MedTrinity-25M：一个具有多粒度标注的大规模多模态医学数据集

MedTrinity-25M：一个具有多粒度标注的大规模多模态医学数据集
谢云飞*, 周策*, 高朗*, 吴俊成*, 李宪航, 周洪宇, 刘盛, 邢磊, 邹宇, 谢辞航, 周宇寅

📢 重大新闻

• [🔥2024年8月7日] 💥 我们的arxiv论文已发布。
• [🔥2024年7月21日] 💥 完整数据集已发布。
• [🔥2024年6月16日] 💥 演示数据集已发布。

如果您觉得有帮助，请给我们点个星 🌟 ！

🚀 数据集

数据集构建流程

1. 数据处理：从收集的数据中提取关键信息，包括元数据整合以生成粗粒度描述、感兴趣区域定位和医学知识收集。
2. 多粒度文本描述生成：利用这些信息来引导大型语言模型生成细粒度描述。

MedTrinity-25M的统计概览

数据集下载

🏆 结果

💬 快速开始

安装

使用Linux系统，

1. 克隆此仓库并进入文件夹

git clone https://github.com/UCSC-VLAA/MedTrinity-25M.git

2. 安装包

conda create -n llava-med++ python=3.10 -y
conda activate llava-med++
pip install --upgrade pip  # 启用PEP 660支持
pip install -e .

3. 安装训练所需的额外包

pip install -e ".[train]"
pip install flash-attn --no-build-isolation
pip install git+https://github.com/bfshi/scaling_on_scales.git
pip install multimedeval

升级到最新代码库

git pull
pip install -e .

# 如果升级时遇到一些导入错误，
# 请尝试运行以下命令（不带#）
# pip install flash-attn --no-build-isolation --no-cache-dir

🤖 模型库

下表概述了我们模型库中可用的模型。对于每个模型，您可以找到其Hugging Face页面或Google Drive文件夹的链接。

训练和评估LLaMA-Med++

首先，你需要下载基础模型LLaVA-Meta-Llama-3-8B-Instruct-FT-S2，并在LLaVA-Med中下载第一阶段和第二阶段的数据集。

1. 预训练

# 第一阶段训练
cd MedTrinity-25M
bash ./scripts/med/llava3_med_stage1.sh

# 第二阶段训练
bash ./scripts/med/llava3_med_stage2.sh

2. 微调

cd MedTrinity-25M
bash ./scripts/med/llava3_med_finetune.sh

3. 评估 首先，你需要从模型库下载相应的权重，并更改评估脚本中的路径。 然后运行：

cd MedTrinity-25M
bash ./scripts/med/llava3_med_eval_batch_vqa_rad.sh

📜 引用

如果你发现MedTrinity-25M对你的研究和应用有用，请使用以下BibTeX进行引用：

@misc{xie2024medtrinity25mlargescalemultimodaldataset,
      title={MedTrinity-25M: A Large-scale Multimodal Dataset with Multigranular Annotations for Medicine}, 
      author={Yunfei Xie and Ce Zhou and Lang Gao and Juncheng Wu and Xianhang Li and Hong-Yu Zhou and Sheng Liu and Lei Xing and James Zou and Cihang Xie and Yuyin Zhou},
      year={2024},
      eprint={2408.02900},
      archivePrefix={arXiv},
      primaryClass={cs.CV},
      url={https://arxiv.org/abs/2408.02900}, 
}

🙏 致谢

• 我们感谢微软加速基础模型研究计划、OpenAI研究人员访问计划、TPU研究云（TRC）计划、谷歌云研究积分计划、AWS云研究积分计划和Lambda Cloud支持我们的计算需求。
• 感谢我们所基于的LLaVA-pp、LLaVA-Med和LLaVA的代码库，以及我们具有惊人语言能力的基础模型LLaVA-Meta-Llama-3-8B-Instruct-FT-S2！

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