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UGENE 跨平台开源生物信息学软件工具包

UGENE是一个跨平台的生物信息学软件工具包,提供DNA序列分析、蛋白质结构预测和分子动力学模拟等功能。该项目基于Qt框架开发,支持Windows和*nix系统。UGENE的开源性质使研究人员和开发者能够根据特定需求进行构建和定制。项目要求Qt 5.12.0至5.15.x版本,并支持命令行和图形界面操作。

evo - 实现跨尺度DNA序列建模与设计的开源工具
DNA建模EvoGithub基因组尺度序列设计开源项目生物基础模型
Evo是一个开源的生物基础模型,专注于DNA序列的长上下文建模和设计。基于StripedHyena架构,Evo实现了单核苷酸级别的序列建模,具有近乎线性的计算和内存扩展性。该模型拥有70亿参数,在OpenGenome数据集上训练,包含约3000亿个原核全基因组标记。Evo提供8K和131K上下文长度的预训练模型,适用于从分子到基因组尺度的序列分析和生成任务。研究人员可通过HuggingFace和Together API等多种方式使用Evo,为DNA序列研究提供了强大而灵活的工具。
qalculate-qt - 跨平台科学计算器 功能丰富易用
GithubQalculate!函数库单位换算开源项目数学计算计算器
Qalculate! Qt UI是一款跨平台桌面计算器,集成了自定义函数、单位换算、符号计算和任意精度运算等功能。它支持矩阵运算,提供RPN模式,可进行复杂数学计算,也能满足货币转换等日常需求。界面直观,适合学生、工程师和科研人员使用。
vsearch - 开源高性能生物序列分析软件
GithubVSEARCH去冗余序列比对开源项目生物信息学聚类分析
VSEARCH是一款开源的生物序列分析软件,支持去冗余、聚类和嵌合体检测等功能。它利用SIMD矢量化和多线程并行技术,可处理大型数据库。VSEARCH采用全局最优比对算法,精度高于USEARCH。软件支持多种CPU架构和操作系统,可读取压缩文件,是USEARCH的免费开源替代方案。此外,VSEARCH还支持全长和前缀去冗余、重复、反向互补、掩蔽、全局比对搜索等功能。可用于FASTQ文件分析、过滤、转换和合并配对末端读取。
biocypher - 生命科学知识图谱构建和管理工具
BioCypherGithub开源软件开源项目数据集成生物信息学知识图谱
BioCypher是一款专为生命科学领域设计的知识图谱工具,旨在简化创建和维护过程。它提供了灵活的数据存储、集成和推理功能,支持复杂数据的探索和分析。BioCypher可应用于人工智能研究,并具有用户友好的界面。该工具提供全面的文档和教程,帮助研究人员轻松构建和管理知识图谱。作为开源项目,BioCypher不断发展,为生物医学研究提供有力支持。
containers - 生物信息学软件容器化解决方案
BioContainersDockerGithub容器技术开源项目生物信息学
BioContainers是一个开源项目,为生物信息学软件提供容器化解决方案。该项目建立了容器规范和镜像库,简化了生物信息学工具的构建、部署和使用过程。除了提供现成容器,BioContainers还制定了容器创建指南,并搭建了完整的开发和测试基础设施。这一生态系统旨在提升组学分析的可重复性和易用性,尤其适用于蛋白质组学、基因组学等领域。
Slicer - 跨平台医学影像分析与可视化软件
3D SlicerGithub可视化图像分析开源软件开源项目跨平台
3D Slicer是一款开源的医学影像可视化和分析软件。它兼容Windows、Linux和macOS,提供3D影像处理工具,适用于研究人员和医疗专业人士。该项目具有活跃的社区支持,定期更新,并提供详细文档和教程。3D Slicer为医学影像研究和应用提供了强大的跨平台解决方案。
qcad - 跨平台开源2D CAD软件 支持插件和脚本扩展
2D CADGithubQCADQt开源软件开源项目跨平台
QCAD是一款开源2D CAD软件,兼容Windows、macOS和Linux系统。采用C++开发,基于Qt工具包,支持C++插件和ECMAScript/JavaScript脚本扩展。自1999年首次发布,现已发展至QCAD 3版本,采用GPLv3许可。软件提供2D绘图、编辑和测量工具,适用于建筑、机械等领域的CAD设计需求。
caduceus - 双向等变长程DNA序列建模的创新方法
CaduceusDNA建模Github双向等变基因组基准开源项目预训练模型
Caduceus是一种双向等变长程DNA序列建模技术,可处理长达131k的DNA序列。其反向互补等变架构无需数据增强即可高效建模。项目提供预训练模型和实验复现指南,包括人类基因组预训练和多项下游任务评估,展示了在基因组学领域的应用潜力。该项目开源了模型代码和预训练权重,提供了详细的使用说明和实验复现步骤,涵盖了基因组基准测试、核苷酸转换器数据集和单核苷酸多态性变异效应预测等多个评估方法。
pyqtgraph - 基于PyQt的科学计算可视化库 支持2D/3D绘图与数据分析
GithubPyQtGraphPython图形库Qt框架开源项目数据可视化科学计算
PyQtGraph是一个纯Python开发的图形库,为科学和工程应用提供高性能数据可视化。基于PyQt/PySide和NumPy,它支持快速2D/3D绘图、图像处理等功能。兼容Python 3.10+和Qt5/6,可通过多个第三方库扩展功能。PyQtGraph以其简单易用和高效性能,适用于各类科学计算和数据分析项目。
ungit - 跨平台Git可视化工具 简化版本控制操作
GitGithubungit开源项目版本控制用户界面
ungit是一款跨平台的Git图形界面工具,为开发者提供直观的操作界面,简化版本控制流程。该工具可在任何支持Node.js和Git的环境中运行,包括云服务器和命令行系统。ungit具有GitHub集成功能,并可通过插件支持Gerrit。它在保留Git强大功能的同时,降低了学习难度,提高了代码管理和版本控制效率。
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