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scrnaseq

单细胞RNA测序数据分析流程 支持多种工具的开源项目

nf-core/scrnaseq是一个开源的单细胞RNA测序数据分析流程。该项目集成了Alevin-Fry、STARSolo、Kallisto等多种分析工具,可处理10x Genomics等平台产生的数据。流程提供详细文档和灵活的参数设置,支持多种运行环境。用户可根据需求选择合适的分析方法,输出h5ad、Seurat或mtx格式结果。项目持续更新,旨在为单细胞转录组分析提供标准化和可重复的解决方案。

Data-science - 数据科学项目的综合资源库和实践指南
GitHubGithubMLOpsPython开源项目数据科学机器学习
Data-science项目汇集了丰富的数据科学资源,涵盖MLOps、数据管理、测试和生产力工具等领域。通过文章、代码和视频教程,该项目全面展示了数据科学工作流程,从项目管理到部署。它为数据科学家和机器学习工程师提供了提高效率、构建可靠项目的实用指南。
wexflow - 开源跨平台工作流引擎及自动化解决方案
GithubWexflow工作流引擎开源开源项目自动化平台跨平台
Wexflow作为开源跨平台工作流引擎和自动化平台,致力于简化重复性任务。该项目集成了工作流服务器、后端管理系统、界面设计工具和Android应用。支持顺序、流程图和审批等多种工作流类型,内置100多个活动模块,并允许自定义集成和API调用。核心功能包括Cron调度、实时数据统计和多语言界面。兼容macOS、Linux、Windows等主流系统及Docker环境。
scrol.ai - AI多功能数据处理与分析平台
AI工具AI聊天机器人GPT工作流程优化数据提取文档管理
scrol.ai是一个基于AI的数据处理平台,支持多种文档类型的上传和分析。该工具利用GPT模型进行智能信息提取、摘要生成和问题回答。平台功能包括创建特定数据集的聊天机器人、任务自动化、数据可视化和自定义输出格式。scrol.ai适用于学习辅导、数据分析和内容创作等多个领域,提高工作效率。
airy - 流式数据处理框架赋能 AI 模型训练与实时分析
Airy CoreGithub开源开源项目数据平台机器学习流处理
Airy Core 是一个开源的流式数据处理框架,为 AI 模型训练和实时分析提供支持。它集成了多种数据源,如 Facebook、WhatsApp 等社交平台,并支持自定义连接器。Airy Core 能够融合历史和实时数据流,简化数据摄取流程,并通过预构建连接器从 Kafka 直接消费数据。基于 Apache Kafka 构建的 Airy Core 可同时处理海量事件,实现数据的实时流式传输。这一框架不仅简化了部署过程,还缩短了开发周期,同时增强了基础设施和应用的稳定性。
sqlflow - 机器学习与SQL编程的先进集成
GithubKubernetesSQLFlowTensorFlowXGBoost开源项目机器学习热门
SQLFlow 是一款编译器,它将SQL程序编译成在Kubernetes上运行的工作流,支持包括机器学习训练、预测、模型评估等在内的AI作业。此平台支持MySQL、TiDB、Hive等多种数据库系统,以及TensorFlow、Keras、XGBoost等机器学习工具包。SQLFlow 致力于通过SQL增强机器学习模型开发,让拥有SQL技能的工程师也能轻松开发高级机器学习应用。
scispacy - 科学文献处理的定制spaCy管道与模型
GithubPython 3.6scispaCyspaCy安装安装方式开源项目
scispaCy项目提供了适用于科学文献处理的定制化spaCy管道和模型,包括基于生物医学数据训练的分词器、词性标注器和实体识别模型。用户可轻松安装和使用这些工具,项目支持多种NER模型和实体链接器,适合不同任务使用,并提供详细的安装和使用指南。
GenePT - ChatGPT驱动的高效单细胞基因分析模型
ChatGPTGenePTGithub单细胞基础模型基因嵌入开源项目细胞嵌入
GenePT是一种创新的单细胞基础模型,利用ChatGPT嵌入技术解析基因和细胞级生物学问题。该模型基于NCBI基因描述和GPT-3.5生成基因嵌入,无需繁琐的数据整理和密集计算。在基因属性和细胞类型分类等多项任务中,GenePT展现出优异性能,常超越现有模型。这一方法为生物学基础模型开发提供了简便有效的途径,彰显了大型语言模型在文献嵌入方面的应用潜力。
alphaflow - 蛋白质构象集生成的流匹配模型
AlphaFlowAlphaFoldGithub分子动力学开源项目生成建模蛋白质构象集
AlphaFlow是基于AlphaFold的改进版本,通过流匹配目标微调,专门生成蛋白质构象集合。它模拟实验和分子动力学集合,提供完整代码、说明和模型权重。项目还包括ESMFold的微调版本ESMFlow。这些工具有助于研究蛋白质结构多样性和动态特性,为蛋白质科学研究提供新的方法和视角。
skaffold - Kubernetes应用开发的自动化工作流工具
DevOpsGithubKubernetesSkaffold容器化开源项目持续开发
Skaffold是一款命令行工具,用于自动化Kubernetes应用的开发工作流。它支持本地和远程集群,自动处理构建、推送和部署过程。该工具提供快速本地开发、项目可移植性和灵活配置,适用于持续集成和持续部署。Skaffold作为轻量级客户端工具,无需额外集群组件,能够显著提高Kubernetes应用开发效率。
ComplexHeatmap - R语言复杂热图包 实现多维数据可视化与灵活注释
ComplexHeatmapGithubR语言包开源项目数据分析热图可视化生物信息学
ComplexHeatmap是一个用于创建复杂热图的R软件包,提供灵活的多热图排列和多样化注释功能。该工具可视化不同数据集间的关联并揭示潜在模式,支持单热图、带注释热图、热图列表和行注释等功能。ComplexHeatmap适用于展示基因组数据、甲基化谱和单细胞RNA测序等复杂数据,并能创建增强型OncoPrint、UpSet图和3D热图。其高度定制性使其成为生物信息学和数据科学领域的强大可视化工具。
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