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sarek

强大灵活的全基因组变异检测工作流

Sarek是一个用于全基因组或靶向测序数据变异检测的开源工作流。它支持多物种数据处理,可进行肿瘤/正常样本对比分析。基于Nextflow构建并使用容器技术,Sarek具有高度可重复性和易维护性。该工作流提供从原始数据到变异注释的完整分析,涵盖质控、比对、变异检测等关键步骤,为研究人员提供了强大的基因组分析工具。

genome-spy - 基于WebGL的基因组数据可视化工具包 支持多样本分析与交互
GenomeSpyGithubWebGL基因组可视化开源项目数据可视化生物信息学
GenomeSpy是一款基因组数据可视化工具包,采用Vega-Lite风格的语法和WebGL渲染技术。它能处理数千个患者样本,提供分面、过滤、排序和分组功能。此外,GenomeSpy具备交互式界面,支持会话管理、URL哈希和书签,方便研究人员分析复杂的基因组数据。
galaxy - 开源数据分析平台 助力科研工作流程
GalaxyGithubPython开源软件开源项目数据分析生物信息学
Galaxy是一个开源数据分析平台,为科研人员提供用户友好的界面,支持无需编程经验的复杂数据分析。该平台适用于生物信息学、基因组学等领域,集成多种工具和工作流程。Galaxy还提供丰富的社区资源,包括在线帮助、文档和培训材料,便于用户快速上手和充分利用平台功能。
gpn - 基于DNA语言模型的基因组变异效应预测工具
DNA语言模型GPNGithub变异效应预测基因组预训练网络开源项目机器学习
GPN是一个基于DNA语言模型的开源项目,致力于基因组范围内的变异效应预测。项目包括单序列(GPN-SS)和多序列比对(GPN-MSA)两种模型,适用于人类和植物等多个物种的分析。GPN提供Python接口,支持自定义数据训练,并包含从数据集创建到变异效应预测的完整工作流程。这一工具为基因组研究提供了新的分析方法。
DNABERT_2 - 多物种基因组理解基础模型
DNABERT-2Github人工智能基因组开源项目深度学习生物信息学
DNABERT-2是一个针对多物种基因组理解的高效基础模型。该模型在28个GUE基准任务中表现优异,采用BPE替代k-mer标记化,ALiBi代替位置嵌入,并整合多项技术提升效率。DNABERT-2为基因组分析提供了强大工具,可用于序列分类、元素识别和功能预测等多种任务。
shorelark - 神经网络与遗传算法驱动的生物进化模拟器
GithubShorelarkWebAssembly开源项目神经网络进化模拟遗传算法
Shorelark是一个结合神经网络、遗传算法和高中数学知识的进化模拟项目。通过可视化界面,它展示了生物进化的过程,使观察者能直观理解进化机制。项目提供了实现教程,适合对人工智能和进化理论感兴趣的开发者与学习者。Shorelark支持多种构建方式,如Cargo和npm,以及Nix,便于不同背景的用户使用。
common-workflow-language - Common Workflow Language 标准化数据分析工作流
Common Workflow LanguageGithub开源标准开源项目数据分析工作流科学计算跨平台
Common Workflow Language (CWL)是一个开源的工作流描述标准,旨在提高数据密集型科学领域的工作流可移植性和可扩展性。CWL支持多种计算环境,适用于生物信息学、医学影像等领域。该项目由多方共同维护,提供用户指南和最佳实践,为研究人员提供标准化的工作流管理方案。
arvados - 管理处理大规模科学和生物医学数据的开源平台
ArvadosGithub大数据处理工作流管理开源平台开源项目生物信息学
Arvados是一个专注于管理、处理和共享大规模科学和生物医学数据的开源平台。其核心组件包括Keep存储系统、Crunch工作流程编排系统、Workbench网络应用和多种开发工具。平台支持生物信息学家扩展计算密集型工作流程,便于开发人员创建生物医学应用,并助力IT管理员管理大规模资源。Arvados特别注重数据溯源和工作流程可重复性,广泛适用于科研和医疗领域。
DNABERT-2-117M - 多物种基因组分析的先进Transformer模型
DNABERT-2GithubHuggingface医学基因组开源项目模型深度学习生物学
DNABERT-2-117M是一个创新的多物种基因组分析工具,基于先进的Transformer架构。它整合了MosaicBERT技术,实现了DNA序列的高效嵌入计算。用户可以通过简单的Python代码调用模型,获取DNA序列的向量表示。这一功能为生物信息学和医学基因组学研究提供了强大支持,有望推动多种基因组分析任务的进展。
alphaflow - 蛋白质构象集生成的流匹配模型
AlphaFlowAlphaFoldGithub分子动力学开源项目生成建模蛋白质构象集
AlphaFlow是基于AlphaFold的改进版本,通过流匹配目标微调,专门生成蛋白质构象集合。它模拟实验和分子动力学集合,提供完整代码、说明和模型权重。项目还包括ESMFold的微调版本ESMFlow。这些工具有助于研究蛋白质结构多样性和动态特性,为蛋白质科学研究提供新的方法和视角。
DNABERT - DNABERT:用于基因组DNA语言处理的双向编码器模型
BERTDNABERTGPUGithub基因组开源项目预训练模型
DNABERT提供完整的源码、使用示例、预训练和微调模型,适用于各类基因组DNA语言处理任务。该项目利用Huggingface的扩展工具,增添了多任务支持和高效的可视化功能。最新版DNABERT-2不仅提升了多物种基因组的处理能力,还发布了全面的Genome Understanding Evaluation (GUE)基准测试,涵盖28个数据集。
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豆包MarsCode

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AIWritePaper论文写作是一站式AI论文写作辅助工具,简化了选题、文献检索至论文撰写的整个过程。通过简单设定,平台可快速生成高质量论文大纲和全文,配合图表、参考文献等一应俱全,同时提供开题报告和答辩PPT等增值服务,保障数据安全,有效提升写作效率和论文质量。

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