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matchms
matchms是一个多功能的开源Python包,用于处理质谱(MS/MS)数据。它支持导入多种常见格式的质谱数据,提供数据清洗和验证工具,以及基本的峰过滤功能。matchms的核心特性是能够使用各种相似性度量方法比较大量光谱,包括余弦相关得分和基于分子指纹的比较。它具有良好的可扩展性,允许集成自定义相似性度量方法,是一个全面的质谱数据分析工具。
spectrum_utils
spectrum_utils是一个开源的Python软件包,用于处理和可视化质谱数据。它通过USI机制从在线资源加载光谱,提供优化的处理操作,使用ProForma 2.0规范注释光谱片段,并支持生成高质量的自定义光谱图。适用于Python 3.10+版本,可通过pip或conda安装,为质谱数据分析提供了实用的解决方案。