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AI2BMD

AI驱动的高精度蛋白质分子动力学模拟工具

AI2BMD是一个结合人工智能和从头计算方法的蛋白质分子动力学模拟工具。它包含AIMD-Chig数据集、ViSNet和Geoformer模型架构,以及完整的模拟程序。该工具在保持高精度的同时提高了模拟效率,为蛋白质研究和药物开发提供了新的研究方法。

biomedical-ner-all - 基于英语的生物医学实体识别AI模型
AIGithubHuggingfaceMaccrobatNamed Entity Recognitiontransformers库开源项目模型生物医学
该AI模型基于Maccrobat数据集训练,可以识别107种生物医学实体,适用于案例报告等文本工作。通过distilbert-base-uncased构建,拥有低碳排放(0.0279千克)和30.17分钟的训练时间。通过Huggingface API或transformers库,可便捷应用于生物医学领域;教程视频提供详细使用说明。
backend.ai - 灵活高效的容器化计算集群平台 支持多种框架与加速器
APIBackend.AIGithub多租户容器化计算平台开源项目计算资源管理
Backend.AI是一个基于容器的计算集群平台,支持多种计算和机器学习框架及编程语言。平台提供CUDA GPU、ROCm GPU、TPU和IPU等异构加速器支持,可按需分配和隔离计算资源,适合多租户环境。通过REST、GraphQL和WebSocket API暴露功能,为用户提供灵活高效的计算环境。此平台集成了先进的资源调度功能,可实现按需或批量分配计算资源。Backend.AI采用容器技术实现资源隔离,确保多租户环境的安全性和效率。其开放的API架构便于与现有系统集成,为科研、教育和企业用户提供了强大而灵活的计算解决方案。
TDC - 人工智能助力药物研发的开源平台
GithubTDC人工智能开源项目数据集机器学习药物发现
Therapeutics Data Commons (TDC) 是一个开源的人工智能平台,旨在促进药物发现和开发领域的技术创新。该平台提供多样化的AI任务、数据集和基准测试,覆盖从靶点识别到药物安全评估的全过程。TDC为研究人员提供便捷的数据加载工具和高效的数据处理功能,同时建立了透明的评估体系。这一开放科学倡议正在推动人工智能在治疗科学中的应用和验证,重塑药物研发流程。
DNABERT_2 - 多物种基因组理解基础模型
DNABERT-2Github人工智能基因组开源项目深度学习生物信息学
DNABERT-2是一个针对多物种基因组理解的高效基础模型。该模型在28个GUE基准任务中表现优异,采用BPE替代k-mer标记化,ALiBi代替位置嵌入,并整合多项技术提升效率。DNABERT-2为基因组分析提供了强大工具,可用于序列分类、元素识别和功能预测等多种任务。
plinder - 综合蛋白质-配体相互作用数据集与评估平台
GithubPLINDER分子对接开源项目机器学习结构生物学蛋白质-配体相互作用
PLINDER是一个面向蛋白质-配体对接算法的综合数据集和评估资源。该数据集包含40多万个蛋白质-配体相互作用系统,涵盖11,000多个SCOP结构域和50,000多种小分子。每个系统配有500多项详细注释,涉及蛋白质和配体特性、结构质量等多个方面。此外,PLINDER提供14种相互作用评估指标、200多亿个相似性得分,以及与结合态(holo)系统对应的未结合态(apo)和AlphaFold2预测结构。该平台还包含训练-验证-测试数据集划分功能和标准化评估工具,有助于简化模型性能比较流程。
E2B - 为 AI 代理和 AI 应用打造的安全沙盒云环境
AI代理AI沙箱E2BGithub云环境安全开源项目热门
E2B Sandbox为AI代理和应用提供安全的沙箱云环境,支持大型语言模型使用与人类相同的工具,如云浏览器、GitHub仓库等。此环境可连接任何LLM及AI代理或应用,适用于多种编程语言。详见官方文档了解更多。
AI Buzz on twitter - AI领域最新动态与研究进展的实时资讯聚合
AI工具AlphaFold人工智能机器学习深度学习语言模型
AI Buzz on twitter汇聚人工智能领域的前沿资讯,每日更新AI最新突破、研究进展、应用创新和行业趋势。网站涵盖机器学习、深度学习、语言模型等多个AI主题,为读者提供全面及时的行业动态。通过精选Twitter热门AI话题,本平台成为AI爱好者、研究人员和从业者获取信息的便捷渠道。
Insight - 人工智能医学研究工具 提升科研效率与质量
AI助手AI工具Insight医学研究实验设计文献综述
Insight是一款基于人工智能的医学研究工具,集成PubMed、临床试验和NIH Reporter等权威数据库。它能快速生成科学摘要、研究假设和实验设计,提供可靠引用,大幅提高研究效率。该平台节省75%文献检索时间,加快50%药物发现进程,还具备高通量整合和靶向研究功能,可识别新的治疗靶点和亚群。Insight为医学研究提供全面支持,推动科研创新。
alphamissense - 全蛋白质组错义突变效应预测的革命性工具
AlphaMissenseGithub基因数据库开源项目模型实现氨基酸替换蛋白质序列
AlphaMissense是一个预测蛋白质错义变异效应的开源模型。该项目提供模型实现、数据处理流程和人类氨基酸替换的预计算结果。基于AlphaFold开发,AlphaMissense利用多个遗传数据库进行序列比对,为研究人员提供蛋白质变异影响分析。其预测结果可通过Ensembl VEP工具使用,支持蛋白质功能研究和相关疾病研究。
foldcomp - 高效压缩和索引大规模蛋白质结构数据集的开源工具
FoldcompGithub开源项目数据存储氨基酸编码生物信息学蛋白质结构压缩
Foldcomp是一个开源的蛋白质结构压缩和索引工具。通过编码主链和侧链的扭转角,它将每个氨基酸残基压缩至13字节,大幅降低存储需求。Foldcomp支持单链PDB文件压缩,提供命令行和Python API接口,可进行压缩、解压缩、序列提取等操作。此外,Foldcomp还提供了多个预构建的大规模蛋白质结构数据库,如AlphaFoldDB和ESMAtlas,便于研究人员使用。
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