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生物医学数据集库促进机器学习研究

BigBIO是一个基于Huggingface datasets库开发的生物医学数据加载器库。该项目提供超过126个生物医学数据集的轻量级访问,覆盖10余种语言和12个任务类别。BigBIO致力于提高数据处理的可重复性,完善数据集来源和许可等属性的文档,并简化自然语言提示和多任务学习的元数据集生成。此外,BigBIO还支持多个主流英语生物医学基准测试中的大部分数据集。

compact-biobert - 压缩优化的生物医学BERT模型
CompactBioBERTGithubHuggingface开源项目模型模型蒸馏深度学习生物医学自然语言处理
CompactBioBERT是BioBERT的压缩版本,通过结合DistilBioBERT和TinyBioBERT的蒸馏技术,在PubMed数据集上训练而成。该模型采用6层transformer结构,隐藏层和嵌入层维度为768,总参数约6500万。CompactBioBERT在保持生物医学自然语言处理性能的同时,有效缩小了模型规模,提升了计算效率。
hi-ml - 医疗和生命科学深度学习研究智能工具包
AzureGithub人工智能医疗健康开源项目机器学习深度学习
hi-ml是一个面向医疗和生命科学领域的机器学习工具包,提供经过测试的组件、深度学习模型和云集成工具。该项目包含hi-ml-azure用于AzureML集成、hi-ml提供ML组件,以及hi-ml-cpath用于处理组织病理学图像。这些工具旨在简化深度学习模型的开发流程,适用于该领域的研究人员和从业者。
DeepBI - 多数据源支持的AI数据分析平台,实现数据查询与可视化
DeepBIGithub人工智能多平台支持开源项目数据分析平台数据可视化
DeepBI是一款AI驱动的数据分析平台,利用大语言模型进行数据探索、查询、可视化和共享。平台支持对话获取数据结果,生成持久化查询与可视化,兼容MySQL、PostgreSQL、Doris、StarRocks等多种数据源,并支持Windows、Linux、Mac等操作系统。
MedMNIST - 标准化医学图像分类数据集
GithubMedMNIST医学图像分类开源项目数据集机器学习神经网络
MedMNIST是一个标准化的生物医学图像数据集,包含18个2D和3D子集。数据集提供28x28及更大尺寸的图像,涵盖多种医学影像模态,适用于不同的分类任务。总计约708K个2D图像和10K个3D图像,支持生物医学图像分析、计算机视觉和机器学习研究。MedMNIST以其多样性、标准化和易用性,成为评估机器学习算法和开发医学模型的重要资源。
M3D - 推动3D医学图像分析的多模态大语言模型
3D医学图像分析AI医疗GithubM3D医学数据集多模态大语言模型开源项目
M3D是首个针对3D医学分析的多模态大语言模型系列。项目包含最大规模开源3D医学数据集M3D-Data、多任务能力模型M3D-LaMed和全面评估基准M3D-Bench。M3D在图像-文本检索、报告生成、视觉问答、定位和分割等任务中表现优异,为3D医学图像分析领域提供了新的研究方向。
Awesome-LLM-Healthcare - 大语言模型在医疗保健领域应用的全面资源集
Github医学LLM医疗AI医疗评估多模态LLM大语言模型开源项目
该项目汇集了医疗保健领域大语言模型(LLM)的研究和应用资源。内容包括通用和专业医疗LLM、多模态医疗LLM以及LLM驱动的医疗智能助手等方向的最新进展。此外还涵盖了LLM在医疗领域的评估策略、相关综述和代码库链接。这一资源集对于研究和开发医疗健康AI应用的人员具有重要参考价值。
awesome-public-datasets - 多领域高质量公共数据集资源汇总
Github基因组学开源数据集开源项目微阵列数据生物学蛋白质数据库
Awesome Public Datasets汇集了农业、生物学、计算机科学等多个领域的高质量公共数据集。该项目源于上海交通大学OMNILab,现隶属于BaiYuLan开放AI社区。它为研究人员和数据科学家提供了便捷获取开放数据资源的途径,支持各类分析和研究工作。资源列表涵盖广泛,质量可靠,是数据科学工作的重要参考。
awesome-multimodal-in-medical-imaging - 医学影像多模态学习应用资源集锦
Github医学影像多模态学习开源项目报告生成视觉语言模型视觉问答
该项目汇集医学影像多模态学习应用资源,涵盖数据集、综述、报告生成、视觉问答和视觉语言模型等。内容包括大语言模型相关论文,并提供最新论文和代码链接。资源库定期更新,收录超过100篇高质量论文,为医学影像多模态研究提供重要参考。
Scientific-LLM-Survey - 生物化学领域科学大语言模型研究综述
Github化学医学大语言模型开源项目生物学科学
Scientific-LLM-Survey项目系统梳理生物化学领域科学大语言模型研究进展。涵盖文本、分子、蛋白质和基因组语言模型,以及多模态模型的最新发展。项目收录关键论文,提供数据集和基准测试资源,为该领域研究提供全面参考。
bigscience - 大规模语言模型研究与进展更新
GPT2GithubMegatron-DeepSpeedbigsciencelarge language models开源项目训练
BigScience项目专注于大规模语言模型的研究与训练,包含丰富的实验、数据集信息和训练进展。用户可以访问详细文档和实时日志,了解当前模型表现及关键发现。项目涵盖从基础GPT-2模型到不同规模与架构的大型模型,并提供详尽的操作流程及讨论记录。
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