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ASE_ANI

神经网络势能模型为原子模拟提供高效准确预测

ASE-ANI是一个开源的神经网络势能模型接口,为原子模拟环境(ASE)设计。它集成了ANI-1x和ANI-1ccx模型,可对CHNO元素进行高精度预测。该项目运用深度学习技术,实现了DFT级别的精度和显著降低的计算成本。ASE-ANI支持CUDA加速,适用于配备NVIDIA GPU的Ubuntu系统,为分子动力学模拟等应用提供高效解决方案。

rf_diffusion_all_atom - 全原子精度蛋白质结构生成工具
GithubRFDiffusion AA分子对接开源项目机器学习结构生物学蛋白质设计
rf_diffusion_all_atom是一个基于AI的蛋白质结构生成工具,实现全原子精度的模型设计。该工具支持小分子结合蛋白和包含特定基序的蛋白质设计,提供简单的安装步骤和使用指南。rf_diffusion_all_atom能够生成自定义蛋白质结构,适用于药物发现和蛋白质工程等研究领域。
DMFF - 革新分子模拟和力场参数化的全可微分子力场
DMFFGithub分子力场参数优化开源项目机器学习自动微分
DMFF是一个基于Jax的Python包,实现全可微分子力场模型。它简化力场参数化,支持点电荷和多极化模型,适用于水、生物大分子和有机聚合物系统。DMFF集成自动微分技术和AI优化,支持GPU加速,为分子系统研究和力场开发提供高效工具。
genie - 创新算法实现蛋白质从头设计 开源项目助力生物技术突破
GenieGithub开源项目氨基酸残基深度学习等变扩散蛋白质设计
Genie是一个开源的人工智能蛋白质设计项目,利用机器学习算法自动生成新型蛋白质结构。它提供完整的代码库,支持模型训练、结构采样和性能评估。研究人员可使用Genie设计长度为50至128个氨基酸的蛋白质,应用于生物技术、医药研发和材料科学等领域。项目集成了多种评估工具,为蛋白质工程提供了创新解决方案,为研究人员带来新的可能性。
pyani - 基于平均核苷酸同一性的微生物基因组分类工具
Githubpyani分类学平均核苷酸相似度开源项目微生物基因组生物信息学
pyani是一个开源的Python工具,用于微生物全基因组分类。该工具基于平均核苷酸同一性(ANI)分析,支持多种ANI计算方法,具有并行处理能力,并提供可视化选项。pyani可应用于微生物基因组学研究和食品安全诊断等领域,为研究人员提供准确分类和比较微生物基因组的支持。
alien - 基于CUDA的人工生命模拟工具
ALIENCUDAGithub人工生命开源项目神经网络粒子引擎
ALIEN是一款基于CUDA的2D粒子引擎人工生命模拟工具,支持软体和流体模拟。该工具通过神经网络控制传感器、肌肉等高级功能,模拟数字生物在共同环境中的运作。ALIEN优化了大规模实时模拟能力,可处理数百万粒子,并提供用户友好的界面和高质量渲染效果。这个项目为研究生物系统复杂性增长提供了独特平台,适合研究人员和对人工生命感兴趣的人士使用。
efficient-kan - Kolmogorov-Arnold网络的高效实现方案
GithubKANKolmogorov-Arnold Network优化实现开源项目神经网络稀疏化
efficient-kan是一个开源项目,为Kolmogorov-Arnold神经网络(KAN)提供高效实现。项目重构了计算方法,大幅降低内存消耗并提升计算效率。通过采用权重L1正则化和可选的独立比例B样条功能,项目在保持兼容性的同时优化了性能。最新更新改进了参数初始化,在MNIST数据集上显著提升了模型表现。
awesome-AI-based-protein-design - AI蛋白质设计研究前沿资源汇总
Github人工智能开源项目深度学习生成模型结构预测蛋白质设计
本资源库汇集了AI驱动蛋白质设计领域的前沿研究成果,包括来自Nature、Science等顶级期刊的重要论文。内容涵盖概述、方法论和应用等多个方面,按类别进行组织。资源库持续更新,跟踪该领域最新进展,为研究人员提供参考。探索AI在蛋白质设计中的创新应用,关注这一不断发展的交叉学科领域。
Adan - 快速优化深度学习模型的新方法
AdanGithubPyTorch优化器开源项目梯度下降深度学习
Adan是一种新型优化算法,结合适应性学习率和Nesterov动量,旨在加速深度学习模型训练。它在计算机视觉、自然语言处理和大规模语言模型等多个领域表现优异。相比Adam和AdamW,Adan通常能使用更大的学习率,训练速度提升5-10倍,同时保持或提高模型精度。目前,Adan已被NVIDIA NeMo、Meta AI D-Adaptation等多个知名深度学习框架和项目采用。
nanotron - 高效的大规模模型预训练库
GithubNanotronTransformer并行计算开源项目模型预训练深度学习
Nanotron是一个开源的Transformer模型预训练库。它提供灵活API,支持自定义数据集预训练。该库特点包括高性能、可扩展性强,支持3D并行、专家并行、AFAB和1F1B调度策略、ZeRO-1优化器等先进技术。Nanotron适用于大规模模型训练,旨在提高预训练效率。
NeMo - 人工智能训练和部署平台
GithubNVIDIA NeMo多模态模型大语言模型开源项目热门生成式AI语音识别
NeMo框架是NVIDIA开发的一款云原生生成式AI框架,专为研究人员和使用PyTorch的开发者设计,支持大型语言模型、多模态模型、自动语音识别等多个领域。该框架能够利用现有代码和预训练的模型检查点,帮助用户高效创建和定制新的生成式AI模型。通过广泛的教程和文档,用户可以轻松开始使用NeMo框架,无论是在任何云端还是本地环境中。
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