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scrnaseq

单细胞RNA测序数据分析流程 支持多种工具的开源项目

nf-core/scrnaseq是一个开源的单细胞RNA测序数据分析流程。该项目集成了Alevin-Fry、STARSolo、Kallisto等多种分析工具,可处理10x Genomics等平台产生的数据。流程提供详细文档和灵活的参数设置,支持多种运行环境。用户可根据需求选择合适的分析方法,输出h5ad、Seurat或mtx格式结果。项目持续更新,旨在为单细胞转录组分析提供标准化和可重复的解决方案。

galaxy - 开源数据分析平台 助力科研工作流程
GalaxyGithubPython开源软件开源项目数据分析生物信息学
Galaxy是一个开源数据分析平台,为科研人员提供用户友好的界面,支持无需编程经验的复杂数据分析。该平台适用于生物信息学、基因组学等领域,集成多种工具和工作流程。Galaxy还提供丰富的社区资源,包括在线帮助、文档和培训材料,便于用户快速上手和充分利用平台功能。
deepcell-tf - 用于单细胞生物图像分析的深度学习库
Githubdeepcell-tf单细胞分析开源项目时间序列数据深度学习细胞分割
DeepCell-tf是一个用于生物图像单细胞分析的深度学习库,基于Python和TensorFlow 2构建,提供预训练模型用于图像数据分析,并支持开发新的深度学习模型。其特色包括细胞分割和追踪模型的应用,处理2D、3D图像和时间序列数据。此外,还能结合DeepCell Toolbox、DeepCell Tracking和DeepCell Kiosk等工具进行预处理、追踪和大数据集云端部署。该库支持GPU加速,提供详细文档和示例,方便快速上手和模型训练。
common-workflow-language - Common Workflow Language 标准化数据分析工作流
Common Workflow LanguageGithub开源标准开源项目数据分析工作流科学计算跨平台
Common Workflow Language (CWL)是一个开源的工作流描述标准,旨在提高数据密集型科学领域的工作流可移植性和可扩展性。CWL支持多种计算环境,适用于生物信息学、医学影像等领域。该项目由多方共同维护,提供用户指南和最佳实践,为研究人员提供标准化的工作流管理方案。
secretflow - 统一隐私保护数据分析与机器学习框架
GithubSecretFlow密码学协议开源项目数据智能机器学习隐私计算
SecretFlow框架集成了多个隐私计算项目,包括Kuscia、SCQL和SPU等。它通过抽象设备层、设备流层、算法层和工作流层的设计,实现了对水平和垂直分区数据的高效分析。这一开源项目为隐私保护数据分析和机器学习提供了全面的技术支持,推动了隐私计算领域的发展。
knime-core - KNIME Analytics Platform的核心组件和开发框架
GithubKNIME开源项目数据分析平台数据科学软件开发
KNIME Core是KNIME Analytics Platform的核心组件,提供API定义和框架支持。它包含org.knime.core.*系列模块,为数据分析和机器学习工作流程构建奠定基础。该项目由KNIME Core开发团队维护,支持创建自定义扩展。作为开源项目,KNIME Core在GitHub上提供源代码,便于社区参与和贡献。KNIME还设有技术论坛,供用户交流和讨论。
nflow - 灵活强大的业务流程编排工具
GithubnFlow工作流编排开源软件开源项目微服务状态机
nFlow是一款基于Java的开源业务流程编排工具,适用于微服务架构。它可用于微服务编排、保证交付计算、业务流程引擎替代和持久化有限状态机。nFlow支持代码定义工作流、可视化和嵌入式部署,具有高可用性和容错能力。它兼容多种关系型数据库,提供REST API和Explorer界面,是企业级应用可靠流程管理的理想选择。
refinery - 自然语言数据管理和标注的开源解决方案
GithubKern AIrefinery人工智能开源开源项目自然语言处理
开源工具refinery帮助数据科学家管理和提升自然语言处理项目的数据质量。通过半自动化标注和数据监控,提高数据标注效率。支持Hugging Face和spaCy集成,提升处理速度与质量。旨在优化单人开发者与团队的协作,确保训练数据的可靠管理,并提供多语言文本的新分析视角,使NLP模型构建更加快捷高效。
chromap - 开源工具实现染色质分析数据的快速对齐和预处理
ChromapGithub基因组比对开源项目染色质分析生物信息学高通量测序
Chromap是一款开源的染色质分析数据处理工具,专门用于高通量测序数据的快速对齐和预处理。它可处理ChIP-seq、ATAC-seq、scATAC-seq和Hi-C等多种数据类型,具备测序接头修剪、基因组比对和重复序列去除等功能。Chromap在保持高准确度的同时,将处理速度提升了10-20倍。该工具提供多种预设参数以适应不同实验类型,并支持BED、SAM和pairs等多种输出格式。
RNA-FM - 高精度RNA结构和功能预测的解释性基础模型
GithubRNA-FMRNA功能预测RNA结构预测RNA语言模型开源项目预训练模型
RNA-FM是一个基于未注释数据训练的RNA基础模型,在RNA结构预测和功能相关任务中表现出色。项目提供预训练模型和代码,支持RNA嵌入生成和二级结构预测。最新更新包含RNA家族聚类和类型分类教程,以及针对mRNA编码序列的mRNA-FM模型。RNA-FM为RNA研究提供了有力工具,有助于提高RNA结构和功能预测的准确性。
cromwell - 开源生物信息学工作流管理系统
CromwellGithubWDL工作流管理系统开源软件开源项目生物信息学
Cromwell是专为生物信息学设计的开源工作流管理系统。它支持WDL语言,可在Terra平台运行或自行部署。系统提供Google Cloud和Azure后端支持,拥有活跃的社区和丰富的生态系统。Cromwell旨在提升生物信息学研究的效率和可重复性,是该领域的重要工具。
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