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synthea

开源合成患者数据模拟器

Synthea是一个开源的合成患者人群模拟器,生成非真实但逼真的患者数据和健康记录。它模拟完整生命周期,提供可配置的统计和人口统计数据,使用模块化规则系统,支持多种输出格式。特色功能包括原发性护理、急诊室就诊模拟,以及生成疾病、过敏、药物、疫苗接种等数据。Synthea主要用于医疗保健领域的研究、开发和测试,为相关工作提供了有价值的模拟数据资源。

SyntheaTM 患者生成器 构建状态 codecov

SyntheaTM是一个合成患者群体模拟器。其目标是以各种格式输出合成的、真实(但非真实存在)的患者数据和相关健康记录。

请阅读我们的wiki常见问题以了解更多信息。

目前,SyntheaTM的特点包括:

  • 从出生到死亡的生命周期
  • 基于配置的统计和人口统计数据(默认使用马萨诸塞州人口普查数据)
  • 模块化规则系统
    • 可插入的通用模块
    • 自定义Java规则模块以提供额外功能
  • 初级保健就诊、急诊就诊和症状驱动的就诊
  • 疾病、过敏、药物、疫苗接种、观察/生命体征、实验室检查、医疗程序、护理计划
  • 格式
    • HL7 FHIR(R4、STU3 v3.0.1和DSTU2 v1.0.2)
    • 批量FHIR(ndjson格式,设置exporter.fhir.bulk_data = true以启用)
    • C-CDA(设置exporter.ccda.export = true以启用)
    • CSV(设置exporter.csv.export = true以启用)
    • CPCDS(设置exporter.cpcds.export = true以启用)
  • 使用Graphviz渲染规则和疾病模块

开发者快速入门

这些说明适用于那些希望检查Synthea源代码、扩展它或在本地构建代码的人。仅希望运行Synthea的用户应该遵循基本设置和运行说明。

安装

系统要求: SyntheaTM需要Java JDK 11或更新版本。我们强烈建议使用Java的长期支持(LTS)版本,如11或17,因为使用较新的非LTS版本可能会出现问题。

克隆SyntheaTM仓库,然后构建并运行测试套件:

git clone https://github.com/synthetichealth/synthea.git
cd synthea
./gradlew build check test

更改默认属性

默认属性文件值可以在src/main/resources/synthea.properties中找到。 默认情况下,synthea不生成CCDA、CPCDA、CSV或批量FHIR(ndjson)。你需要 调整此文件以激活这些功能。有关更多详细信息,请参阅wiki, 或使用我们的引导式自定义工具

生成合成患者

一次生成一个人口...

./run_synthea

可以提供命令行参数来指定州、城市、人口规模或随机种子。

run_synthea [-s seed] [-p populationSize] [state [city]]

通过传递-h选项可以打印完整的使用信息。

$ ./run_synthea -h     

> Task :run
用法:run_synthea [选项] [州 [城市]]
选项:[-s seed]
      [-cs clinicianSeed]
      [-p populationSize]
      [-r referenceDate as YYYYMMDD]
      [-g gender]
      [-a minAge-maxAge]
      [-o overflowPopulation]
      [-c localConfigFilePath]
      [-d localModulesDirPath]
      [-i initialPopulationSnapshotPath]
      [-u updatedPopulationSnapshotPath]
      [-t updateTimePeriodInDays]
      [-f fixedRecordPath]
      [-k keepMatchingPatientsPath]
      [--config*=value]
       * src/main/resources/synthea.properties中的任何设置

示例:
run_synthea Massachusetts
run_synthea Alaska Juneau
run_synthea -s 12345
run_synthea -p 1000
run_synthea -s 987 Washington Seattle
run_synthea -s 21 -p 100 Utah "Salt Lake City"
run_synthea -g M -a 60-65
run_synthea -p 10 --exporter.fhir.export=true
run_synthea --exporter.baseDirectory="./output_tx/" Texas

可以在./src/main/resources/synthea.properties中更改一些设置。

SyntheaTM将在./output中以C-CDA和FHIR格式输出患者记录。

SyntheaTM GraphViz

生成SyntheaTM规则和模块的图形可视化。

./gradlew graphviz

概念和属性

生成概念(用于记录)或属性(每个患者的变量)列表。

./gradlew concepts
./gradlew attributes

许可证

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http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0

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