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RNA-FM

高精度RNA结构和功能预测的解释性基础模型

RNA-FM是一个基于未注释数据训练的RNA基础模型,在RNA结构预测和功能相关任务中表现出色。项目提供预训练模型和代码,支持RNA嵌入生成和二级结构预测。最新更新包含RNA家族聚类和类型分类教程,以及针对mRNA编码序列的mRNA-FM模型。RNA-FM为RNA研究提供了有力工具,有助于提高RNA结构和功能预测的准确性。

rinalmo - 基于BERT的非编码RNA预训练模型助力RNA结构预测
GithubHuggingfaceRNA模型RiNALMo序列分析开源项目模型深度学习生物信息学
RiNALMo是一种基于BERT架构的非编码RNA预训练语言模型。该模型在3600万条独特ncRNA序列上使用掩码语言建模进行训练,可有效应用于RNA结构预测。模型包含33层、1280个隐藏单元和20个注意力头,总参数量达6.5亿。RiNALMo可用于RNA序列特征提取、序列和核苷酸级别的分类回归任务,以及RNA接触预测等多种下游应用。
GENA_LM - 专为长DNA序列设计的开源基础模型家族
DNA序列GENA-LMGithub基因组学开源项目转化器预训练模型
GENA-LM是专为长DNA序列设计的开源基础模型家族。它采用BPE分词方法,支持最长36k bp的输入序列,并基于最新T2T人类基因组进行预训练。该项目提供多种预训练模型,包括BERT和BigBird架构,可用于启动子预测和剪接位点识别等多种下游任务。GENA-LM为基因组学研究提供了新的分析工具,促进了DNA序列分析技术的进步。
esmfold_v1 - 突破性的高速蛋白质结构预测技术
ESMFoldGithubHuggingface人工智能开源项目模型深度学习生物信息学蛋白质折叠
ESMFold是一种革新性的蛋白质结构预测模型,基于ESM-2架构设计。它摒弃了传统的序列比对和数据库依赖,实现了纯端到端的预测流程,显著提升了计算效率。相较于AlphaFold2等方法,ESMFold在速度上具有明显优势,同时保持了高精度。该项目提供了详细的使用教程,方便研究人员快速应用于实际工作中。
timesfm - 谷歌研究院开发的时间序列预测基础模型
GithubTimesFM基础模型开源项目时间序列预测深度学习
TimesFM是谷歌研究院开发的时间序列预测基础模型,支持多种时间频率的单变量预测。模型可处理最长512个时间点的上下文和任意长度的预测范围,提供简单的API接口支持数组和pandas输入。通过外部回归器库,TimesFM能处理静态和动态协变量。此外,该模型支持微调功能,允许用户在自有数据上优化性能。
esm1b_t33_650M_UR50S - 以高级特征提取和预测提高蛋白质序列无监督学习的有效性
ESM-1bGithubHuggingface功能预测开源项目无监督学习模型结构预测蛋白质序列
ESM-1b是一个Transformer架构的蛋白质语言模型,通过对未标记的蛋白质序列进行自监督预训练,具备了结构与功能预测的无监督能力。该模型在远程同源检测和二级结构预测等任务上表现优良,可用于特征提取和模型微调。虽然ESM-2性能优越,但ESM-1b仍是研究蛋白质特征的重要工具。
rnaseq - 全面分析RNA测序数据流程
GithubNextflowRNA测序nf-core/rnaseq基因表达开源项目生物信息学
nf-core/rnaseq是一个用于分析RNA测序数据的开源生物信息学流程。它接收样本表和FASTQ文件作为输入,执行质量控制、修剪和比对,生成基因表达矩阵和质量报告。该流程支持多种比对和定量方法,提供全面的质量控制功能,包括读取、比对、基因类型、样本相似性和链特异性分析。适用于有参考基因组和注释的RNA-seq数据处理。
alphaflow - 蛋白质构象集生成的流匹配模型
AlphaFlowAlphaFoldGithub分子动力学开源项目生成建模蛋白质构象集
AlphaFlow是基于AlphaFold的改进版本,通过流匹配目标微调,专门生成蛋白质构象集合。它模拟实验和分子动力学集合,提供完整代码、说明和模型权重。项目还包括ESMFold的微调版本ESMFlow。这些工具有助于研究蛋白质结构多样性和动态特性,为蛋白质科学研究提供新的方法和视角。
fnet-base - FNet模型采用傅里叶变换实现高效自然语言处理
FNetGLUE benchmarkGithubHuggingface傅里叶变换开源项目模型模型预训练自然语言处理
FNet是一种创新型自然语言处理模型,通过傅里叶变换替代传统注意力机制,提高了计算效率。该模型在C4数据集上预训练,采用掩码语言建模和下一句预测任务。在GLUE基准测试中,FNet达到BERT模型93%的性能,微调速度快32%。这种架构为大规模文本处理应用提供了高效选择。
rf_diffusion_all_atom - 全原子精度蛋白质结构生成工具
GithubRFDiffusion AA分子对接开源项目机器学习结构生物学蛋白质设计
rf_diffusion_all_atom是一个基于AI的蛋白质结构生成工具,实现全原子精度的模型设计。该工具支持小分子结合蛋白和包含特定基序的蛋白质设计,提供简单的安装步骤和使用指南。rf_diffusion_all_atom能够生成自定义蛋白质结构,适用于药物发现和蛋白质工程等研究领域。
esm - ESM3生成模型实现蛋白质序列结构功能联合推理
ESM3Github人工智能开源项目生成式模型生物学蛋白质模型
ESM3是一个创新的生物学生成模型,能够同时处理蛋白质的序列、结构和功能。通过离散令牌表示这三种数据模态,ESM3可根据部分输入预测完整的蛋白质信息。作为一个生成式掩码语言模型,它采用迭代采样方法。ESM3架构具有高度可扩展性,其最大版本拥有980亿参数,曾对2.78亿个蛋白质进行训练。
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