制作复杂热图
复杂热图是一种有效的可视化方法,用于展示不同数据集之间的关联并揭示潜在模式。ComplexHeatmap包提供了一种高度灵活的方式来排列多个热图,并支持各种注释图形。
InteractiveComplexHeatmap包可以直接将静态复杂热图导出为交互式Shiny应用。快来试试吧!
引用
Zuguang Gu等,Complex heatmaps reveal patterns and correlations in multidimensional genomic data,Bioinformatics,2016。
Zuguang Gu。Complex Heatmap Visualization,iMeta,2022。
安装
ComplexHeatmap
可在Bioconductor上获取,你可以通过以下方式安装:
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("ComplexHeatmap")
如果你想要最新版本,可以直接从GitHub安装:
library(devtools)
install_github("jokergoo/ComplexHeatmap")
使用方法
制作单个热图:
Heatmap(mat, ...)
带有列注释的单个热图:
ha = HeatmapAnnotation(df = anno1, anno_fun = anno2, ...)
Heatmap(mat, ..., top_annotation = ha)
制作热图列表:
Heatmap(mat1, ...) + Heatmap(mat2, ...)
制作热图列表和行注释:
ha = HeatmapAnnotation(df = anno1, anno_fun = anno2, ..., which = "row")
Heatmap(mat1, ...) + Heatmap(mat2, ...) + ha
文档
博客文章
以下博客文章关注特定主题:
- 制作3D热图
- 从pheatmap转换到ComplexHeatmap
- 在热图中设置单元格宽度/高度
- 交互式ComplexHeatmap
- 将词云作为热图注释
- 哪个热图函数更快?
- ComplexHeatmap中的栅格化
- 跨越多个切片的块注释
- 将ComplexHeatmap与cowplot包集成
示例
使用复杂注释可视化甲基化概况
甲基化、表达和其他基因组特征之间的相关性
可视化单细胞RNA测序的细胞异质性
制作增强版OncoPrint
UpSet图
3D热图
许可证
MIT @ Zuguang Gu