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scrnaseq

单细胞RNA测序数据分析流程 支持多种工具的开源项目

nf-core/scrnaseq是一个开源的单细胞RNA测序数据分析流程。该项目集成了Alevin-Fry、STARSolo、Kallisto等多种分析工具,可处理10x Genomics等平台产生的数据。流程提供详细文档和灵活的参数设置,支持多种运行环境。用户可根据需求选择合适的分析方法,输出h5ad、Seurat或mtx格式结果。项目持续更新,旨在为单细胞转录组分析提供标准化和可重复的解决方案。

rnaseq - 全面分析RNA测序数据流程
GithubNextflowRNA测序nf-core/rnaseq基因表达开源项目生物信息学
nf-core/rnaseq是一个用于分析RNA测序数据的开源生物信息学流程。它接收样本表和FASTQ文件作为输入,执行质量控制、修剪和比对,生成基因表达矩阵和质量报告。该流程支持多种比对和定量方法,提供全面的质量控制功能,包括读取、比对、基因类型、样本相似性和链特异性分析。适用于有参考基因组和注释的RNA-seq数据处理。
ampliseq - 全面高效的扩增子测序数据分析流程
Githubnf-core/ampliseq工作流程开源项目微生物组分析扩增子测序生物信息学
nf-core/ampliseq是一个全面的扩增子测序分析流程,支持多种扩增子和分类数据库。可处理Illumina、PacBio和IonTorrent数据,默认分析16S rRNA基因。基于Nextflow构建,具有高可移植性和可重复性。流程涵盖质控、ASV推断、分类注释、多样性分析等关键步骤,为微生物群落研究提供一站式解决方案。该流程采用模块化设计,可灵活配置分析步骤。支持多种分类数据库如SILVA、Greengenes等,满足不同研究需求。内置多种分析工具,如DADA2、VSEARCH等,确保结果可靠。自动生成详细报告和可视化结果,便于解读分析结果。适用于环境微生物、人体微生物组等多种研究领域。
awesome-single-cell - 综合单细胞数据分析工具和方法清单
Github单细胞RNA测序基因表达分析开源项目生物信息学细胞群体分析软件包
该资源列表汇集了单细胞数据分析的软件包和方法,包括RNA-seq、ATAC-seq等数据类型。涵盖质量控制、基因网络识别、细胞聚类、降维和轨迹推断等分析步骤。同时提供教程、工作流程、网络门户和相关文献链接。列表持续更新,为单细胞研究提供全面参考。
nextflow - 基于数据流模型的可扩展工作流系统 支持多平台部署
GithubNextflow可扩展性工作流系统并行计算开源项目数据流编程
Nextflow是一个基于数据流编程模型的工作流系统,用于创建可扩展、可移植和可重现的工作流。它简化了并行和分布式计算管道的编写过程,支持多种执行平台和依赖管理方式。Nextflow适用于本地机器、HPC集群、云平台和Kubernetes等环境,广泛应用于生物信息学等计算密集型领域。该项目拥有活跃的社区和完善的文档支持。
sarek - 强大灵活的全基因组变异检测工作流
GithubNextflownf-core/sarek变异检测基因组测序开源项目生物信息学
Sarek是一个用于全基因组或靶向测序数据变异检测的开源工作流。它支持多物种数据处理,可进行肿瘤/正常样本对比分析。基于Nextflow构建并使用容器技术,Sarek具有高度可重复性和易维护性。该工作流提供从原始数据到变异注释的完整分析,涵盖质控、比对、变异检测等关键步骤,为研究人员提供了强大的基因组分析工具。
snakepipes - 基于Snakemake的多功能NGS数据分析工作流程
GithubNGS数据分析SnakePipesSnakemake基因组学开源项目生物信息学工作流
snakePipes提供多种NGS数据分析工作流程,包括DNA测序、ChIP-seq、RNA-seq等,支持等位基因特异性分析,并能轻松扩展到大规模数据集。这个基于Snakemake构建的框架旨在简化分析流程,提供灵活配置选项。通过Conda环境管理,snakePipes简化了安装过程,并为用户提供详细文档指导使用。该开源项目持续更新,旨在为生物信息学研究提供可靠、高效的分析工具,欢迎社区参与改进。
ARMOR - 灵活可扩展的RNA-seq分析工作流
ARMORGithubRNA-seqSnakemake工作流开源项目生物信息学
ARMOR是基于Snakemake的RNA-seq分析工作流,提供可重复、自动化的RNA-seq分析流程。包含质量控制、预处理和差异表达分析等模块,支持与iSEE包集成生成交互式结果浏览应用。ARMOR设计灵活,允许用户按需启用或禁用特定分析模块,并支持集成自定义分析脚本。该工具为研究人员提供了标准化、易用且可定制的RNA-seq分析解决方案。
mag - 宏基因组数据分析的综合生物信息学流程
Githubnf-core/mag分箱宏基因组开源项目注释组装
nf-core/mag是一个用于宏基因组分析的综合生物信息学流程。该流程支持短读和长读数据,涵盖从质量控制到功能注释的完整分析过程。其模块化设计允许灵活配置多种工具,适应不同类型的宏基因组研究需求。流程还集成了质量评估和可视化报告功能,便于研究人员评估分析结果。nf-core/mag流程整合了多种先进工具,实现宏基因组数据的高效处理。它能够执行reads分类、基因组组装、基因预测、分箱和分类等关键步骤。流程的设计考虑了不同研究需求,支持古DNA分析等特殊应用。通过提供标准化的分析流程,nf-core/mag有助于提高宏基因组研究的可重复性和可比性。
tools - Python工具包助力nf-core生物信息学工作流开发
GithubPython包nf-core/tools命令行工具工作流管理开源项目生物信息学
nf-core/tools是一个面向生物信息学领域的Python工具包。它为nf-core社区提供了多项实用功能,包括管道的列举与启动、参数文件创建、离线管道下载、软件许可证检查、新管道创建以及代码检查等。该工具包还集成了DSL2模块和子工作流处理命令,有效提升了生物信息学工作流程的开发效率和管理便捷性。
single-cell-transformer-papers - Transformer模型在单细胞组学分析中的应用概览
GithubTransformers单细胞组学基因表达开源项目细胞注释预训练模型
本项目汇总了单细胞组学数据分析中的Transformer模型,包括论文、代码、数据模态等关键信息。通过全面概述单细胞Transformer模型,展示了该领域的最新进展和发展趋势。项目内容持续更新,为研究人员提供了宝贵的参考资源。项目内容涵盖了各Transformer模型的核心要素,如数据模态、预训练数据集、模型架构和任务类型等。这种系统性的整理使研究人员能够快速了解和比较不同模型的特点,为单细胞组学研究提供了有力支持。
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