foldingdiff

Protein生成和优化的扩散模型工具

foldingdiff 扩散模型蛋白质生成 CATH数据集 PyTorch Lightning Github 开源项目

使用扩散模型生成新的蛋白骨架结构。提供详细的安装、数据下载和模型训练指南，支持预训练模型的加载和采样。评估生成骨架的设计性能和结构一致性，适合具备Python和PyTorch基础的研发人员使用，通过浏览器便捷地生成蛋白质结构。

rf_diffusion_all_atom - 全原子精度蛋白质结构生成工具

GithubRFDiffusion AA分子对接开源项目机器学习结构生物学蛋白质设计

rf_diffusion_all_atom是一个基于AI的蛋白质结构生成工具，实现全原子精度的模型设计。该工具支持小分子结合蛋白和包含特定基序的蛋白质设计，提供简单的安装步骤和使用指南。rf_diffusion_all_atom能够生成自定义蛋白质结构，适用于药物发现和蛋白质工程等研究领域。

openfold - 增强蛋白质结构预测功能的AlphaFold2 PyTorch复现版本

AlphaFold 2DeepMindGithubOpenFoldPyTorch开源项目蛋白质结构预测

OpenFold是DeepMind AlphaFold 2的可训练PyTorch复现版本，提供高效的蛋白质结构预测解决方案。详细的安装、模型推理和训练指南可在文档主页找到。项目采用Apache Licence 2.0许可，使用的DeepMind预训练参数遵循CC BY 4.0许可。欢迎社区通过提交问题或拉请求进行贡献。引用OpenFold时应同时参考相关的AlphaFold研究成果。

AlphaFold3 - 预测蛋白质相互作用结构的开源工具

AlphaFold3GithubPyTorch开源项目深度学习蛋白质结构预测遗传扩散

AlphaFold3通过基因扩散模型实现了生物分子相互作用结构的精确预测。该模型处理包括聚合物序列、残基修饰和配体smiles符号等多种输入数据，适用于预测多达1000个残基的蛋白质结构。独特的交叉蒸馏方法和信心评估机制减少了模型幻觉问题，增强了预测的可信度。用户可通过PyTorch和Docker容器便捷安装和运行该模型。

DNA-Diffusion - 扩散模型生成调控DNA序列的新方法

DNA DiffusionGithub人工智能基因组学开源项目生成模型调控序列

DNA-Diffusion项目利用扩散概率模型生成调控DNA序列。该项目开发基于文本提示的模型，生成特定细胞类型或上下文相关的DNA序列。这些序列具有特定调控特性，如细胞特异性染色质状态、基因表达水平调控或转录因子结合位点。该研究旨在深化对正常发育和疾病中DNA调控序列特性的理解。

alphafold3-pytorch - 基于PyTorch的蛋白质结构预测模型开源实现

AlphaFold 3GithubPytorch开源项目机器学习生物信息学蛋白质结构预测

这是AlphaFold 3的PyTorch开源实现项目。它包含完整的模型架构、训练和推理流程,以及详细的数据准备指南。项目支持原子级和分子级的输入处理,提供PDB数据集筛选和聚类脚本。丰富的文档和示例代码有助于用户理解和使用AlphaFold 3模型。该实现为蛋白质结构预测研究提供了有价值的开源工具。

onediff - 扩散模型加速库

ComfyUIGPU加速GithubHF diffusersPyTorchonediff开源项目

onediff提供开箱即用的扩散模型加速库，支持HF diffusers和ComfyUI。具备PyTorch代码编译及优化GPU内核，提升速度可达1.7倍。支持SD、SVD、LoRA等算法，兼容多种NVIDIA GPU。网站提供详细的安装与使用指南、性能对比及质量评估，适用于生产环境。了解更多关于onediff的加速方法和最新更新，以及详细的架构与功能特点。

modular-diffusion - 灵活可扩展的PyTorch扩散模型框架

GithubModular DiffusionPyTorch开源项目扩散模型机器学习模块化设计

Modular Diffusion是一个基于PyTorch的模块化扩散模型框架，为设计和训练自定义扩散模型提供了简洁的API。该框架支持多种噪声类型、调度类型、去噪网络和损失函数，并提供了预构建模块库。Modular Diffusion适用于图像生成和非自回归文本合成等多种应用场景，适合AI研究人员和爱好者使用。其模块化设计简化了新型扩散模型的创建和实验过程。

k-diffusion - 扩散模型框架支持多种采样算法和模型架构

GithubPyTorchk-diffusiontransformer开源项目注意力机制生成模型

k-diffusion是一个基于PyTorch的扩散模型实现框架。它支持分层Transformer模型、多种采样算法和Min-SNR损失加权。该框架提供模型包装器、CLIP引导采样功能，以及对数似然、FID和KID等评估指标的计算。k-diffusion为扩散模型研究和应用提供了实用工具。

FastDiff - 高效生成高保真语音的快速条件扩散模型

FastDiffGithubPyTorch开源项目条件扩散模型语音合成高保真语音合成

FastDiff项目实现了一种高效生成高保真语音的条件扩散模型。该项目在GitHub上提供了开源实现和预训练模型，支持包括LJSpeech、LibriTTS和VCTK在内的多种数据集。适用于语音合成和神经语音编解码等任务，并支持多GPU并行训练。项目还提供了详细的推理和训练指南，以及预处理工具和训练配置示例。FastDiff代码参考了NATSpeech和Tacotron2等项目，广泛适用于研究和实际应用。

esmfold_v1 - 突破性的高速蛋白质结构预测技术

ESMFoldGithubHuggingface人工智能开源项目模型深度学习生物信息学蛋白质折叠

ESMFold是一种革新性的蛋白质结构预测模型，基于ESM-2架构设计。它摒弃了传统的序列比对和数据库依赖，实现了纯端到端的预测流程，显著提升了计算效率。相较于AlphaFold2等方法，ESMFold在速度上具有明显优势，同时保持了高精度。该项目提供了详细的使用教程，方便研究人员快速应用于实际工作中。

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