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HistomicsTK

数字病理图像分析的Python工具包，支持独立和网络集成

HistomicsTKPythonDigital Slide ArchiveHistomicsUIGithub开源项目病理影像分析

HistomicsTK是一个用于数字病理图像分析的Python包，可以独立使用或作为Digital Slide Archive的插件。通过HistomicsUI执行图像分析任务，其功能可通过slicer cli web扩展，允许开发者集成自己的图像分析算法。借助机器学习技术和多分辨率图像，HistomicsTK帮助研究组织学、临床结果及基因数据的关系。适用于路径学家和算法研究者，提供如颜色归一化和细胞核分割等功能，支持Linux、Windows和OSX的安装指南。详细信息请访问官网。

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介绍相关项目
MedSegDiff - 创新医学图像分割框架
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AlizaMS - 多功能DICOM查看器 为医学影像分析提供全面支持
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AlizaMS是一款功能全面的DICOM查看器，集成2D和3D视图、体积渲染和多平面重建等核心功能。它具备快速目录扫描和DICOMDIR文件处理能力，同时保证DICOM数据的一致性匿名化。该软件支持RTSTRUCT轮廓显示、多视图研究和超声校准区域精确测量。AlizaMS还提供2D+t和3D+t动画效果，内置DICOM元数据查看器和2024b字典。软件兼容多数IOD类型，包括结构化报告和灰度软拷贝呈现状态。
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nnUNet是一个自适应深度学习框架,专注于医学图像分割。它可自动分析训练数据并优化U-Net分割流程,无需专业知识即可使用。支持2D和3D图像,处理多种模态和输入通道,并能应对不平衡类别分布。在多个生物医学图像分割挑战中表现出色,广泛用作基线方法和开发框架。适用于领域科学家和AI研究人员,为医学图像分析提供强大支持。
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Topaz是一个用于冷冻电镜图像分析的开源工具。它使用卷积神经网络进行颗粒检测,并提供显微图和断层图去噪功能。Topaz的处理流程包括图像预处理、模型训练、分割和颗粒提取。该工具支持GPU加速,可通过多种方式安装。Topaz为冷冻电镜数据处理提供了全面的解决方案,助力结构生物学研究。
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SLANTbrainSeg是一款开源的全脑高分辨率MRI分割工具，采用人工智能深度学习技术。它可将T1 MRI扫描分割为133个标签，符合BrainCOLOR协议。项目提供Docker镜像，支持GPU和CPU，操作简便。SLANTbrainSeg在分割精度和效率上表现出色，适用于神经影像研究和临床分析。
panoptic-toolbox - PanopticStudio多视角动作捕捉数据处理工具箱
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PanopticStudio Toolbox是一款用于处理多视角人体动作捕捉数据的开源工具箱。它提供了下载、提取和可视化Panoptic Studio数据的功能，包括高清视频和3D关键点数据。该工具箱支持Python和Matlab，可实现3D关键点可视化和图像重投影。此外，它还包含KinopticStudio子系统工具和haggling数据集处理功能。
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GithubHuggingfaceUNI图像处理开源项目模型深度学习病理学视觉编码器
UNI是一个基于1亿张病理图像预训练的视觉编码器,为病理学AI诊断提供了强大的基础模型。它在34项临床任务中展现出卓越性能,特别是在罕见和代表性不足的癌症类型诊断上。UNI不使用公开数据集进行预训练,有助于研究人员在避免数据污染的前提下构建和评估病理AI模型。该模型遵循CC-BY-NC-ND 4.0许可证,仅限非商业学术研究使用。
micro-sam - 显微镜图像交互式分割与追踪工具
GithubSegment Anythingnapari应用交互式分割开源项目微观图像分割模型微调
micro-sam是一款专为显微镜图像分析设计的开源工具，基于Segment Anything模型。它支持2D和3D图像的交互式分割以及2D图像序列的追踪。作为napari插件，micro-sam允许用户通过简单点击实现复杂分割任务。该工具还提供模型微调和大规模图像处理功能，为显微镜数据分析提供了高效灵活的解决方案。
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