molfeat - 多功能分子特征提取框架

molfeat - 您的分子特征化工具集

文档 | 主页

Molfeat是一个分子特征化工具集。它支持多种开箱即用的分子特征化器，并且可以轻松扩展以包含您自定义的特征化器。

🚀 快速，具有简单高效的API。
🔄 在单个包中统一预训练的分子嵌入和手工制作的特征化器。
➕ 通过插件轻松添加您自己的特征化器。
📈 通过简单的缓存系统提高性能。

访问我们的网站：https://molfeat.datamol.io。

安装

安装Molfeat

使用mamba：

mamba install -c conda-forge molfeat

提示： 您可以用conda替换mamba。

注意： 我们强烈建议使用Conda Python发行版来安装Molfeat。如果需要，该软件包也可以通过pip安装：pip install molfeat。

可选依赖

默认情况下，Molfeat核心包中并非所有特征化器都受支持。某些特征化器需要额外的依赖项。如果您尝试使用需要额外依赖项的特征化器，Molfeat将引发错误并告诉您缺少哪些依赖项以及如何安装它们。

安装dgl：运行mamba install -c dglteam "dgl<=2.0" # "dgl>2.0.0"存在一些与graphbolt相关的问题
安装dgllife：运行mamba install -c conda-forge dgllife
安装fcd_torch：运行mamba install -c conda-forge fcd_torch
安装pyg：运行mamba install -c conda-forge pytorch_geometric
安装graphormer-pretrained：运行mamba install -c conda-forge graphormer-pretrained
安装map4：参见https://github.com/reymond-group/map4
安装bio-embeddings：运行mamba install -c conda-forge 'bio-embeddings >=0.2.2'

如果您使用pip安装Molfeat，可以随主包一起安装可选依赖项。例如，pip install "molfeat[all]"允许安装小分子特征化所需的所有兼容可选依赖项。还有其他选项，如molfeat[dgl]、molfeat[graphormer]、molfeat[transformer]、molfeat[viz]和molfeat[fcd]。有关更多信息，请参阅optional-dependencies。

安装插件

Molfeat的功能可以通过插件扩展。使用插件系统确保核心包保持易于安装且尽可能轻量，同时使其功能易于通过即插即用组件扩展。此外，它确保插件可以独立于核心包开发，消除了中央方审查和批准新插件的瓶颈。有关如何创建自己的插件的更多详细信息，请查阅molfeat文档。

然而，这确实意味着插件的安装取决于具体插件：请查阅相关文档以了解更多信息。

API 概览

import datamol as dm
from molfeat.calc import FPCalculator
from molfeat.trans import MoleculeTransformer
from molfeat.store.modelstore import ModelStore

# 加载一些示例数据
data = dm.data.freesolv().sample(100).smiles.values

# 特征化单个分子
calc = FPCalculator("ecfp")
calc(data[0])

# 定义并行特征化管道
mol_transf = MoleculeTransformer(calc, n_jobs=-1)
mol_transf(data)

# 轻松保存和加载特征化器
mol_transf.to_state_yaml_file("state_dict.yml")
mol_transf = MoleculeTransformer.from_state_yaml_file("state_dict.yml")
mol_transf(data)

# 列出所有可用的特征化器
store = ModelStore()
store.available_models

# 查找特征化器并了解如何使用它
model_card = store.search(name="ChemBERTa-77M-MLM")[0]
model_card.usage()