型自然语言处理迁移学习
MuRIL是一种专为17种印度语言及其音译数据预训练的BERT模型。此模型利用公共数据集和新颖的训练方法,在低资源语言处理上表现优异。MuRIL在多个基准任务中超越了传统的mBERT模型,适用于印度语言的多种NLP任务,并附带预处理模块及使用指南以支持有效应用。
IgBert - 专注抗体序列分析的预训练语言模型
GithubHuggingfaceIgBert开源项目抗体序列机器学习模型特征提取蛋白质语言模型
IgBert是一个基于大规模抗体序列数据训练的语言模型,通过Observed Antibody Space数据集优化,主要用于分析抗体序列结构。该模型可同时处理抗体的重链和轻链序列,支持批量分析,并能生成序列特征表示。模型集成了序列处理工具,可用于多种抗体序列分析应用场景。
parakeet-rnnt-1.1b - 高性能英语语音识别模型实现优异音频转文本效果
FastConformerGithubHuggingfaceNeMoTransducer开源项目模型自动语音识别英语语音模型
parakeet-rnnt-1.1b是NVIDIA NeMo和Suno.ai联合开发的英语语音识别模型。基于FastConformer Transducer架构,该模型拥有11亿参数,在64000小时英语语音数据上训练。它能准确将语音转录为小写英文文本,并在多个标准数据集上表现出色。研究人员可通过NeMo工具包使用该模型进行推理或微调,适用于多种语音识别场景。
rnaseq - 全面分析RNA测序数据流程
GithubNextflowRNA测序nf-core/rnaseq基因表达开源项目生物信息学
nf-core/rnaseq是一个用于分析RNA测序数据的开源生物信息学流程。它接收样本表和FASTQ文件作为输入,执行质量控制、修剪和比对,生成基因表达矩阵和质量报告。该流程支持多种比对和定量方法,提供全面的质量控制功能,包括读取、比对、基因类型、样本相似性和链特异性分析。适用于有参考基因组和注释的RNA-seq数据处理。
MoLFormer-XL-both-10pct - 大规模分子语言模型实现化学结构与性质预测
GithubHuggingfaceMoLFormerSMILES分子结构化学模型开源项目机器学习模型
MoLFormer是一个在ZINC和PubChem数据集上训练的化学语言模型,通过处理11亿分子的SMILES表示实现分子特征学习。模型采用线性注意力机制与旋转位置编码,在MoleculeNet的11个基准任务中展现优异性能。该模型可应用于分子相似度分析、特征提取及分子性质预测,适用于200原子以下的小分子研究。
jina-reranker-v2-base-multilingual - 高性能多语言文本重排序模型优化信息检索效果
GithubHuggingfacejina-reranker-v2-base-multilingual多语言开源项目搜索相关性文本重排序模型跨编码器
jina-reranker-v2-base-multilingual是一款优化文本重排序的多语言transformer模型。它支持多语言查询-文档对处理、长文本输入和闪存注意力机制,在文本检索、多语言处理、函数调用和SQL重排序等基准测试中表现卓越。该模型能显著提升信息检索系统的性能和准确度。
enformer-official-rough - 基于Transformer的神经网络架构实现精准基因表达预测
EnformerGithubHuggingfaceTransformer架构基因表达预测开源项目模型深度学习长程相互作用
Enformer是一个基于Transformer的神经网络架构,能从DNA序列中精确预测基因表达。该模型由Avsec等人在Nature期刊发表,并在DeepMind的GitHub仓库首次公开。本项目将官方权重移植至PyTorch,为基因组学研究提供了有力工具。研究人员可参考enformer-pytorch的使用说明,进行基因表达预测和分析。该模型在整合长程相互作用方面表现出色,大幅提高了基因表达预测的准确性。
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