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mlr3

现代化的R语言机器学习框架

mlr3是一个现代化的R语言机器学习框架,专注于高效和面向对象的设计。它提供构建机器学习模型的基本组件,支持分类、回归等任务,并具有良好的可扩展性。该框架利用R6类和data.table实现清晰的面向对象设计和快速数据处理。mlr3提供交叉验证等重采样方法和丰富的性能评估指标。作为mlr的继任者,mlr3克服了前身的局限性,为研究人员和数据科学家提供更灵活、更易维护的机器学习工具。

mlr3

包网站:发布版 | 开发版

高效、面向对象的机器学习基础构建模块编程。mlr的继任者。

r-cmd-check DOI CRAN状态 StackOverflow Mattermost

资源(适用于用户和开发者)

安装

从CRAN安装最新版本:

install.packages("mlr3")

从GitHub安装开发版本:

remotes::install_github("mlr-org/mlr3")

如果您想开始使用mlr3,我们建议安装mlr3verse元包,它会安装mlr3和一些最重要的扩展包:

install.packages("mlr3verse")

示例

构建学习器和任务

library(mlr3)

# 创建学习任务
task_penguins = as_task_classif(species ~ ., data = palmerpenguins::penguins)
task_penguins
## <TaskClassif:palmerpenguins::penguins> (344 x 8)
## * 目标: species
## * 属性: multiclass
## * 特征 (7):
##   - int (3): body_mass_g, flipper_length_mm, year
##   - dbl (2): bill_depth_mm, bill_length_mm
##   - fct (2): island, sex
# 加载学习器并设置超参数
learner = lrn("classif.rpart", cp = .01)

基本训练 + 预测

# 训练/测试集划分
split = partition(task_penguins, ratio = 0.67)

# 训练模型
learner$train(task_penguins, split$train_set)

# 预测数据
prediction = learner$predict(task_penguins, split$test_set)

# 计算性能
prediction$confusion
##            truth
## response    Adelie Chinstrap Gentoo
##   Adelie       146         5      0
##   Chinstrap      6        63      1
##   Gentoo         0         0    123
measure = msr("classif.acc")
prediction$score(measure)
## classif.acc 
##   0.9651163

重采样

# 3折交叉验证
resampling = rsmp("cv", folds = 3L)

# 运行实验
rr = resample(task_penguins, learner, resampling)

# 访问结果
rr$score(measure)[, .(task_id, learner_id, iteration, classif.acc)]
##                     task_id    learner_id iteration classif.acc
## 1: palmerpenguins::penguins classif.rpart         1   0.9391304
## 2: palmerpenguins::penguins classif.rpart         2   0.9478261
## 3: palmerpenguins::penguins classif.rpart         3   0.9298246
rr$aggregate(measure)
## classif.acc 
##    0.938927

扩展包

查阅wiki获取简短描述和各个仓库的链接。

对于初学者,我们强烈建议安装并加载mlr3verse包以获得更好的用户体验。

为什么要重写?

mlr于2013年首次发布到CRAN。它的核心设计和架构可以追溯到更早。添加许多功能导致了功能蔓延,这使得mlr难以维护和扩展。我们还认为,虽然mlr在某些方面(学习器、度量等)可以很好地扩展,但其他方面从外部扩展起来并不容易。此外,在创建mlr时,许多有用的R库还不存在,包含它们将导致API的重大变化。

设计原则

  • 本包只实现了机器学习的基本构建模块。
  • 这里专注于计算。没有可视化或其他内容。那些可以放在额外的包中。
  • 借助R6克服R的S3类的限制。
  • 采用R6实现清晰的面向对象设计、对象状态变化和引用语义。这可能不太"传统R",但似乎很适合mlr
  • 采用data.table进行快速便捷的数据框计算。
  • 结合data.tableR6,为此我们将大量使用data.table中的列表列。
  • 防御性编程和类型安全。所有用户输入都通过checkmate进行检查。返回类型有文档记录,避免使用基础R中那些不可预测地"简化"结果的机制(如sapply()[.data.frame中的drop参数)。
  • 依赖项少。mlr3在运行时需要以下包:
    • parallelly:并行化辅助函数。无额外递归依赖。
    • future.apply:使用future抽象接口进行重采样和基准测试的并行化,可连接多个并行后端。
    • backports:确保与旧版R的向后兼容性。由mlr团队成员开发。无递归依赖。
    • checkmate:快速参数检查。由mlr团队成员开发。无额外递归依赖。
    • mlr3misc:在多个mlr3扩展包中使用的杂项函数。由mlr团队开发。
    • paradox:参数和参数集的描述。由mlr团队开发。无额外递归依赖。
    • R6:引用类对象。无递归依赖。
    • data.table:R的data.frame扩展。无递归依赖。
    • digest (通过mlr3misc):哈希摘要。无递归依赖。
    • uuid:创建唯一字符串标识符。无递归依赖。
    • lgr:日志工具。无额外递归依赖。
    • mlr3measures:性能度量。无额外递归依赖。
    • mlbench:机器学习数据集集合。无依赖。
    • palmerpenguins:关于企鹅的分类数据集,用于示例并作为玩具任务提供。无依赖。
  • 反射:可以查询对象的属性和功能,允许您对它们进行编程。
  • 带有额外依赖项的附加功能:
    • 要捕获输出、警告和异常,可以使用evaluatecallr

为mlr3做贡献

这个R包采用LGPL-3许可。如果您在使用这个软件时遇到问题(缺少文档、误导或错误的文档、意外行为、错误等)或只是想提出功能建议,请在问题追踪器中提出问题。欢迎提交拉取请求,维护者将酌情纳入。

请查阅wiki获取风格指南roxygen指南拉取请求指南

引用mlr3

如果您使用mlr3,请引用我们的JOSS文章: @文章{mlr3, 标题 = {{mlr3}: R语言中的现代面向对象机器学习框架}, 作者 = {Michel Lang 和 Martin Binder 和 Jakob Richter 和 Patrick Schratz 和 Florian Pfisterer 和 Stefan Coors 和 Quay Au 和 Giuseppe Casalicchio 和 Lars Kotthoff 和 Bernd Bischl}, 期刊 = {开源软件杂志}, 年份 = {2019}, 月份 = {12月}, doi = {10.21105/joss.01903}, 网址 = {https://joss.theoj.org/papers/10.21105/joss.01903}, }

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