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ComplexHeatmap

R语言复杂热图包 实现多维数据可视化与灵活注释

ComplexHeatmap是一个用于创建复杂热图的R软件包,提供灵活的多热图排列和多样化注释功能。该工具可视化不同数据集间的关联并揭示潜在模式,支持单热图、带注释热图、热图列表和行注释等功能。ComplexHeatmap适用于展示基因组数据、甲基化谱和单细胞RNA测序等复杂数据,并能创建增强型OncoPrint、UpSet图和3D热图。其高度定制性使其成为生物信息学和数据科学领域的强大可视化工具。

制作复杂热图

R-CMD-check codecov bioc bioc

复杂热图是一种有效的可视化方法,用于展示不同数据集之间的关联并揭示潜在模式。ComplexHeatmap包提供了一种高度灵活的方式来排列多个热图,并支持各种注释图形。

InteractiveComplexHeatmap包可以直接将静态复杂热图导出为交互式Shiny应用。快来试试吧!

引用

Zuguang Gu等,Complex heatmaps reveal patterns and correlations in multidimensional genomic data,Bioinformatics,2016。

Zuguang Gu。Complex Heatmap Visualization,iMeta,2022。

安装

ComplexHeatmap可在Bioconductor上获取,你可以通过以下方式安装:

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("ComplexHeatmap")

如果你想要最新版本,可以直接从GitHub安装:

library(devtools)
install_github("jokergoo/ComplexHeatmap")

使用方法

制作单个热图:

Heatmap(mat, ...)

带有列注释的单个热图:

ha = HeatmapAnnotation(df = anno1, anno_fun = anno2, ...)
Heatmap(mat, ..., top_annotation = ha)

制作热图列表:

Heatmap(mat1, ...) + Heatmap(mat2, ...)

制作热图列表和行注释:

ha = HeatmapAnnotation(df = anno1, anno_fun = anno2, ..., which = "row")
Heatmap(mat1, ...) + Heatmap(mat2, ...) + ha

文档

完整文档可在https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/获取,网站地址为https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap。

博客文章

以下博客文章关注特定主题:

示例

使用复杂注释可视化甲基化概况

complexheatmap_example4

甲基化、表达和其他基因组特征之间的相关性

complexheatmap_example3

可视化单细胞RNA测序的细胞异质性

complexheatmap_example2

制作增强版OncoPrint

complexheatmap_example1

UpSet图

3D热图

image

许可证

MIT @ Zuguang Gu

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