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RNA-FM

高精度RNA结构和功能预测的解释性基础模型

RNA-FM是一个基于未注释数据训练的RNA基础模型,在RNA结构预测和功能相关任务中表现出色。项目提供预训练模型和代码,支持RNA嵌入生成和二级结构预测。最新更新包含RNA家族聚类和类型分类教程,以及针对mRNA编码序列的mRNA-FM模型。RNA-FM为RNA研究提供了有力工具,有助于提高RNA结构和功能预测的准确性。

alphamissense - 全蛋白质组错义突变效应预测的革命性工具
AlphaMissenseGithub基因数据库开源项目模型实现氨基酸替换蛋白质序列
AlphaMissense是一个预测蛋白质错义变异效应的开源模型。该项目提供模型实现、数据处理流程和人类氨基酸替换的预计算结果。基于AlphaFold开发,AlphaMissense利用多个遗传数据库进行序列比对,为研究人员提供蛋白质变异影响分析。其预测结果可通过Ensembl VEP工具使用,支持蛋白质功能研究和相关疾病研究。
Refact-1_6B-fim - 小巧精悍的多语言代码补全模型
GithubHuggingfaceRefact-1.6B人工智能代码补全开源项目机器学习模型模型编程助手
Refact-1.6B-fim是一个高性能的代码补全模型,仅以1.6B参数规模在多项基准测试中超越了部分更大的模型。它支持多种编程语言,采用填充中间和聊天格式,并针对IDE使用场景进行了优化。该模型在HumanEval等测试中表现出色,为开发者提供了准确、快速的代码补全功能。
flow-forecast - 开源时间序列深度学习框架,支持最新模型和云端集成
Flow ForecastGithubtransformer开源开源项目时间序列预测深度学习
Flow Forecast 是一个开源时间序列预测深度学习框架,提供最新的Transformer、注意力模型、GRU等技术,并具有易于理解的解释指标、云集成和模型服务功能。该框架是首个支持Transformer模型的时间序列框架,适用于流量预测、分类和异常检测。
esm2_t36_3B_UR50D - ESM-2系列先进蛋白质序列模型
ESM-2GithubHuggingface开源项目机器学习模型生物信息学蛋白质模型语言建模
esm2_t36_3B_UR50D是ESM-2系列中的一款蛋白质模型,采用掩码语言建模方法训练。该模型拥有36层网络结构和30亿参数,在精度、内存消耗和训练时间之间取得了良好平衡。它适用于多种蛋白质序列相关任务的微调,可用于蛋白质序列分析和功能预测等研究领域。研究人员可以利用此模型进行各种蛋白质相关的前沿探索。
audio-flamingo - 新型音频语言模型实现音频理解和多轮对话
Audio FlamingoGithubfew-shot学习对话能力开源项目语言模型音频理解
Audio Flamingo是一种创新音频语言模型,具备音频理解、快速任务适应和多轮对话能力。通过优化训练技术、架构设计和数据策略,该模型在多项音频理解任务中创建新基准。项目开源基础模型和对话模型的训练及推理代码。模型权重可从GitHub和HuggingFace获取,仅供非商业用途。
FinNLP - 金融领域自然语言处理的开源工具库
FinNLPGithub开源项目新闻数据机器学习自然语言处理金融数据
FinNLP是一个专注于金融领域的自然语言处理工具库,提供大语言模型训练和微调流程。它支持获取美国和中国市场的新闻及社交媒体数据,使研究人员和开发者能够方便地处理和分析大规模金融文本数据,为金融NLP研究和应用提供支持。
Mol-Instructions - 大规模生物分子指令数据集助力大语言模型
GithubMol-Instructions大语言模型开源项目数据集生物分子蛋白质
Mol-Instructions是一个开放的大规模生物分子指令数据集,包含分子导向、蛋白质导向和生物分子文本三类指令。数据集涵盖分子设计、蛋白质功能预测等多个任务,通过AI协作、数据提取和模板转换等方法构建。该数据集旨在增强大语言模型在生物分子领域的表现,现已在Hugging Face平台发布。
openfold - 增强蛋白质结构预测功能的AlphaFold2 PyTorch复现版本
AlphaFold 2DeepMindGithubOpenFoldPyTorch开源项目蛋白质结构预测
OpenFold是DeepMind AlphaFold 2的可训练PyTorch复现版本,提供高效的蛋白质结构预测解决方案。详细的安装、模型推理和训练指南可在文档主页找到。项目采用Apache Licence 2.0许可,使用的DeepMind预训练参数遵循CC BY 4.0许可。欢迎社区通过提交问题或拉请求进行贡献。引用OpenFold时应同时参考相关的AlphaFold研究成果。
foldingdiff - Protein生成和优化的扩散模型工具
CATH数据集GithubPyTorch Lightningfoldingdiff开源项目扩散模型蛋白质生成
使用扩散模型生成新的蛋白骨架结构。提供详细的安装、数据下载和模型训练指南,支持预训练模型的加载和采样。评估生成骨架的设计性能和结构一致性,适合具备Python和PyTorch基础的研发人员使用,通过浏览器便捷地生成蛋白质结构。
torchmd-net - 神经网络势能模型的高效训练与实现框架
GPU加速GithubPyTorchTorchMD-NET分子动力学开源项目神经网络势能
TorchMD-NET是一个先进的神经网络势能(NNP)模型框架,提供高效快速的NNP实现。该框架与ACEMD、OpenMM和TorchMD等GPU加速分子动力学代码集成,并将NNP作为PyTorch模块提供。项目支持等变Transformer、Transformer、图神经网络和TensorNet等多种架构,可通过conda-forge安装或从源代码构建。TorchMD-NET具有灵活的训练配置选项,支持自定义数据集和多节点训练,并提供预训练模型。
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