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UGENE 跨平台开源生物信息学软件工具包

UGENE是一个跨平台的生物信息学软件工具包,提供DNA序列分析、蛋白质结构预测和分子动力学模拟等功能。该项目基于Qt框架开发,支持Windows和*nix系统。UGENE的开源性质使研究人员和开发者能够根据特定需求进行构建和定制。项目要求Qt 5.12.0至5.15.x版本,并支持命令行和图形界面操作。

genome-spy - 基于WebGL的基因组数据可视化工具包 支持多样本分析与交互
GenomeSpyGithubWebGL基因组可视化开源项目数据可视化生物信息学
GenomeSpy是一款基因组数据可视化工具包,采用Vega-Lite风格的语法和WebGL渲染技术。它能处理数千个患者样本,提供分面、过滤、排序和分组功能。此外,GenomeSpy具备交互式界面,支持会话管理、URL哈希和书签,方便研究人员分析复杂的基因组数据。
genie - 创新算法实现蛋白质从头设计 开源项目助力生物技术突破
GenieGithub开源项目氨基酸残基深度学习等变扩散蛋白质设计
Genie是一个开源的人工智能蛋白质设计项目,利用机器学习算法自动生成新型蛋白质结构。它提供完整的代码库,支持模型训练、结构采样和性能评估。研究人员可使用Genie设计长度为50至128个氨基酸的蛋白质,应用于生物技术、医药研发和材料科学等领域。项目集成了多种评估工具,为蛋白质工程提供了创新解决方案,为研究人员带来新的可能性。
DnaFeaturesViewer - 功能强大的DNA序列特征可视化Python库
DNA Features ViewerGithubPython库可视化工具基因组开源项目生物信息学
DnaFeaturesViewer是一款功能强大的DNA序列特征可视化Python库。它能自动生成清晰简洁的图表,即使是复杂的重叠特征和长标签序列也能完美展示。该库兼容Matplotlib和Biopython,支持多种图像输出格式。DnaFeaturesViewer可从GenBank或GFF文件读取特征,绘制核苷酸序列和氨基酸翻译,并支持多行多页绘图。它为DNA序列分析和生物学研究提供了直观高效的可视化工具。
galaxy - 开源数据分析平台 助力科研工作流程
GalaxyGithubPython开源软件开源项目数据分析生物信息学
Galaxy是一个开源数据分析平台,为科研人员提供用户友好的界面,支持无需编程经验的复杂数据分析。该平台适用于生物信息学、基因组学等领域,集成多种工具和工作流程。Galaxy还提供丰富的社区资源,包括在线帮助、文档和培训材料,便于用户快速上手和充分利用平台功能。
CTK - 多功能医学影像分析与手术导航开源工具包
CTKDICOMGithubQt小部件医学影像分析开源项目插件框架
Common Toolkit (CTK)是一个社区驱动的开源项目,专注于医学影像分析和手术导航领域。它提供DICOM处理、应用程序托管、Qt小部件、插件框架和命令行接口等功能。CTK支持Qt5和Python3,并采用自动化依赖管理简化开发流程。该项目使用Apache 2.0许可证,可自由用于学术研究和商业应用。
nodegui - Node.js和Qt6驱动的高性能跨平台桌面应用框架
GithubNode.jsNodeGuiQt6开源项目桌面应用开发跨平台
NodeGui结合Node.js和Qt6优势,为开发者提供高效的跨平台桌面应用框架。它资源占用低,支持CSS styling和Node.js API,性能优于Electron等方案。适用于Linux、Windows和macOS系统的商业应用开发,并提供React等多个版本选择。
QuEST - 多平台高性能量子计算模拟工具包
GithubQuEST开源软件开源项目量子电路量子计算模拟高性能计算
QuEST是一款开源的高性能量子计算模拟工具包。它支持多线程、GPU加速和分布式计算,可在多种硬件平台上运行。QuEST提供了丰富的功能,包括密度矩阵、通用幺正操作、退相干通道和厄米算符模拟等。该工具包易于使用,无需安装,兼容多种编译器,为量子计算研究提供了强大的模拟能力。
ugrep - 高效全能的开源文件搜索工具
Githubugrep命令行工具开源软件开源项目文本搜索正则表达式
ugrep是一款开源的高性能文件搜索工具,支持Unicode和多行匹配。它能搜索压缩文件和PDF等文档,提供交互式TUI界面和类Google的布尔查询。ugrep完全兼容GNU grep,并增加了模糊搜索、二进制文件搜索等新功能。其高效的DFA正则表达式引擎保证了快速的搜索速度。ugrep支持JSON、XML等多种输出格式,是一个功能全面的现代grep替代工具。
Guitar - 跨平台开源Git可视化工具
C++Git GUI客户端GithubGuitar开源软件开源项目跨平台
Guitar是一款开源的Git可视化工具,支持提交图表显示、文件差异对比等核心功能。它兼容Windows、macOS和Linux等多个平台,提供直观的操作界面,简化Git使用流程。Guitar采用C++编写,基于Qt 5框架开发,支持深色主题。作为GPL v2许可的自由软件,Guitar可用于个人和商业项目,为开发者提供Git仓库管理支持。
mag - 宏基因组数据分析的综合生物信息学流程
Githubnf-core/mag分箱宏基因组开源项目注释组装
nf-core/mag是一个用于宏基因组分析的综合生物信息学流程。该流程支持短读和长读数据,涵盖从质量控制到功能注释的完整分析过程。其模块化设计允许灵活配置多种工具,适应不同类型的宏基因组研究需求。流程还集成了质量评估和可视化报告功能,便于研究人员评估分析结果。nf-core/mag流程整合了多种先进工具,实现宏基因组数据的高效处理。它能够执行reads分类、基因组组装、基因预测、分箱和分类等关键步骤。流程的设计考虑了不同研究需求,支持古DNA分析等特殊应用。通过提供标准化的分析流程,nf-core/mag有助于提高宏基因组研究的可重复性和可比性。
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