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基于DNA语言模型的基因组变异效应预测工具

GPN是一个基于DNA语言模型的开源项目,致力于基因组范围内的变异效应预测。项目包括单序列(GPN-SS)和多序列比对(GPN-MSA)两种模型,适用于人类和植物等多个物种的分析。GPN提供Python接口,支持自定义数据训练,并包含从数据集创建到变异效应预测的完整工作流程。这一工具为基因组研究提供了新的分析方法。

enformer-official-rough - 基于Transformer的神经网络架构实现精准基因表达预测
EnformerGithubHuggingfaceTransformer架构基因表达预测开源项目模型深度学习长程相互作用
Enformer是一个基于Transformer的神经网络架构,能从DNA序列中精确预测基因表达。该模型由Avsec等人在Nature期刊发表,并在DeepMind的GitHub仓库首次公开。本项目将官方权重移植至PyTorch,为基因组学研究提供了有力工具。研究人员可参考enformer-pytorch的使用说明,进行基因表达预测和分析。该模型在整合长程相互作用方面表现出色,大幅提高了基因表达预测的准确性。
gpt2 - 预训练语言模型与自然语言生成技术
GPT-2GithubHuggingface开源项目文本生成机器学习模型自然语言处理预训练模型
这是一个由OpenAI开发的大规模预训练语言模型,基于Transformer架构,通过自监督学习方式在英文语料上训练。模型核心功能是预测文本序列中的下一个词,可用于文本生成及其他自然语言处理任务。支持ONNX部署,便于开发者进行实际应用开发和模型微调。
h2ogpt - 私密的文件查询与总结工具
Githubh2oGPT开源项目文档查询本地私有GPT LLM热门用户界面
h2oGPT是一个基于Apache V2协议的开源项目,支持用户通过高效的本地私有GPT语言模型查询、总结文档或进行交流。该项目提供多种模型支持,包括LLaMa2、Mistral等,并具备包括PDF、Excel、Word在内的多种文件类型处理能力。用户可以通过UI或CLI界面使用该系统,并利用GPU或CPU进行操作。h2oGPT还可以作为OpenAI服务器的替代品,支持文本完成、音频转写和图像生成等功能。
pfgmpp - 统一扩散和泊松流的生成模型框架
GithubPFGM++人工智能图像生成开源项目深度学习生成模型
PFGM++是一个统一扩散模型和泊松流生成模型的框架,通过在高维空间嵌入路径来生成数据。它可以退化为PFGM或扩散模型,并允许通过选择额外维度D来平衡模型的鲁棒性和刚性。实验显示,特定D值的PFGM++模型在CIFAR-10和FFHQ数据集上的性能超越了现有的扩散模型,并对建模误差表现出更好的鲁棒性。
gp.nvim - 提升编程效率的 AI Neovim插件
AI模型AI绘图GithubGp.nvimNeovim插件代码生成开源项目
gp.nvim是一个AI驱动的Neovim插件,基于GPT模型提升编程功能,支持即时响应、扩展性极强的钩子函数、聊天式会话、文本和代码的自动操作、语音转文本及图像生成,有效增强开发者效率。
genv - 开源GPU环境管理系统 简化资源分配与协作
GPU管理GenvGithub开源项目环境配置资源分配集群管理
Genv是一个开源的GPU环境和集群管理系统,为数据科学和机器学习团队提供GPU资源的高效管理。它支持GPU共享、远程访问、无代码切换以及本地LLM部署,显著提升团队协作效率。Genv具备GPU使用监控和配额管理功能,适合多人共享GPU资源的场景。通过与Ollama的集成,Genv能在集群中有效运行和管理大型语言模型。
tpot - 基于遗传算法的自动机器学习管道优化工具
GithubTPOT开源项目机器学习管道优化自动化遗传算法
TPOT是一个开源的自动机器学习工具,基于Python开发。它采用遗传算法来优化机器学习管道,能够自动探索大量可能的管道组合,为给定数据集找到最佳模型。TPOT构建于scikit-learn之上,可生成易读易修改的Python代码。该工具支持分类和回归任务,适用于多种数据科学场景,能够有效减少数据科学家在模型选择和参数调优上的时间投入。
GPT_Vuln-analyzer - AI智能漏洞分析工具,支持网络、DNS及子域名检测
AI模型CLI界面GPT_Vuln-analyzerGUI界面Github开源项目漏洞分析
GPT_Vuln-analyzer是一个用于漏洞分析的智能工具,支持网络扫描、DNS枚举和子域名检测,通过CLI和GUI接口进行操作。集成OpenAI、Bard API、Llama AI等多种AI模型,以及nmap和dnsresolver等Python模块,提供高效且准确的分析。详细的使用指南和模块集成指导,支持多操作系统,能够满足多种安全测试需求。
code-review-gpt - 使用大型语言模型提升CI/CD流水线的代码审查效率
CI/CDCode Review GPTGithub代码审查大语言模型开源项目自动化工具
Code Review GPT使用大型语言模型在CI/CD流水线中审查代码,帮助识别暴露的秘密、低效代码和不可读代码。工具可以在命令行本地运行,审查暂存文件。虽然处于alpha阶段,但仍能提供有价值的反馈,简化代码审查流程,提高效率。
DnaFeaturesViewer - 功能强大的DNA序列特征可视化Python库
DNA Features ViewerGithubPython库可视化工具基因组开源项目生物信息学
DnaFeaturesViewer是一款功能强大的DNA序列特征可视化Python库。它能自动生成清晰简洁的图表,即使是复杂的重叠特征和长标签序列也能完美展示。该库兼容Matplotlib和Biopython,支持多种图像输出格式。DnaFeaturesViewer可从GenBank或GFF文件读取特征,绘制核苷酸序列和氨基酸翻译,并支持多行多页绘图。它为DNA序列分析和生物学研究提供了直观高效的可视化工具。
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