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FragPipe

综合性质谱蛋白质组学数据分析平台

FragPipe质谱蛋白质组学MSFragger数据分析Github开源项目

FragPipe是一个综合性质谱蛋白质组学数据分析平台。该平台集成MSFragger搜索引擎和Philosopher工具包等多个模块,支持传统和开放搜索、翻译后修饰分析、定量分析等功能。FragPipe提供图形界面和命令行操作,可在Windows、Linux或云端环境运行。平台支持DDA和DIA数据分析,包括标记和非标记定量方法,为蛋白质组学研究提供全面解决方案。

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介绍相关项目
fast-graphrag - 快速图形化检索框架，支持高精度数据处理与实时更新
Fast GraphRAGGithub开源软件开源项目智能探索知识图谱高效检索
Fast GraphRAG 是一款高效的图形化检索框架，专为高精度、易解释的工作流设计，支持实时更新和智能探索。具备低成本、高效能，通过自动生成和优化图表适应各种领域需求。框架为完全异步，确保工作流的稳定性和可预测性，同时提供详细的快速入门指南和社区支持，无论开源使用还是托管服务，均可无缝集成到检索管道中。
plinder - 综合蛋白质-配体相互作用数据集与评估平台
GithubPLINDER分子对接开源项目机器学习结构生物学蛋白质-配体相互作用
PLINDER是一个面向蛋白质-配体对接算法的综合数据集和评估资源。该数据集包含40多万个蛋白质-配体相互作用系统,涵盖11,000多个SCOP结构域和50,000多种小分子。每个系统配有500多项详细注释,涉及蛋白质和配体特性、结构质量等多个方面。此外,PLINDER提供14种相互作用评估指标、200多亿个相似性得分,以及与结合态(holo)系统对应的未结合态(apo)和AlphaFold2预测结构。该平台还包含训练-验证-测试数据集划分功能和标准化评估工具,有助于简化模型性能比较流程。
quackpipe - 无服务器OLAP API实现DuckDB与ClickHouse HTTP接口兼容
APIClickHouseDuckDBGithubOLAP云存储开源项目
QuackPipe是基于DuckDB构建的无服务器OLAP API，模拟并兼容ClickHouse的HTTP API。用户可通过熟悉的接口使用DuckDB SQL和云存储，保持现有习惯和集成。该项目支持云存储操作、文件模式、STDIN快速查询和ClickHouse可执行UDF等功能。QuackPipe还提供简洁的在线playground，方便用户尝试示例查询。
foldseek - 高效精准的大规模蛋白质结构比对工具
FoldseekGithub开源项目结构搜索结构聚类蛋白质复合物蛋白质结构比对
Foldseek是一款用于大规模蛋白质结构集比对的开源工具。它能快速、敏感地比较海量蛋白质结构,支持对AlphaFoldDB和PDB等数据库进行搜索。Foldseek提供命令行界面和网页服务器,可进行结构搜索、聚类和多聚体比对。采用创新的3Di+AA结构对齐算法,在保证准确性的同时显著提升速度。Foldseek为结构生物学研究提供高效可靠的计算支持,助力蛋白质结构分析。
SciPhi Cloud - 综合RAG开发平台助力AI应用快速部署和优化
AI工具AI应用RAGSciPhi Cloud向量搜索文档管理
SciPhi Cloud是一个专注于检索增强生成(RAG)应用的综合开发平台。平台集成了用户认证、文档管理、混合向量搜索等功能，支持多种文件格式快速导入，并应用最新RAG技术。内置分析工具助力开发者持续优化系统性能。SciPhi Cloud提供直观的界面和强大的API，可轻松集成各种LLM提供商，加速RAG应用的开发和部署过程，为AI创新提供全方位支持。
matchms - 开源Python包用于处理和比较质谱数据
GithubPython库matchms开源项目数据处理谱图相似度质谱分析
matchms是一个多功能的开源Python包,用于处理质谱(MS/MS)数据。它支持导入多种常见格式的质谱数据,提供数据清洗和验证工具,以及基本的峰过滤功能。matchms的核心特性是能够使用各种相似性度量方法比较大量光谱,包括余弦相关得分和基于分子指纹的比较。它具有良好的可扩展性,允许集成自定义相似性度量方法,是一个全面的质谱数据分析工具。
pipedream - 高效开发者集成平台助力应用连接与工作流自动化
API集成GithubPipedream工作流开源项目自动化集成平台
Pipedream是一个为开发者打造的集成平台，提供免费托管服务以连接应用并开发事件驱动的自动化。该平台集成了1000多个预构建应用，支持多种编程语言，包括Node.js、Python、Golang和Bash。Pipedream的核心功能包括工作流、事件源、操作和自定义代码，使开发者能够快速构建复杂的自动化流程。作为一个低代码平台，Pipedream既强大又灵活，同时具备SOC 2合规性，适合各类开发需求。
awesome-pipeline - 数据流水线工具集合 简化复杂工作流程
Github工作流开源项目数据处理框架管道自动化
Awesome Pipeline收录了多种数据流水线工具,包括框架、库和平台。这些工具可帮助构建和优化各类数据处理流程,从简单的线性工作流到分布式计算均有涉及。该项目为不同规模的数据处理需求提供了丰富的开源解决方案。
PyFR - 开源Python流体动力学框架 适用多种硬件平台
GithubPyFRPython框架开源软件开源项目数值计算流体动力学
PyFR是基于Python的开源流体动力学框架，主要解决对流-扩散问题。它使用Huynh通量重构方法，支持混合非结构网格上的多种控制系统求解。借助内置领域特定语言，PyFR能针对不同硬件平台优化性能。该项目欢迎社区贡献，并为用户提供全面的文档和测试案例。PyFR适用于需要进行高性能流体动力学模拟的科研和工程领域。
foldingdiff - Protein生成和优化的扩散模型工具
CATH数据集GithubPyTorch Lightningfoldingdiff开源项目扩散模型蛋白质生成
使用扩散模型生成新的蛋白骨架结构。提供详细的安装、数据下载和模型训练指南，支持预训练模型的加载和采样。评估生成骨架的设计性能和结构一致性，适合具备Python和PyTorch基础的研发人员使用，通过浏览器便捷地生成蛋白质结构。
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