stk

强大的Python分子构建与操作库

stk Python库分子构建分子设计数据库 Github 开源项目

stk是一个功能丰富的Python库，用于构建和操作复杂分子结构。它支持自动分子设计、分子数据库创建和属性分析。stk提供灵活API，适用于多种化学和材料科学研究。该库已应用于有机笼、共价有机骨架和共轭聚合物等领域的设计与优化研究。

文档

torchmd - 开源分子动力学模拟框架

GithubPyTorchTorchMD分子动力学力场开发开源项目神经网络势能

TorchMD是一个开源的分子动力学模拟框架，基于PyTorch构建。它为研究人员提供简单易用的API，支持力场开发和神经网络势能的无缝集成。TorchMD使用与传统MD软件兼容的化学单位，适用于多种分子模拟任务。该项目正在积极开发中，由Chan Zuckerberg Initiative和Acellera资助，并与OpenMM和ACEMD展开合作。TorchMD适用于蛋白质折叠、药物设计、材料科学等领域的分子动力学研究。研究人员可以利用TorchMD快速开发和测试新的力场模型，推进计算化学和生物物理学的发展。

spacy-stanza - 多语言自然语言处理工具，结合SpaCy和Stanza的强大功能

GithubStanzaspaCy处理管线开源项目模型自然语言处理

spacy-stanza 是一个包装 Stanza 库的软件，使得在 SpaCy 管道中使用斯坦福模型变得更加容易。其功能包括多语言词性标注、形态分析、词干提取和依存解析，支持68种语言，还为部分语言提供命名实体识别功能。用户可以通过下载预训练的 Stanza 模型，通过 spacy_stanza.load_pipeline() 加载并处理文本。这个工具还允许添加自定义组件，结合 SpaCy 的词汇属性、规则匹配和可视化功能，提供了强大的自然语言处理解决方案。

pybind11-stubgen - 自动生成Python扩展模块类型存根文件的开源工具

GithubIDE支持Python扩展pybind11-stubgen存根生成开源项目静态分析

pybind11-stubgen是一个为Python扩展模块生成类型存根文件的开源工具。它可自动创建存根文件，帮助静态分析工具和IDE更好地理解和处理二进制扩展。虽然针对pybind11编译的模块进行了优化，但也适用于其他库构建的模块。通过命令行操作，开发者可以生成存根文件，提高Python项目的开发效率和代码质量。

cltk - 古典语言自然语言处理工具包

CLTKGithubNLPPython古典语言开源项目自然语言处理

CLTK是一个用于古典语言的Python自然语言处理库，提供近20种古典语言的处理管道和模型。用户可以通过pip安装最新版本，同时提供详细的安装和开发文档，支持从源代码安装。该工具特别适用于处理历史语言的学者，填补了现有NLP框架在这一领域的空白。

MoLFormer-XL-both-10pct - 大规模分子语言模型实现化学结构与性质预测

GithubHuggingfaceMoLFormerSMILES分子结构化学模型开源项目机器学习模型

MoLFormer是一个在ZINC和PubChem数据集上训练的化学语言模型，通过处理11亿分子的SMILES表示实现分子特征学习。模型采用线性注意力机制与旋转位置编码，在MoleculeNet的11个基准任务中展现优异性能。该模型可应用于分子相似度分析、特征提取及分子性质预测，适用于200原子以下的小分子研究。

DnaFeaturesViewer - 功能强大的DNA序列特征可视化Python库

DNA Features ViewerGithubPython库可视化工具基因组开源项目生物信息学

DnaFeaturesViewer是一款功能强大的DNA序列特征可视化Python库。它能自动生成清晰简洁的图表,即使是复杂的重叠特征和长标签序列也能完美展示。该库兼容Matplotlib和Biopython,支持多种图像输出格式。DnaFeaturesViewer可从GenBank或GFF文件读取特征,绘制核苷酸序列和氨基酸翻译,并支持多行多页绘图。它为DNA序列分析和生物学研究提供了直观高效的可视化工具。

api - Materials Project API 材料科学数据访问工具

APIGithubMaterials ProjectPython开发环境开源项目数据下载

Materials Project API是一个面向材料科学研究的开源工具，提供了访问Materials Project数据库的核心客户端实现。支持Python 3.9+，此API使用户能够高效地查询和下载大规模材料数据。项目提供详细文档，指导开发者如何使用API获取最新的材料数据。该工具旨在为材料科学研究提供数据支持，促进相关领域的创新和发展。

miditoolkit - Python开源MIDI处理工具包

GithubMIDI文件处理MiditoolkitPython包开源项目符号音乐音乐编程

Miditoolkit是一个开源的Python MIDI处理库，采用ticks作为原生时间单位。它提供MIDI文件的读取、编辑和写入功能，支持钢琴卷帘解析、全局MIDI属性管理、乐器控制和可视化。与其他工具相比，Miditoolkit在纯MIDI和符号音乐处理方面性能更优。它适用于音乐创作、MIDI文件分析和音乐信息检索等领域，为开发者提供了高效、灵活的MIDI处理解决方案。

Stellr - 智能化电子实验记录系统助力现代科研

AI工具ELN实验室笔记本数据集中化研究管理科学家工具

Stellr是一款先进的电子实验记录本软件(electronic lab notebook software)和研究数据管理系统(research data management system)，为现代科研工作提供全面支持。这款智能化电子实验记录本(ELN)软件革新了传统纸质记录方式，提供了集中管理实验数据的数字化平台。Stellr支持快速记录、高效搜索和便捷共享实验数据，有助于提升研究效率。该系统不仅优化了实验记录流程，还增强了团队协作能力，适用于生物制药等领域的研究数据管理。

dpdata - Python工具包实现计算科学软件数据格式的灵活处理

DeePMD-kitGithubPython包dpdata开源项目数据格式计算科学

dpdata是一个面向计算科学软件的Python工具包，支持多种数据格式如DeePMD-kit、VASP和LAMMPS等。该工具包提供数据加载、操作和导出功能，可处理单帧和多帧系统数据，支持标记和非标记系统。dpdata具备丰富的数据访问和转换方法，同时支持原子系统的复制、扰动和替换，以及化学键和形式电荷的处理。

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