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evo

实现跨尺度DNA序列建模与设计的开源工具

Evo是一个开源的生物基础模型,专注于DNA序列的长上下文建模和设计。基于StripedHyena架构,Evo实现了单核苷酸级别的序列建模,具有近乎线性的计算和内存扩展性。该模型拥有70亿参数,在OpenGenome数据集上训练,包含约3000亿个原核全基因组标记。Evo提供8K和131K上下文长度的预训练模型,适用于从分子到基因组尺度的序列分析和生成任务。研究人员可通过HuggingFace和Together API等多种方式使用Evo,为DNA序列研究提供了强大而灵活的工具。

galaxy - 开源数据分析平台 助力科研工作流程
GalaxyGithubPython开源软件开源项目数据分析生物信息学
Galaxy是一个开源数据分析平台,为科研人员提供用户友好的界面,支持无需编程经验的复杂数据分析。该平台适用于生物信息学、基因组学等领域,集成多种工具和工作流程。Galaxy还提供丰富的社区资源,包括在线帮助、文档和培训材料,便于用户快速上手和充分利用平台功能。
enformer-pytorch - 基于深度学习的基因表达预测工具
DeepmindEnformerGithubHuggingfacePytorch基因表达预测开源项目
此项目实现了Deepmind的Enformer模型在Pytorch框架下的应用,用于预测基因表达,并支持微调预训练模型以适应下游任务。用户可以通过简易安装和提供的代码示例快速使用该模型。此外,该项目还包含染色质可及性预测的微调方法,并支持从Huggingface下载预训练权重。在内存优化和详细的安装、使用说明方面进行了多项改进,帮助用户高效地进行基因组数据分析和预测。
alphamissense - 全蛋白质组错义突变效应预测的革命性工具
AlphaMissenseGithub基因数据库开源项目模型实现氨基酸替换蛋白质序列
AlphaMissense是一个预测蛋白质错义变异效应的开源模型。该项目提供模型实现、数据处理流程和人类氨基酸替换的预计算结果。基于AlphaFold开发,AlphaMissense利用多个遗传数据库进行序列比对,为研究人员提供蛋白质变异影响分析。其预测结果可通过Ensembl VEP工具使用,支持蛋白质功能研究和相关疾病研究。
prot_t5_xl_uniref50 - 基于T5架构的大规模蛋白质序列预训练模型
GithubHuggingfaceProtT5-XL-UniRef50UniRef50开源项目模型特征提取生物信息学蛋白质语言模型
ProtT5-XL-UniRef50是基于T5-3B架构的蛋白质序列预训练模型,在UniRef50数据集的4500万个序列上进行自监督学习。该模型采用改进的掩码语言建模目标,能够捕捉蛋白质序列中的关键生物物理特性。ProtT5-XL-UniRef50可用于蛋白质特征提取和下游任务微调,在二级结构预测等任务中表现优异,为蛋白质序列研究提供了有力工具。
EVA-Qwen2.5-14B-v0.1-GGUF - 多格式量化模型文件下载,便捷获取高性能AI模型
EVA-Qwen2.5-14B-v0.1GithubHugging FaceHuggingface开源项目权重矩阵模型语料库量化方法
EVA-Qwen2.5-14B-v0.1-GGUF提供多种量化模型文件支持AI模型部署,涵盖Q2_K至Q8_0格式。通过Hugging Face和nethype GmbH的资源,项目提供了性能优异的模型文件。详细使用方法请参考项目链接中的文档,FAQ部分提供了常见问题的解答。
awesome-bioie - 免费工具和方法助力提取非结构化生物医学数据中的信息
BERTBioIEGithubLLMs开源项目生物医学数据自然语言处理
这个开源项目提供了一系列无需付费且许可要求低的资源,旨在从非结构化生物医学数据和文本中提取结构化信息。随着语言模型如BERT和GPT-4的引入,生物信息提取方法得到了显著优化。项目涵盖多个方面,包括研究概述、活跃群组、工具和数据集,所有资源均公开且积极维护。
EAGLE - 大型语言模型快速解码的新突破
EAGLEGithub大语言模型开源项目快速解码性能维持推理速度
EAGLE项目为大型语言模型提供了一种高效的快速解码方法。通过创新的特征外推技术,EAGLE显著提升了生成效率。其改进版EAGLE-2引入了动态草稿树结构,进一步优化了性能。与传统解码方法相比,EAGLE和EAGLE-2在13B模型上分别实现了3倍和4倍的速度提升。该开源项目不仅提供了多种预训练模型权重,还支持各类LLM架构,并配备了详尽的使用文档和评估工具。
Reinvent - 分子设计与优化的开源人工智能工具
GPUGithubPythonREINVENT分子设计开源项目机器学习
REINVENT 3.2是一个开源的分子设计与优化工具,结合深度学习和强化学习技术实现分子生成和优化。该基于Python的项目支持多种运行模式,使用JSON配置文件控制,并利用CUDA加速的GPU进行计算。REINVENT 3.2提供详细的安装指南、系统要求和使用教程,支持Jupyter notebook交互式使用,便于研究人员快速上手和实验。此外,项目还包含单元测试框架,可广泛应用于药物研发和材料设计等领域的分子设计任务。
Evolv AI - AI体验优化平台
AI优化AI工具实验数据驱动用户体验转化率
Evolv AI是一个AI驱动的体验优化平台,通过评估数字体验提供UX改进建议,自动化构建和优化用户体验。平台能生成实验所需代码、文案和图片,与现有技术无缝集成,持续优化多个客户接触点,提升转化率和收入等关键指标。该平台利用AI技术评估数字体验,支持数据驱动决策,实现个性化体验和实时优化,帮助企业提高关键业务指标。
DeepSeek-Coder-V2-Instruct - 高性能开源MoE代码语言模型支持338种编程语言
AI编程DeepSeek-Coder-V2GithubHuggingface大型语言模型开源模型开源项目模型混合专家模型
DeepSeek-Coder-V2是一个开源的MoE代码语言模型,通过6万亿token的额外预训练,大幅提升了编码和数学推理能力。该模型支持338种编程语言,具有128K的上下文长度,在多项标准基准测试中表现优异。DeepSeek-Coder-V2不仅在代码相关任务中媲美GPT4-Turbo,还在某些方面超越了多个知名闭源模型。
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稿定设计 是一个多功能的在线设计和创意平台,提供广泛的设计工具和资源,以满足不同用户的需求。从专业的图形设计师到普通用户,无论是进行图片处理、智能抠图、H5页面制作还是视频剪辑,稿定设计都能提供简单、高效的解决方案。该平台以其用户友好的界面和强大的功能集合,帮助用户轻松实现创意设计。

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