FragPipe

综合性质谱蛋白质组学数据分析平台

FragPipe 质谱蛋白质组学 MSFragger 数据分析 Github 开源项目

FragPipe是一个综合性质谱蛋白质组学数据分析平台。该平台集成MSFragger搜索引擎和Philosopher工具包等多个模块,支持传统和开放搜索、翻译后修饰分析、定量分析等功能。FragPipe提供图形界面和命令行操作,可在Windows、Linux或云端环境运行。平台支持DDA和DIA数据分析,包括标记和非标记定量方法,为蛋白质组学研究提供全面解决方案。

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介绍相关项目

chroma - 用于蛋白质设计的可编程生成模型

ChromaGithub开源项目扩散模型条件控制生成模型蛋白质设计

Chroma是一个创新的蛋白质设计生成模型,结合了扩散建模、等变图神经网络和条件随机场技术。它提供多种蛋白质条件器,用于控制子结构、对称性和形状等,并支持自定义条件器开发。Chroma可高效采样全原子结构,实现骨架序列生成、侧链打包等蛋白质建模任务。在普通GPU上,Chroma能快速生成大型蛋白质复合物,为蛋白质设计领域带来新的可能性。

Cradle - 机器学习助力蛋白质序列设计与优化

AI工具Cradle序列优化机器学习生物技术蛋白质工程

Cradle是一个专业的蛋白质工程平台,通过机器学习技术帮助生物技术团队设计和优化蛋白质序列。平台支持一键生成针对特定目标的蛋白质变体,可同时优化稳定性、活性等多种性质,提高蛋白质工程效率。Cradle采用私有化部署,保障数据安全和知识产权。目前已被多家领先生物技术公司采用,有效缩短蛋白质开发周期,加快新产品上市进程。

MAPE-PPI - 基于微环境感知的蛋白质相互作用预测新方法

GithubMAPE-PPI开源项目微环境感知深度学习蛋白质嵌入蛋白质相互作用预测

MAPE-PPI项目开发了一种基于微环境感知蛋白质嵌入的方法，用于预测蛋白质-蛋白质相互作用。该方法在多个数据集上进行了测试，显示出良好的性能。项目提供预训练模型和使用指南，涵盖环境设置、数据处理和模型训练等内容，便于研究人员复现和拓展。这一新方法为蛋白质相互作用预测研究提供了创新思路。

biocypher - 生命科学知识图谱构建和管理工具

BioCypherGithub开源软件开源项目数据集成生物信息学知识图谱

BioCypher是一款专为生命科学领域设计的知识图谱工具，旨在简化创建和维护过程。它提供了灵活的数据存储、集成和推理功能，支持复杂数据的探索和分析。BioCypher可应用于人工智能研究，并具有用户友好的界面。该工具提供全面的文档和教程，帮助研究人员轻松构建和管理知识图谱。作为开源项目，BioCypher不断发展，为生物医学研究提供有力支持。

Fast Data Analysis - 智能数据分析与可视化平台

AI助手AI工具协作可视化数据分析数据清理

Fast Data Analysis是一款革新性的AI驱动数据处理方案。通过GPT等先进机器学习技术，用户可在浏览器中通过自然语言对话轻松完成数据清理、分析和可视化，无需编程知识。平台支持线性回归、决策树等高级统计分析，并配备直观的数据编辑界面。具备多人协作功能，兼容多种数据格式，同时严格保障数据隐私。Fast Data Analysis致力于加速数据洞察获取，显著提升分析效率，适合各类数据处理需求，是数据分析领域的智能革命者。

PubCompare - 实验协议智能搜索与分析系统

AI工具PubCompare实验协议文献比较研究方法科研工具

PubCompare整合了超过4000万个实验协议的数据库和搜索功能。通过人工智能技术，该平台能快速对比和评估协议的相关性及引用情况。系统提供智能注释、关键步骤分析和可重复性评估等功能，有助于降低实验失败率，提升研究效率。PubCompare为研究人员提供丰富的协议资源和分析工具，支持制定更为可靠的实验方案。

alphaflow - 蛋白质构象集生成的流匹配模型

AlphaFlowAlphaFoldGithub分子动力学开源项目生成建模蛋白质构象集

AlphaFlow是基于AlphaFold的改进版本，通过流匹配目标微调，专门生成蛋白质构象集合。它模拟实验和分子动力学集合，提供完整代码、说明和模型权重。项目还包括ESMFold的微调版本ESMFlow。这些工具有助于研究蛋白质结构多样性和动态特性，为蛋白质科学研究提供新的方法和视角。

foldcomp - 高效压缩和索引大规模蛋白质结构数据集的开源工具

FoldcompGithub开源项目数据存储氨基酸编码生物信息学蛋白质结构压缩

Foldcomp是一个开源的蛋白质结构压缩和索引工具。通过编码主链和侧链的扭转角，它将每个氨基酸残基压缩至13字节，大幅降低存储需求。Foldcomp支持单链PDB文件压缩，提供命令行和Python API接口，可进行压缩、解压缩、序列提取等操作。此外，Foldcomp还提供了多个预构建的大规模蛋白质结构数据库，如AlphaFoldDB和ESMAtlas，便于研究人员使用。

ByProt - 先进的蛋白质序列设计工具包

AI建模ByProtGithub反向折叠开源项目机器学习蛋白质设计

ByProt是一个专注于蛋白质研究中生成学习的多功能工具包。它主要用于基于结构的序列设计，提供高效的非自回归ProteinMPNN变体和LM-Design的官方实现。LM-Design作为ICML 2023口头报告的成果，是当前最先进的蛋白质序列设计模型。该工具包支持CATH和多链数据集的训练与评估，为研究人员提供灵活的蛋白质设计方案。

screen-pipe - 全天候屏幕和音频捕捉，支持个性化AI开发

AGI HouseGithubOllamaRewind.aiRustScreenpipe开源项目

Screenpipe提供全天候屏幕和音频捕捉，支持Ollama，开放且安全，用户完全掌控数据。该项目采用Rust开发，兼容MacOS、Windows和Linux，提供CLI和桌面应用。支持多种语音识别和OCR引擎，为开发者提供强大的工具和API接口。适用于搜索、自动化、分析和个人助手等应用场景，旨在简化开发者工作流程，提高效率。

相关项目

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豆包MarsCode

豆包 MarsCode 是一款革命性的编程助手，通过AI技术提供代码补全、单测生成、代码解释和智能问答等功能，支持100+编程语言，与主流编辑器无缝集成，显著提升开发效率和代码质量。

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AI写歌

Suno AI是一个革命性的AI音乐创作平台，能在短短30秒内帮助用户创作出一首完整的歌曲。无论是寻找创作灵感还是需要快速制作音乐，Suno AI都是音乐爱好者和专业人士的理想选择。

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有言AI

有言平台提供一站式AIGC视频创作解决方案，通过智能技术简化视频制作流程。无论是企业宣传还是个人分享，有言都能帮助用户快速、轻松地制作出专业级别的视频内容。

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Kimi AI助手提供多语言对话支持，能够阅读和理解用户上传的文件内容，解析网页信息，并结合搜索结果为用户提供详尽的答案。无论是日常咨询还是专业问题，Kimi都能以友好、专业的方式提供帮助。

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阿里绘蛙

绘蛙是阿里巴巴集团推出的革命性AI电商营销平台。利用尖端人工智能技术，为商家提供一键生成商品图和营销文案的服务，显著提升内容创作效率和营销效果。适用于淘宝、天猫等电商平台，让商品第一时间被种草。

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