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MAPE-PPI

基于微环境感知的蛋白质相互作用预测新方法

MAPE-PPI蛋白质相互作用预测微环境感知蛋白质嵌入深度学习Github开源项目

MAPE-PPI项目开发了一种基于微环境感知蛋白质嵌入的方法，用于预测蛋白质-蛋白质相互作用。该方法在多个数据集上进行了测试，显示出良好的性能。项目提供预训练模型和使用指南，涵盖环境设置、数据处理和模型训练等内容，便于研究人员复现和拓展。这一新方法为蛋白质相互作用预测研究提供了创新思路。

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介绍相关项目
En-transformer - 融合等变图神经网络与Transformer的创新架构
E(n)-Equivariant TransformerGithub坐标变换开源项目注意力机制神经网络蛋白质设计
En-transformer是一个创新的开源项目，结合了E(n)等变图神经网络与Transformer架构。支持原子和键类型嵌入，处理稀疏邻居，传递连续边特征。已应用于抗体CDR环设计，并可用于蛋白质骨架坐标去噪等分子建模任务。项目提供简便的安装和使用方法，适合研究人员和开发者探索。
wizmap - 交互式大规模机器学习嵌入可视化工具
GithubWizMap交互式探索多分辨率大规模数据嵌入可视化开源项目
WizMap是一款用于探索大规模机器学习嵌入的交互式可视化工具。它采用多分辨率嵌入摘要方法和地图式交互设计，便于导航和理解复杂嵌入空间。支持百万级嵌入点可视化，具备快速搜索和多模态数据处理能力。WizMap还提供嵌入演化动画展示，兼容多种计算笔记本，并支持URL共享功能。这一工具为研究人员和开发者提供了分析嵌入的有效方案。
GPUMD - GPU加速的分子动力学模拟和机器学习势能开发工具
GPUMDGPU加速GithubNEP分子动力学开源项目机器学习势能
GPUMD是一款在GPU上实现的高效分子动力学模拟工具。它支持神经进化势能(NEP)的训练和使用,提供热传导计算、光谱分解等功能。该工具性能高效,易于使用,适用于Linux和Windows系统。GPUMD提供丰富的教程、文档和相关Python包,便于进行大规模原子模拟和数据分析。
PyEMMA - 开源分子动力学模拟分析软件包
GithubPyEMMA分子动力学模拟开源软件开源项目数据分析马尔可夫模型
PyEMMA是一个开源的Python/C软件包,用于分析大规模分子动力学模拟数据。它提供聚类、特征化、马尔可夫状态模型等算法,支持分子动力学数据的估计、验证和分析。该工具可通过Jupyter notebook或Python脚本使用,适合分子动力学研究人员进行数据分析和建模。PyEMMA具备高性能和易用性,在分子模拟领域广受欢迎。
LucaOne - 整合核酸和蛋白质语言的通用生物模型
GithubLucaOne下游任务开源项目生物基础模型统一核酸和蛋白质语言预训练任务
LucaOne是一个整合核酸和蛋白质语言处理的生物基础模型。通过多任务预训练，该模型实现了DNA、RNA和蛋白质序列的高效表示学习。在序列分类、结构预测等多个下游任务中，LucaOne展现出优异性能。项目开源了训练数据、代码和预训练模型，为生物信息学研究提供了实用工具。
ASE_ANI - 神经网络势能模型为原子模拟提供高效准确预测
ANIGithub分子动力学开源项目机器学习神经网络势能量子化学
ASE-ANI是一个开源的神经网络势能模型接口，为原子模拟环境(ASE)设计。它集成了ANI-1x和ANI-1ccx模型，可对CHNO元素进行高精度预测。该项目运用深度学习技术，实现了DFT级别的精度和显著降低的计算成本。ASE-ANI支持CUDA加速，适用于配备NVIDIA GPU的Ubuntu系统，为分子动力学模拟等应用提供高效解决方案。
Mol-Instructions - 大规模生物分子指令数据集助力大语言模型
GithubMol-Instructions大语言模型开源项目数据集生物分子蛋白质
Mol-Instructions是一个开放的大规模生物分子指令数据集,包含分子导向、蛋白质导向和生物分子文本三类指令。数据集涵盖分子设计、蛋白质功能预测等多个任务,通过AI协作、数据提取和模板转换等方法构建。该数据集旨在增强大语言模型在生物分子领域的表现,现已在Hugging Face平台发布。
CEPE - 并行编码框架助力语言模型处理长文本
CEPEGithubLLaMA上下文扩展并行编码开源项目长文本语言建模
CEPE是一个扩展语言模型上下文窗口的开源框架,采用并行编码方法处理长文本输入。该项目提供数据预处理、模型训练和基线评估的完整代码,并发布了可通过Hugging Face使用的预训练模型。CEPE在语言建模和开放域问答等任务中表现优异,为处理长文本提供了高效解决方案。
DNA-Diffusion - 扩散模型生成调控DNA序列的新方法
DNA DiffusionGithub人工智能基因组学开源项目生成模型调控序列
DNA-Diffusion项目利用扩散概率模型生成调控DNA序列。该项目开发基于文本提示的模型，生成特定细胞类型或上下文相关的DNA序列。这些序列具有特定调控特性，如细胞特异性染色质状态、基因表达水平调控或转录因子结合位点。该研究旨在深化对正常发育和疾病中DNA调控序列特性的理解。
pecan - 整合式生态系统建模和预测工具箱
GithubPEcAn开源软件开源项目数据同化环境科学生态系统建模
作为一个开源项目，PEcAn致力于为生态系统研究提供先进的数据分析和建模工具。该平台集成了科学工作流和数据同化系统，能够高效处理大规模环境数据。PEcAn不仅提高了生态系统建模的效率和质量，还促进了研究人员之间的合作。随着持续的开发和更新，PEcAn正在成为生态系统科学领域的重要研究工具。
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