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HistomicsTK

数字病理图像分析的Python工具包，支持独立和网络集成

HistomicsTKPythonDigital Slide ArchiveHistomicsUIGithub开源项目病理影像分析

HistomicsTK是一个用于数字病理图像分析的Python包，可以独立使用或作为Digital Slide Archive的插件。通过HistomicsUI执行图像分析任务，其功能可通过slicer cli web扩展，允许开发者集成自己的图像分析算法。借助机器学习技术和多分辨率图像，HistomicsTK帮助研究组织学、临床结果及基因数据的关系。适用于路径学家和算法研究者，提供如颜色归一化和细胞核分割等功能，支持Linux、Windows和OSX的安装指南。详细信息请访问官网。

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介绍相关项目
LViT - 结合语言和视觉Transformer的医学图像分割技术
GithubLViTVision Transformer医学图像分割开源项目数据集深度学习
LViT是一种创新的医学图像分割方法，融合了语言信息和视觉Transformer。该技术在QaTa-COV19、MosMedData+和MoNuSeg等多个数据集上展现出优异性能，大幅提升了分割精度。项目包含完整代码实现、数据准备指南、训练评估流程及详细实验结果。除常规任务外，LViT在结肠息肉和食管CT等特定领域分割中也表现出色。
dicoogle - 革新医学影像数据管理的开源PACS归档软件
DicoogleGithubPACS医学影像开源软件开源项目插件系统
Dicoogle是一款开源、跨平台的PACS归档软件，采用灵活的索引和检索机制替代传统中央数据库。它能自动处理医学影像元数据，包括私有DICOM标签，无需重新设计。软件提供强大的插件系统，支持功能扩展，广泛应用于医学影像教学、研究和临床领域。
galaxy - 开源数据分析平台 助力科研工作流程
GalaxyGithubPython开源软件开源项目数据分析生物信息学
Galaxy是一个开源数据分析平台，为科研人员提供用户友好的界面，支持无需编程经验的复杂数据分析。该平台适用于生物信息学、基因组学等领域，集成多种工具和工作流程。Galaxy还提供丰富的社区资源，包括在线帮助、文档和培训材料，便于用户快速上手和充分利用平台功能。
SAT - 突破性医学图像分割模型，支持多模态多区域文本提示
GithubSAT医学图像分割多模态开源项目文本提示通用分割模型
SAT是一个基于72个公共3D医学分割数据集构建的通用医学图像分割模型。它通过文本提示可分割MR、CT、PET三种模态和8个人体区域的497个类别。相比传统专家模型，SAT在效率和性能上都有所提升。项目开源了完整代码、预训练模型和数据集，为医学图像分析和AI研究提供了新的工具和资源。
ComplexHeatmap - R语言复杂热图包 实现多维数据可视化与灵活注释
ComplexHeatmapGithubR语言包开源项目数据分析热图可视化生物信息学
ComplexHeatmap是一个用于创建复杂热图的R软件包，提供灵活的多热图排列和多样化注释功能。该工具可视化不同数据集间的关联并揭示潜在模式，支持单热图、带注释热图、热图列表和行注释等功能。ComplexHeatmap适用于展示基因组数据、甲基化谱和单细胞RNA测序等复杂数据，并能创建增强型OncoPrint、UpSet图和3D热图。其高度定制性使其成为生物信息学和数据科学领域的强大可视化工具。
CellViT - 基于Vision Transformer的细胞核分割与分类模型
CellViTGithubPanNuke数据集Vision Transformer开源项目深度学习细胞分割
CellViT是一种基于Vision Transformer的深度学习方法,用于数字化组织样本中的细胞核自动实例分割。该项目结合了预训练的Vision Transformer编码器和U-Net架构,在PanNuke数据集上取得了领先性能。通过引入加权采样策略,CellViT提高了对复杂细胞实例的识别能力。它能够快速处理千兆像素级全切片图像,并可与QuPath等软件集成,为后续分析提供定位化的深度特征。
cltk - 古典语言自然语言处理工具包
CLTKGithubNLPPython古典语言开源项目自然语言处理
CLTK是一个用于古典语言的Python自然语言处理库，提供近20种古典语言的处理管道和模型。用户可以通过pip安装最新版本，同时提供详细的安装和开发文档，支持从源代码安装。该工具特别适用于处理历史语言的学者，填补了现有NLP框架在这一领域的空白。
MONAILabel - 智能医学影像标注与AI模型训练开源工具
AI模型GithubMONAI Label交互式标注医学影像标注开源工具开源项目
MONAI Label是一个开源的智能医学影像标注和AI模型训练工具，通过服务器-客户端系统实现AI辅助的交互式医学影像标注。支持放射学、病理学和内窥镜视频等多种医学影像类型，集成了分割、检测等先进深度学习模型。兼容3D Slicer、OHIF等主流医学影像查看器，旨在提高研究人员和临床医生创建标注数据集和训练AI模型的效率。
imageio - 多功能Python图像处理库
GithubImageioPython库图像处理多格式支持开源项目跨平台
imageio是一个多功能Python图像处理库，支持读写295多种格式的图像数据，包括动画、视频和科学格式。该库跨平台兼容Python 3.8+，依赖少，易于安装使用。它提供简洁的API接口、标准化元数据处理和高级选项，适用于各种复杂图像处理任务。
deep-learning-colonoscopy - 深度学习在结肠镜息肉检测和分类中的应用进展
Github医学影像开源项目息肉分类息肉检测深度学习结肠镜检查
本项目汇集了深度学习在结肠镜息肉检测和分类领域的前沿研究。内容涵盖息肉检测定位、分类及同步检测分类三大方向,并提供数据集信息、深度学习架构和性能指标等技术细节。这些研究成果有望提升结肠癌筛查的准确度和效率,推动相关临床应用的发展。
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