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foldseek

高效精准的大规模蛋白质结构比对工具

Foldseek蛋白质结构比对结构搜索结构聚类蛋白质复合物Github开源项目

Foldseek是一款用于大规模蛋白质结构集比对的开源工具。它能快速、敏感地比较海量蛋白质结构,支持对AlphaFoldDB和PDB等数据库进行搜索。Foldseek提供命令行界面和网页服务器,可进行结构搜索、聚类和多聚体比对。采用创新的3Di+AA结构对齐算法,在保证准确性的同时显著提升速度。Foldseek为结构生物学研究提供高效可靠的计算支持,助力蛋白质结构分析。

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介绍相关项目
deepvariant - 基于深度学习的高精度变异检测工具
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DeepVariant是一种基于深度学习的变异检测工具，主要用于二倍体生物的生殖系变异检测。该工具通过生成堆积图像张量，并利用卷积神经网络进行分类，最终输出VCF或gVCF文件。DeepVariant支持包括Illumina、PacBio HiFi和Oxford Nanopore在内的多种测序技术。它操作简便、经济高效，适用于Docker、本地硬件及云端环境。DeepTrio是其扩展工具，支持三人组变异检测。项目具有高准确率、灵活性，能处理多种测序方式及非人类物种的数据。
awesome-vector-search - 向量搜索技术资源大全,引擎、框架、库与研究
Apache CassandraFaissGithub向量搜索引擎向量数据库开源项目近似最近邻搜索
本项目汇集了向量搜索领域的综合技术资源，包括框架、引擎、库、云服务和研究论文。内容涵盖Qdrant、Milvus等独立服务，Faiss、ScaNN等库，以及Pinecone、Zilliz Cloud等云服务。此外，收录的研究论文为算法优化提供了理论支持。开发者可借此构建高效搜索应用，研究人员则能深入了解最新算法进展。
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deepmd-kit - 深度学习驱动的原子势能建模与分子动力学模拟工具
DeePMD-kitGithub分子动力学势能模型开源项目深度学习高性能计算
DeePMD-kit是一个用Python和C++编写的软件包，专注于简化深度学习原子势能模型和力场的创建和分子动力学模拟。它与TensorFlow及多个高性能MD和量子MD软件包接口，确保高效的训练和计算。模块化设计使其支持多种描述符和高性能并行计算，适用于有机分子、金属、半导体等系统。
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MindSearch - 开源AI搜索引擎框架，支持深度知识探索
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MindSearch是一个开源的AI搜索引擎框架，支持Perplexity.ai Pro性能。用户可以使用GPT、Claude等闭源LLM或InternLM2.5-7b-chat等开源LLM，轻松部署类似Perplexity.ai风格的搜索引擎。MindSearch能够解决各种问题，通过浏览数百个网页提供深入的知识，并优化用户界面体验。它通过动态图构建过程，将用户查询分解为多个子问题，逐步扩展搜索图，显著提高响应的深度、广度和准确性。
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devFind - 开源技能展示与开发者连接平台
GithubdevFind开发者平台开源项目技能展示搜索功能
devFind作为开源项目，为开发者提供技能展示和寻找合作的平台。用户可创建JSON格式的个人档案，平台通过搜索功能协助项目经理和招聘者寻找特定技能的开发者。支持按技能、位置或姓名搜索，devFind构建了一个便捷可搜索的开发者社区。
BigSearch - 多引擎搜索工具 灵活切换多种搜索引擎
GithubJSON配置多引擎搜索开源项目搜索引擎浏览器扩展自定义搜索
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DeepSeek-V2-Lite - 创新架构驱动的高效混合专家语言模型
DeepSeek-V2GithubHuggingface多头潜在注意力大规模语言模型开源项目模型混合专家模型自然语言处理
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