重要提示:此代码库已归档,即为只读状态,不会进行further更改。所有后续开发将在REINVENT 4上进行。
REINVENT 3.2
安装
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安装 Conda
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克隆此Git代码库
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打开命令行,进入代码库目录并创建Conda环境:
$ conda env create -f reinvent.yml
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激活环境:
$ conda activate reinvent.v3.2
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使用工具。
系统要求
- Python 3.7
- 支持CUDA的GPU
REINVENT
已在Linux上测试通过
教程 / jupyter
笔记本
还有一个包含与 REINVENT
相关的有用 jupyter
笔记本的代码库,名为 ReinventCommunity。请注意,它使用不同的 conda
环境执行,因此您需要设置一个单独的环境。
使用方法
具体示例可以查看ReinventCommunity代码库中的Jupyter笔记本示例。运行每个示例将生成一个模板文件。有许多运行模式的模板。激活环境后,可以通过 python input.py some_running_mode.json
执行每种运行模式。
可以在使用前手动编辑模板。标准运行只需修改文件和文件夹路径。大多数运行模式会生成可以通过 tensorboard
监控的日志。
测试
REINVENT项目使用 unittest
框架进行测试;在运行测试之前,您首先需要创建一个测试将使用的配置。在项目目录中,在 configs/
目录下创建一个 config.json
文件;您可以使用示例配置(example.config.json
)作为基础。最简单的方法是复制 example.config.json
并将其命名为 config.json
。此时,可以执行 REINVENT
。如果您想进一步运行单元测试,需要在 'config.json' 文件中指定相关路径,例如,如果测试强化学习,相应的单元测试将需要一个先验模型:在"PRIOR_PATH"字段中指定先验模型的路径。
重要提示:确保将 MAIN_TEST_PATH
设置为不存在的目录;测试期间临时文件将写入该目录;如果设置为现有目录,测试完成后该目录将被删除。
某些测试需要专有的OpenEye许可证;您需要设置一些内容以使测试读取您的许可证。简单的方法是将 OE_LICENSE
环境变量设置为包含许可证的文件路径。如果您只想在 reinvent_scoring
Conda环境中设置许可证,稍微复杂一些,但只需执行一次。
(reinvent-scoring) $ cd $CONDA_PREFIX
$ mkdir -p etc/conda/activate.d
$ mkdir -p etc/conda/deactivate.d
在 etc/conda/activate.d/env_vars.sh
中添加以下内容。
#!/bin/sh
export OE_LICENSE='</path/to/your/oe_license/file>'
在 etc/conda/deactivate.d/env_vars.sh
中添加以下内容。
#!/bin/sh
unset OE_LICENSE
创建文件后,停用并重新激活环境,然后 echo $OE_LICENSE
应输出许可证文件的路径。
一旦您有了配置并且可以读取您的许可证,就可以运行测试了。
$ python main_test.py