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snakepipes

基于Snakemake的多功能NGS数据分析工作流程

snakePipes提供多种NGS数据分析工作流程,包括DNA测序、ChIP-seq、RNA-seq等,支持等位基因特异性分析,并能轻松扩展到大规模数据集。这个基于Snakemake构建的框架旨在简化分析流程,提供灵活配置选项。通过Conda环境管理,snakePipes简化了安装过程,并为用户提供详细文档指导使用。该开源项目持续更新,旨在为生物信息学研究提供可靠、高效的分析工具,欢迎社区参与改进。

genie - 创新算法实现蛋白质从头设计 开源项目助力生物技术突破
GenieGithub开源项目氨基酸残基深度学习等变扩散蛋白质设计
Genie是一个开源的人工智能蛋白质设计项目,利用机器学习算法自动生成新型蛋白质结构。它提供完整的代码库,支持模型训练、结构采样和性能评估。研究人员可使用Genie设计长度为50至128个氨基酸的蛋白质,应用于生物技术、医药研发和材料科学等领域。项目集成了多种评估工具,为蛋白质工程提供了创新解决方案,为研究人员带来新的可能性。
secretflow - 统一隐私保护数据分析与机器学习框架
GithubSecretFlow密码学协议开源项目数据智能机器学习隐私计算
SecretFlow框架集成了多个隐私计算项目,包括Kuscia、SCQL和SPU等。它通过抽象设备层、设备流层、算法层和工作流层的设计,实现了对水平和垂直分区数据的高效分析。这一开源项目为隐私保护数据分析和机器学习提供了全面的技术支持,推动了隐私计算领域的发展。
pipeline - Pipeline项目的快速入门指南,包括与Kubernetes的集成步骤和操作方法
GithubPipelineAIQuick Startkubernetes开源项目快速入门文档
此页面介绍了Pipeline项目的快速入门指南,包括与Kubernetes的集成步骤和操作方法,帮助用户轻松完成设置和配置。
NiaPy - 轻量级自然启发算法Python框架
GithubNiaPyPython优化算法开源软件开源项目自然启发算法
NiaPy是一个开源的Python微框架,用于构建和评估自然启发算法。它内置了多种优化问题和算法实现,通过简洁的接口实现算法比较和结果导出。NiaPy支持pip、conda等安装方式,兼容主流Linux发行版,适用于Python 3.9及以上版本。该框架为优化研究和应用提供了一个灵活高效的开发平台。
griptape - 构建AI应用的模块化Python框架,支持企业数据和API集成
AI应用GithubGriptapePython框架企业数据开源项目模块化
Griptape是一个模块化Python框架,专为构建安全连接企业数据和API的AI应用而设计。它提供核心组件如代理、管道、工作流、任务、工具、内存、驱动和引擎,确保开发者在每一步保持控制和灵活性。Griptape支持高效的数据加载、处理和存储,并能与多种外部资源和服务交互。更多信息请参阅Griptape文档和在线课程。
cwl-airflow - 轻量级工作流管理器实现Apache-Airflow与CWL的集成
Apache-AirflowCWL-AirflowGithubPython包工作流管理开源项目管道管理
cwl-airflow是一个扩展Apache-Airflow 2.1.4功能的Python包,支持Common Workflow Language (CWL) v1.1。这个轻量级管道管理器可将CWL工作流无缝集成到Airflow环境中,提供卓越的性能和易用性。项目兼容Python 3.7,使用Apache 2.0许可证,并在GitHub上持续维护。安装便捷,可通过pip获取最新或特定版本。完整文档托管在ReadTheDocs平台,为用户提供全面的使用指南。cwl-airflow的优势在于其灵活性和与多种工具的兼容性,为复杂工作流管理提供了高效解决方案。
SerpentAI - 强大的游戏代理框架,提供机器学习与AI研究的工具
GithubPythonSerpent.AI开源开源项目机器学习游戏代理框架热门
Serpent.AI是一个简单而强大的游戏代理框架,专为开发者打造,以协助他们利用Python开发视频游戏代理。该框架旨在为机器学习和人工智能研究提供有价值的工具,同时也适合爱好者使用。框架支持少依赖、易于使用,并提供图形用户界面。Serpent.AI支持Linux和Windows系统,采用开源MIT许可证,并探索为非技术用户提供Steam分发。
DNABERT_2 - 多物种基因组理解基础模型
DNABERT-2Github人工智能基因组开源项目深度学习生物信息学
DNABERT-2是一个针对多物种基因组理解的高效基础模型。该模型在28个GUE基准任务中表现优异,采用BPE替代k-mer标记化,ALiBi代替位置嵌入,并整合多项技术提升效率。DNABERT-2为基因组分析提供了强大工具,可用于序列分类、元素识别和功能预测等多种任务。
scGPT - AI单细胞多组学基础模型
GithubscGPT单细胞多组学在线应用基因表达调控网络开源项目预训练模型
scGPT是一个基于AI的单细胞多组学研究基础模型,提供丰富的预训练模型和在线应用程序。该平台支持基因调控网络分析、细胞类型注释及多组学集成,适用于处理大规模细胞数据集,如全人类及特定器官细胞。此外,其零样本学习和快速参考映射功能,加上不断更新的训练模型,保障了其在多种研究任务中的应用前沿性和广泛适用性。
mage-ai - 现代化的数据管道工具,替代传统工作流程控制系统
Airflow替代GithubMage开源项目数据可视化数据管道数据集成热门
Mage 提供了一种现代化的数据管道工具,旨在替代 Airflow,简化开发体验,支持 Python、SQL 和 R,实现数据的实时和批量处理。Mage 让您的数据团队可以在不牺牲监控和可观测性的情况下,轻松构建、预览和启动数据管道,甚至在小团队中也能高效管理数千个管道。
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