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FragPipe

综合性质谱蛋白质组学数据分析平台

FragPipe质谱蛋白质组学MSFragger数据分析Github开源项目

FragPipe是一个综合性质谱蛋白质组学数据分析平台。该平台集成MSFragger搜索引擎和Philosopher工具包等多个模块,支持传统和开放搜索、翻译后修饰分析、定量分析等功能。FragPipe提供图形界面和命令行操作,可在Windows、Linux或云端环境运行。平台支持DDA和DIA数据分析,包括标记和非标记定量方法,为蛋白质组学研究提供全面解决方案。

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介绍相关项目
ProLIF - 生物分子相互作用指纹分析工具
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ProLIF是一个用于生成生物分子复合物相互作用指纹的开源工具。它可分析分子动力学轨迹、对接模拟和实验结构数据,支持配体、蛋白质、DNA和RNA等多种分子类型。该工具提供详细文档和教程,适用于生物信息学和药物设计领域的复杂相互作用研究。ProLIF由MDAnalysis和RDKit等库提供技术支持,是这一领域的重要资源。
screenpipe - 全天候屏幕和音频数据捕获，用户数据安全自主控制
Githubscreenpipe屏幕捕捉开源开源项目插件系统音频捕捉
Screenpipe 提供全天候的屏幕和音频捕获解决方案，支持个性化AI构建，安全、开源，用户数据自主控制。兼容多个操作系统（Windows、Linux、macOS），具备多种捕获功能和STT转写。支持多种安装方式，包括CLI、付费桌面应用、免费开源桌面应用和Rust/WASM库。插件系统便于在Rust环境中运行沙盒代码。最新功能涵盖多显示器捕获、完美的音频兼容以及原生的苹果和Windows OCR。
OpenPipe - 开源模型微调和托管平台，兼容多种LLM
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OpenPipe是一个开源平台，专注于通过昂贵的大型语言模型（LLM）对小型模型进行微调，满足特定需求。平台支持OpenAI和微调模型间的无缝切换，提供强大的日志查询和模型评估功能，用户可轻松导入数据集并优化模型性能。支持Python和TypeScript SDK，兼容OpenAI聊天完成端点，提供GPT 3.5、Mistral、Llama 2等多种模型的微调和托管服务。
steampipe - 高效数据集成工具 直接访问 API 无需 ETL
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Steampipe 是一款创新的数据集成工具，能够直接从各类 API 和服务获取数据，无需传统的 ETL 过程。该工具提供多种引擎，包括命令行界面、Postgres 外部数据包装器、SQLite 扩展和独立导出工具。借助丰富的插件生态系统，Steampipe 可将 API 数据轻松映射为数据库表，便于快速查询和分析。不论是本地部署还是云端使用，Steampipe 都为数据访问和整合提供了灵活而高效的解决方案。
fragment - 基于Canvas的创意编码开发环境
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Fragment是一款专为创意编码设计的Web开发工具。它提供了简洁的Canvas API，支持多种渲染模式如Canvas 2D、p5.js、three.js和WebGL着色器。该工具集成了GUI界面、实时导出、热重载和glslify等功能，方便开发者创作交互式作品。Fragment还支持静态构建，便于项目部署。这个灵活强大的环境使创意开发者能够轻松实现各种视觉创意。
fast-graphrag - 快速图形化检索框架，支持高精度数据处理与实时更新
Fast GraphRAGGithub开源软件开源项目智能探索知识图谱高效检索
Fast GraphRAG 是一款高效的图形化检索框架，专为高精度、易解释的工作流设计，支持实时更新和智能探索。具备低成本、高效能，通过自动生成和优化图表适应各种领域需求。框架为完全异步，确保工作流的稳定性和可预测性，同时提供详细的快速入门指南和社区支持，无论开源使用还是托管服务，均可无缝集成到检索管道中。
plinder - 综合蛋白质-配体相互作用数据集与评估平台
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PLINDER是一个面向蛋白质-配体对接算法的综合数据集和评估资源。该数据集包含40多万个蛋白质-配体相互作用系统,涵盖11,000多个SCOP结构域和50,000多种小分子。每个系统配有500多项详细注释,涉及蛋白质和配体特性、结构质量等多个方面。此外,PLINDER提供14种相互作用评估指标、200多亿个相似性得分,以及与结合态(holo)系统对应的未结合态(apo)和AlphaFold2预测结构。该平台还包含训练-验证-测试数据集划分功能和标准化评估工具,有助于简化模型性能比较流程。
quackpipe - 无服务器OLAP API实现DuckDB与ClickHouse HTTP接口兼容
APIClickHouseDuckDBGithubOLAP云存储开源项目
QuackPipe是基于DuckDB构建的无服务器OLAP API，模拟并兼容ClickHouse的HTTP API。用户可通过熟悉的接口使用DuckDB SQL和云存储，保持现有习惯和集成。该项目支持云存储操作、文件模式、STDIN快速查询和ClickHouse可执行UDF等功能。QuackPipe还提供简洁的在线playground，方便用户尝试示例查询。
foldseek - 高效精准的大规模蛋白质结构比对工具
FoldseekGithub开源项目结构搜索结构聚类蛋白质复合物蛋白质结构比对
Foldseek是一款用于大规模蛋白质结构集比对的开源工具。它能快速、敏感地比较海量蛋白质结构,支持对AlphaFoldDB和PDB等数据库进行搜索。Foldseek提供命令行界面和网页服务器,可进行结构搜索、聚类和多聚体比对。采用创新的3Di+AA结构对齐算法,在保证准确性的同时显著提升速度。Foldseek为结构生物学研究提供高效可靠的计算支持,助力蛋白质结构分析。
SciPhi Cloud - 综合RAG开发平台助力AI应用快速部署和优化
AI工具AI应用RAGSciPhi Cloud向量搜索文档管理
SciPhi Cloud是一个专注于检索增强生成(RAG)应用的综合开发平台。平台集成了用户认证、文档管理、混合向量搜索等功能，支持多种文件格式快速导入，并应用最新RAG技术。内置分析工具助力开发者持续优化系统性能。SciPhi Cloud提供直观的界面和强大的API，可轻松集成各种LLM提供商，加速RAG应用的开发和部署过程，为AI创新提供全方位支持。
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