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免费工具和方法助力提取非结构化生物医学数据中的信息

BioIE LLMs 自然语言处理生物医学数据 BERT Github 开源项目

这个开源项目提供了一系列无需付费且许可要求低的资源，旨在从非结构化生物医学数据和文本中提取结构化信息。随着语言模型如BERT和GPT-4的引入，生物信息提取方法得到了显著优化。项目涵盖多个方面，包括研究概述、活跃群组、工具和数据集，所有资源均公开且积极维护。

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Github

介绍相关项目

pubmedbert-base-embeddings - 专为医学文献优化的嵌入模型支持语义搜索和RAG应用

GithubHuggingfacePubMedBERT医学文献嵌入向量开源项目模型自然语言处理语义搜索

PubMedBERT Embeddings是一个专门针对医学文献优化的嵌入模型。它基于PubMedBERT进行微调，将句子和段落映射到768维向量空间。该模型在PubMed标题-摘要对上训练，相比通用模型能为医学文献生成更高质量的嵌入向量。它支持聚类、语义搜索等应用，可通过txtai、Sentence-Transformers或Hugging Face Transformers等框架轻松集成。在多个PubMed相关评估数据集上，该模型展现出优秀的性能表现。

prot_bert - BERT蛋白质序列模型助力破解生命密码

GithubHuggingfaceProtBert开源项目掩码语言建模模型氨基酸序列生物信息学蛋白质语言模型

ProtBert是一种基于BERT架构的蛋白质序列预训练语言模型，在2.17亿个蛋白质序列上进行自监督学习。该模型能捕获序列中的关键生物物理特性，可用于蛋白质特征提取或下游任务微调。在二级结构预测和亚细胞定位等任务中表现优异，为解析蛋白质功能提供新工具。ProtBert展现了人工智能在生命科学领域的应用潜力。

bluebert_pubmed_mimic_uncased_L-12_H-768_A-12 - 基于PubMed和MIMIC-III数据的BlueBERT医学自然语言处理模型

BERTBlueBertGithubHuggingface临床笔记医学文本开源项目模型自然语言处理

BlueBERT是一个经过PubMed文献摘要和MIMIC-III临床笔记预训练的BERT模型，适用于医学自然语言处理。它使用NLTK进行文本预处理，提高了对医学文本的理解能力，是临床研究和医学信息检索的有效工具。

awesome-ai-tools - AI工具与大语言模型推荐

AI工具GithubOpenAI开源项目搜索引擎生产力工具聊天机器人

全面了解各种顶级生成式AI工具与大语言模型，如OpenAI API、ChatGPT和Claude 3等。从文本生成、编程到图像、视频和音频生成，这里提供最完整的AI工具推荐，并支持免费提交和展示自己的AI产品。探索最新AI工具，紧跟技术创新前沿。

awesome-huggingface - 综合NLP开源项目与Hugging Face集成工具

GithubHugging FaceNLP工具包transformers开源项目机器学习自然语言处理

该项目列出了多个优秀的开源项目和应用，均与Hugging Face库集成，为各类NLP任务提供有效的解决方案。内容涵盖官方库教程、NLP工具包、文本表示、推理引擎、模型扩展、模型压缩、对抗攻击、风格转换、情感分析、语法纠正、翻译、知识与实体、语音处理、多模态学习、强化学习、问答系统、推荐系统、评估工具、神经搜索、云支持和硬件支持等多个领域。此项目能够帮助用户找到并使用适合的工具和库，提升自然语言处理任务的效率和效果。

DNABERT - DNABERT：用于基因组DNA语言处理的双向编码器模型

BERTDNABERTGPUGithub基因组开源项目预训练模型

DNABERT提供完整的源码、使用示例、预训练和微调模型，适用于各类基因组DNA语言处理任务。该项目利用Huggingface的扩展工具，增添了多任务支持和高效的可视化功能。最新版DNABERT-2不仅提升了多物种基因组的处理能力，还发布了全面的Genome Understanding Evaluation (GUE)基准测试，涵盖28个数据集。

awesome-multimodal-in-medical-imaging - 医学影像多模态学习应用资源集锦

Github医学影像多模态学习开源项目报告生成视觉语言模型视觉问答

该项目汇集医学影像多模态学习应用资源，涵盖数据集、综述、报告生成、视觉问答和视觉语言模型等。内容包括大语言模型相关论文，并提供最新论文和代码链接。资源库定期更新，收录超过100篇高质量论文，为医学影像多模态研究提供重要参考。

SapBERT-from-PubMedBERT-fulltext - 生物医学实体表示的自对齐预训练模型

GithubHuggingfaceSapBERTUMLS实体链接开源项目模型生物医学实体表示自对齐预训练

SapBERT-from-PubMedBERT-fulltext是一个基于PubMedBERT的生物医学实体表示模型。该模型采用自对齐预训练技术，精确捕捉实体间的细粒度语义关系，在医学实体链接任务中表现出色。它在多个基准数据集上创造新纪录，显示出卓越的性能和适应性。模型支持快速生成生物医学实体的高质量嵌入表示，为相关研究提供有力工具。

awesome-llm-interpretability - 深入理解大语言模型内部机制与可解释性

GithubLLM人工智能可解释性开源项目机器学习神经网络

该项目汇集了大语言模型(LLM)可解释性领域的核心资源,包括解释性工具、学术论文、行业报告和深度分析文章。内容涵盖神经元分析、注意力机制、模型行为等多个维度,旨在帮助研究人员和开发者深入理解LLM内部原理,提升模型透明度。项目为LLM可解释性研究提供了全面的知识库和工具集。

Awesome-AITools - 集合人工智能相关工具的超级资源库

AI生成音乐ChatGPTGithub开源LLMs开源项目文本到视频语音识别

Awesome-AITools是一个收集了各类人工智能相关工具的综合资源平台，覆盖编程开发、图像创作、语音识别等多种应用。用户可以快速找到适应不同场景的AI工具，从开发和研究到日常使用，都能获得强大支持。特色包括开源共享、资源丰富、持续更新及社区支持。

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豆包 MarsCode 是一款革命性的编程助手，通过AI技术提供代码补全、单测生成、代码解释和智能问答等功能，支持100+编程语言，与主流编辑器无缝集成，显著提升开发效率和代码质量。

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Suno AI是一个革命性的AI音乐创作平台，能在短短30秒内帮助用户创作出一首完整的歌曲。无论是寻找创作灵感还是需要快速制作音乐，Suno AI都是音乐爱好者和专业人士的理想选择。

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有言平台提供一站式AIGC视频创作解决方案，通过智能技术简化视频制作流程。无论是企业宣传还是个人分享，有言都能帮助用户快速、轻松地制作出专业级别的视频内容。

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