#Nextflow

Nextflow是一个基于数据流编程模型的工作流系统，用于创建可扩展、可移植和可重现的工作流。它简化了并行和分布式计算管道的编写过程，支持多种执行平台和依赖管理方式。Nextflow适用于本地机器、HPC集群、云平台和Kubernetes等环境，广泛应用于生物信息学等计算密集型领域。该项目拥有活跃的社区和完善的文档支持。

nf-core/rnaseq是一个用于分析RNA测序数据的开源生物信息学流程。它接收样本表和FASTQ文件作为输入,执行质量控制、修剪和比对,生成基因表达矩阵和质量报告。该流程支持多种比对和定量方法,提供全面的质量控制功能,包括读取、比对、基因类型、样本相似性和链特异性分析。适用于有参考基因组和注释的RNA-seq数据处理。

Sarek是一个用于全基因组或靶向测序数据变异检测的开源工作流。它支持多物种数据处理,可进行肿瘤/正常样本对比分析。基于Nextflow构建并使用容器技术,Sarek具有高度可重复性和易维护性。该工作流提供从原始数据到变异注释的完整分析,涵盖质控、比对、变异检测等关键步骤,为研究人员提供了强大的基因组分析工具。

nf-core/scrnaseq是一个开源的单细胞RNA测序数据分析流程。该项目集成了Alevin-Fry、STARSolo、Kallisto等多种分析工具,可处理10x Genomics等平台产生的数据。流程提供详细文档和灵活的参数设置,支持多种运行环境。用户可根据需求选择合适的分析方法,输出h5ad、Seurat或mtx格式结果。项目持续更新,旨在为单细胞转录组分析提供标准化和可重复的解决方案。