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torchani

基于PyTorch的神经网络势能模型库 实现高精度分子动力学模拟

TorchANI是一个开源的PyTorch实现的ANI神经网络势能模型库。该项目提供高精度分子动力学模拟功能,支持ANI2x、ANI1x和ANI1ccx等多种模型参数。TorchANI具备易用API和GPU加速能力,可通过pip或conda安装。作为活跃维护的开源项目,TorchANI欢迎社区贡献。

<img src=https://raw.githubusercontent.com/aiqm/torchani/master/logo1.png width=180/> 基于PyTorch的精确神经网络势能

指标:

PyPI PyPI - 下载量

检查:

CodeFactor 总警告数 操作状态 操作状态 操作状态 操作状态 操作状态 操作状态 操作状态 操作状态

部署: Actions 状态 Actions 状态

我们仅提供与 PyTorch 每日构建版本的兼容性,但您可以通过查看以下徽章来检查是否支持稳定版 PyTorch:

Actions 状态

TorchANI 是 ANI 的 PyTorch 实现。它目前处于 alpha 发布阶段,这意味着 API 尚不稳定。如果您发现 TorchANI 的错误,或有一些功能请求,欢迎在 GitHub 上提出问题,或向我们发送拉取请求。

<img src=https://raw.githubusercontent.com/aiqm/torchani/master/logo2.png width=500/>

安装

TorchANI 需要最新预览版的 PyTorch。请在安装 TorchANI 之前安装 PyTorch。

有关安装最新预览版 PyTorch 的说明,请参见 PyTorch 官方网站

请注意,如果您更新了 TorchANI,可能还需要更新 PyTorch。

安装正确的 PyTorch 后,您可以通过 pipconda 安装 TorchANI:

pip install torchani

conda install -c conda-forge torchani

有关 conda 包的更多信息,请参见 https://github.com/conda-forge/torchani-feedstock。

要运行测试和示例,您必须手动下载数据包

./download.sh

CUAEV(可选) 要安装 AEV CUDA 扩展(加速 AEV 前向和后向传播),请按照 torchani/cuaev 的说明进行操作。

引用

如果您使用 TorchANI,请引用以下论文

  • Xiang Gao, Farhad Ramezanghorbani, Olexandr Isayev, Justin S. Smith, 和 Adrian E. Roitberg。TorchANI:基于 PyTorch 的 ANI 神经网络势能的免费开源深度学习实现。Journal of Chemical Information and Modeling 2020 60 (7), 3408-3415,引用 DOI JCIM 封面

  • 请参考 isayev/ASE_ANI 获取 ANI 模型参考。

ANI 模型参数

所有 ANI 模型参数(包括 ANI2x、ANI1x 和 ANI1ccx)可从以下仓库获取:

开发

从 GitHub 安装 TorchANI:

git clone https://github.com/aiqm/torchani.git
cd torchani
pip install -e .

安装 TorchANI 后,可以通过运行 sphinx-build docs build 来构建文档。但请确保先安装依赖:

pip install -r docs_requirements.txt

要手动运行单元测试,请执行:

pytest -v

如果您提交了拉取请求,在 docs 检查成功后,可以在 https://aiqm.github.io/torchani-test-docs/ 查看生成的文档。 请注意,该仓库仅用于便于开发,只保留最新推送。 其他拉取请求的 CI 运行可能会覆盖此仓库。您可以重新运行 docs 检查以将您的构建覆盖到此仓库。

致 TorchANI 开发者的注意事项

切勿直接提交到 master 分支。如需更改,请创建新分支,在 GitHub 上提交拉取请求。

在合并您的拉取请求之前,您必须通过 GitHub 上的所有测试。

合并拉取请求前需进行代码审查。

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