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HistomicsTK

数字病理图像分析的Python工具包，支持独立和网络集成

HistomicsTKPythonDigital Slide ArchiveHistomicsUIGithub开源项目病理影像分析

HistomicsTK是一个用于数字病理图像分析的Python包，可以独立使用或作为Digital Slide Archive的插件。通过HistomicsUI执行图像分析任务，其功能可通过slicer cli web扩展，允许开发者集成自己的图像分析算法。借助机器学习技术和多分辨率图像，HistomicsTK帮助研究组织学、临床结果及基因数据的关系。适用于路径学家和算法研究者，提供如颜色归一化和细胞核分割等功能，支持Linux、Windows和OSX的安装指南。详细信息请访问官网。

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介绍相关项目
clinicadl - 开源神经影像数据深度学习处理框架
BIDS格式ClinicaDLGithubPython库开源项目深度学习神经影像学
ClinicaDL是Clinica的深度学习扩展,专注于神经影像数据处理。该开源框架支持BIDS格式,提供可重复的数据预处理、模型训练和评估流程。ClinicaDL兼容macOS和Linux系统,安装简便。框架配有在线教程,便于快速入门。它旨在促进神经影像学研究的标准化和可重复性,为该领域的发展提供有力工具。
prov-gigapath - 数字病理学全切片基础模型
GithubProv-GigaPath医学图像分析开源项目数字病理学深度学习预训练模型
Prov-GigaPath是一个基于真实世界数据开发的数字病理学全切片基础模型。它包含切片编码器和幻灯片编码器,支持切片级和幻灯片级任务。该模型已在Nature发表,并开源了预训练模型、代码和演示笔记本。研究人员可利用它探索数字病理学幻灯片数据的预训练和编码。该项目仅供研究使用,不适用于临床诊断。
DeepLIIF - 深度学习框架实现免疫组织化学图像的多重荧光转换与定量分析
DeepLIIFGithub免疫组化多重免疫荧光开源项目深度学习细胞分割
DeepLIIF是一个开源深度学习框架，用于免疫组织化学(IHC)图像的多重荧光转换和定量分析。它在单步骤中实现染色分离、细胞分割和IHC评分。通过利用IHC和多重免疫荧光配准数据集，DeepLIIF可将IHC图像转换为多重免疫荧光图像，同时提供细胞分割和分类。该项目已部署为云原生平台，支持多种输入格式，并集成MLOps流程，为病理学研究和临床应用提供支持。
UNI - 革新计算病理学的通用自监督模型
GithubUNI全幻灯片图像开源项目病理AI自监督学习计算病理学
UNI是一款为计算病理学开发的通用自监督模型。它利用超过10万张H&E染色全扫描图像进行预训练,在34项代表性任务中表现卓越。UNI具备分辨率无关的组织分类、少样本玻片分类和多种癌症类型分类等能力,为病理学AI模型开发开辟新途径。
hi-ml - 医疗和生命科学深度学习研究智能工具包
AzureGithub人工智能医疗健康开源项目机器学习深度学习
hi-ml是一个面向医疗和生命科学领域的机器学习工具包，提供经过测试的组件、深度学习模型和云集成工具。该项目包含hi-ml-azure用于AzureML集成、hi-ml提供ML组件，以及hi-ml-cpath用于处理组织病理学图像。这些工具旨在简化深度学习模型的开发流程，适用于该领域的研究人员和从业者。
torchio - 深度学习医疗图像处理工具集
GithubPythonTorchIO医药图像开源项目数据增强深度学习
此工具集为深度学习医疗图像处理提供高效解决方案，涵盖读取、预处理、采样、增强和写入3D医疗图像等功能。支持多种图像转换操作，包括随机仿射变换和特定领域伪影模拟。受NiftyNet启发，该项目广泛应用于医学AI研究，提升数据处理效率和模型性能。
PySODEvalToolkit - Python图像分割评估工具包
GithubPR曲线PySODMetricsPython工具箱图像分割评估开源项目评估指标
PySODEvalToolkit是一个Python工具包,用于评估图像灰度和二值分割算法的性能。它提供多种评估指标如MAE、F-measure和E-measure,适用于显著性目标检测和伪装目标检测等任务。该工具支持批量评估多个数据集和方法,可生成PR曲线等可视化结果,并具备多线程加速和结果导出功能。PySODEvalToolkit为研究人员提供了全面而高效的图像分割评估解决方案。
cytoflow - 用于流式细胞术定量分析的Python工具包
CytoflowGithubPython工具开源软件开源项目数据可视化流式细胞术分析
Cytoflow是一个开源的Python工具包，用于流式细胞术数据的定量和可重复分析。它提供图形界面和Python模块，强调元数据和工作流程概念。该工具支持自动门控和混合模型等数据驱动分析，适合细胞内状态测量。Cytoflow注重易用性和可视化，具有良好的扩展性，可在多种操作系统上运行。
clinica - 多模态神经影像分析平台 支持临床研究
BIDS标准ClinicaGithub临床神经影像开源项目数据处理管道机器学习
Clinica是一个开源的临床神经影像研究软件平台，支持多模态数据处理。平台提供多种处理流程，用于分析T1加权MRI、弥散MRI和PET数据。它可将公开数据集转换为BIDS格式，并集成机器学习和深度学习技术。Clinica为神经退行性疾病研究提供了有力工具，尤其适用于阿尔茨海默病等领域。
pytimetk - 快速高效的Python时间序列分析库
GithubPython库pytimetk可视化开源项目数据处理时间序列分析
pytimetk是一个高效的Python时间序列分析库，通过简洁语法和优化计算简化了时间序列操作和可视化。相比pandas，它提供3-3500倍的速度提升，并减少代码复杂度。主要功能包括快速时间聚合、便捷绘图、日历特征提取和异常检测等。pytimetk适用于商业预测和科学研究，为时间序列分析提供了全面的解决方案。
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