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MoLFormer-XL-both-10pct

大规模分子语言模型实现化学结构与性质预测

MoLFormer是一个在ZINC和PubChem数据集上训练的化学语言模型,通过处理11亿分子的SMILES表示实现分子特征学习。模型采用线性注意力机制与旋转位置编码,在MoleculeNet的11个基准任务中展现优异性能。该模型可应用于分子相似度分析、特征提取及分子性质预测,适用于200原子以下的小分子研究。

ChatMol - 使用自然语言驱动的PyMOL交互式分子可视化分析工具
ChatMolGithubPyMOL分子可视化开源项目插件自然语言交互
ChatMol是一款PyMOL插件,通过自然语言交互实现分子可视化和分析。它支持命令行、迷你GUI、Python和网页浏览器等多种交互方式,集成了大型语言模型。ChatMol可执行PyMOL任务,提供建议和解释。该工具还包括Streamlit应用、Python包和在线问答系统。ChatMol简化了分子结构分析过程,无需复杂设置即可使用。
nucleotide-transformer-v2-500m-multi-species - 基于多物种基因组的大规模DNA语言模型
DNA序列GithubHuggingfaceNucleotide Transformer基因组学开源项目模型生物信息学预训练模型
nucleotide-transformer-v2-500m-multi-species是一个基于850个多物种基因组预训练的5亿参数Transformer模型。该模型利用多样化物种的DNA序列信息,通过掩码语言建模训练,可用于分子表型预测等任务。它采用6-mer标记化方法,结合旋转位置编码和门控线性单元,在900B个标记上训练而成。这一基础模型为基因组学研究提供了有力工具,可应用于多种下游分析。
mformer-care - 基于Transformers的多模态深度学习模型
GithubHuggingfacetransformers开源开源项目机器学习模型深度学习自然语言处理
mformer-care是一个基于Hugging Face Transformers库开发的开源项目,采用MIT许可证,支持英语语言处理。该项目利用Transformer架构实现多模态数据的处理与分析。
mindformers - 全流程大模型开发套件
GithubMindSporeTransformers大模型开源项目自然语言处理计算机视觉
MindFormers是基于MindSpore的大模型开发套件,提供全流程开发能力。支持LLama2、GLM2、BERT等主流Transformer模型和文本生成、图像分类等任务。具备并行训练、灵活配置、自动优化等特性,可实现从单卡到集群的无缝扩展。提供高阶API和预训练权重自动下载,便于AI计算中心快速部署。
deepchem - 深度学习在药物发现、材料科学中的开源工具链
DeepChemGithub开源项目材料科学深度学习药物发现量子化学
DeepChem是一个高质量的开源工具链,致力于推动深度学习在药物发现、材料科学、量子化学和生物学中的应用。支持Python 3.7至3.10,兼容TensorFlow、PyTorch、JAX等框架。用户可通过pip或conda安装,或使用Docker镜像。项目包含丰富的教程和实例,适合从新手到专家。社区活跃,提供Discord和讨论论坛,欢迎科学家、开发者和爱好者的参与。
torchmd - 开源分子动力学模拟框架
GithubPyTorchTorchMD分子动力学力场开发开源项目神经网络势能
TorchMD是一个开源的分子动力学模拟框架,基于PyTorch构建。它为研究人员提供简单易用的API,支持力场开发和神经网络势能的无缝集成。TorchMD使用与传统MD软件兼容的化学单位,适用于多种分子模拟任务。该项目正在积极开发中,由Chan Zuckerberg Initiative和Acellera资助,并与OpenMM和ACEMD展开合作。TorchMD适用于蛋白质折叠、药物设计、材料科学等领域的分子动力学研究。研究人员可以利用TorchMD快速开发和测试新的力场模型,推进计算化学和生物物理学的发展。
longformer-large-4096 - 专为长序列处理设计的transformer模型
GithubHuggingface国际交流学习开源项目模型编程英语语言
Longformer-large-4096是一种为长序列处理设计的transformer模型。该模型通过改进的注意力机制,克服了传统transformer处理长文本的限制。它可处理长达4096个token的输入,适用于文档摘要和问答系统等长文本理解任务。Longformer-large-4096能高效捕捉长距离依赖关系,为自然语言处理提供了新的解决方案。
mformer-authority - 基于Transformers的开源自然语言处理库
GithubHuggingfacetransformers开源许可开源项目机器学习库模型自然语言处理英语
mformer-authority是一个基于MIT许可的开源自然语言处理库,提供了便捷的Transformers模型使用接口。该库支持多语言处理,可帮助开发者快速构建和部署NLP应用。作为一个轻量级工具,mformer-authority适用于各种自然语言处理任务,包括文本分类、命名实体识别等。它具有易用性高、性能优良的特点,是开发者进行NLP项目的理想选择。
OLMo - 开源语言模型加速科学研究
GithubOLMo人工智能开源语言模型开源项目机器学习自然语言处理
OLMo是一个开源语言模型项目,提供多种规模的先进模型,如1B、7B和7B Twin 2T,全部基于Dolma数据集训练。该项目支持模型训练、微调和推理,提供详细配置和检查点以确保研究可重现。OLMo还包含数据检查和评估工具,为语言模型研究提供全面支持,旨在加速这一领域的科学进展。
DMFF - 革新分子模拟和力场参数化的全可微分子力场
DMFFGithub分子力场参数优化开源项目机器学习自动微分
DMFF是一个基于Jax的Python包,实现全可微分子力场模型。它简化力场参数化,支持点电荷和多极化模型,适用于水、生物大分子和有机聚合物系统。DMFF集成自动微分技术和AI优化,支持GPU加速,为分子系统研究和力场开发提供高效工具。
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